これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-hbond です。
プログラム：
NAME
gmx-hbond - 水素結合を計算および分析する
SYNOPSIS
gmx hbon [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-番号 [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-交流 [<.xvg>]]
[-距離 [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-HBM [<.xpm>]] [-ドン [<.xvg>]]
[〜ダン [<.xvg>]] [-生活 [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-あなた ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[いいえ]だ]
[-r2 ] [-ビン ] [-rbin ] [-[いいえ]nitacc]
[-[接触無し] [-シェル ] [-フィットスタート ]
[-フィットエンド ] [-臨時雇用者 ] [-投げ捨てる ]
[-max_hb ] [-[いいえ]マージ] [-アクレン ]
[-[no]正規化] [-P ] [-fitfn ]
[-開始 ] [-エンドフィット ]
DESCRIPTION
GMX ボンド 水素結合を計算して分析します。 水素結合は以下に基づいて決定されます。
水素 - ドナー - アクセプターの角度 (ゼロは拡張) と距離のカットオフ
ドナー - アクセプター (または水素 - アクセプターを使用) -野田）。 OH基とNH基は次のようにみなします。
ドナー、O は常にアクセプター、N はデフォルトでアクセプターですが、これは切り替えることができます
-ニタック。 ダミーの水素原子は、その前の最初の原子に接続されていると仮定されます。
非水素原子。
分析には XNUMX つのグループを指定する必要があります。これらのグループは同一であるか、または同じである必要があります。
重複しないこと。 XNUMX つのグループ間のすべての水素結合が分析されます。
設定した場合 -シェルを追加すると、追加のインデックス グループを要求されます。
まさに XNUMX つの原子です。 この場合、シェル内の原子間では水素のみが結合します。
XNUMXつの原子からの距離が考慮されます。
オプション -ac を使用すると、水素結合の速度定数を次のモデルで導出できます。
Luzar と Chandler (Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) または Markovitz のそれ
およびアグモン（J. Chem. Phys 129、2008）。 接触動態を次の方法で解析すると、
-contact オプションを使用すると、n(t) を接触内にないすべてのペアとして定義できます。
時間 t における距離 r (-r2 オプションをデフォルト値 0 のままにすることに相当)、または
距離 r2 内にあるすべてのペア (XNUMX 番目のカットオフ値の設定に対応)
オプション -r2 を使用)。 詳細と定義については、前述の文献を参照してください。
出力：
· -番号: 時間の関数としての水素結合の数。
· -交流: 存在関数のすべての自己相関の平均 (0 または 1)
すべての水素結合のこと。
· -距離: すべての水素結合の距離分布。
· -ang: すべての水素結合の角度分布。
· -hx: 時間の関数として表した n-n+i 個の水素結合の数 (n と n+i は表します)
残基番号を表し、i の範囲は 0 ～ 6 です。これには、n-n+3、n-n+4、および
タンパク質のヘリックスに関連する n-n+5 個の水素結合。
· -hbn: 選択されたすべての基、選択された基のドナー、水素およびアクセプター、すべて
挿入に関与するすべてのグループおよびすべての溶媒原子からの水素結合原子。
· -HBM: すべてのフレームにわたるすべての水素結合の存在行列。これにも含まれます。
水素結合への溶媒挿入に関する情報。 注文はそれと同じです
in -hbn インデックスファイル。
· 〜ダン: 各時間枠で分析されたドナーとアクセプターの数を書き出します。 これ
を使用する場合に特に便利です -シェル.
· -nhbdist: 結果を比較するために、水素あたりの HBond の数を計算します。
ラマン分光法。
注: オプション -交流, -生活, -hbn と -HBM に比例したメモリ量が必要です
ドナーの総数と選択したグループ内のアクセプターの総数を掛けた値。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-番号 [<.xvg>] (hbnum.xvg)
xvgr / xmgrファイル
-g [<.log>] (hbond.log) （オプション）
ログファイル
-交流 [<.xvg>] (hbac.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-距離 [<.xvg>] (hbdist.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) （オプション）
インデックスファイル
-HBM [<.xpm>] (hbmap.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル
-ドン [<.xvg>] (寄付者.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
〜ダン [<.xvg>] (ダナム.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-生活 [<.xvg>] (hblife.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
-a (30)
カットオフ角 (度、水素 - ドナー - アクセプター)
-r (0.35)
カットオフ半径 (nm、X - アクセプター、次のオプションを参照)
-[いいえ]だ （はい）
ドナー - アクセプター (TRUE の場合) または水素 - アクセプター (FALSE) の距離を使用します。
-r2 (0)
XNUMX 番目のカットオフ半径。 主に役立つのは、 -連絡先 と -交流
-ビン (1)
ビン幅角度分布 (度)
-rbin (0.005)
ビン幅距離分布 (nm)
-[いいえ]nitacc （はい）
窒素原子をアクセプターとして考える
-[接触無し （いいえ）
水素結合を探すのではなく、カットオフ距離内の接触を探すだけです
-シェル （-1）
> 0 の場合、XNUMX つの粒子の周りの # nm シェル内の水素結合のみを計算します
-フィットスタート (1)
を得るために相関関数のフィッティングを開始する時間 (ps)
HB の破壊と形成のための前進速度定数と後進速度定数。 と -ジェムフィット
私たちは提案します -フィットスタート 0
-フィットエンド (60)
を得るために相関関数のフィッティングを停止する時間 (ps)。
HB の破壊と形成のための順方向および逆方向の速度定数 (
-ジェムフィット)
-臨時雇用者 (298.15)
HB 破壊に対応するギブズエネルギーを計算するための温度 (K)
改質
-投げ捨てる (0)
最初の N 水素結合 ACF を単一のグループ内でダンプします。 .xvg デバッグ用のファイル
-max_hb (0)
HB の正規化に使用される水素結合の理論上の最大数
自己相関関数。 プログラムが誤って推定した場合に役立ちます
-[いいえ]マージ （はい）
同じドナーとアクセプターの間の、異なる水素を含む水素結合は、
単一の水素結合として扱われます。 主に ACF にとって重要です。
-アクレン （-1）
ACFの長さ、デフォルトはフレーム数の半分です
-[no]正規化 （はい）
ACFを正規化する
-P (0)
ACFのルジャンドル多項式の次数（0はなしを示します）：0、1、2、3
-fitfn （なし）
フィット関数：なし、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-開始 (0)
相関関数の指数フィットを開始する時間
-エンドフィット （-1）
相関関数の指数フィットを終了する時間-1は、
end
KNOWN 問題
・ オプション -塩 選択された hbond で動作していたものは故障しているため、動作しません
当分の間利用可能です。
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-hbond を使用する
