gmx-mdrun-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

gmx-mdrun-シミュレーションを実行し、ノーマルモード解析またはエネルギー最小化を実行します

SYNOPSIS

gmx mdrun [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-表 [<.xvg>]]
[-タブレット [<.xvg>]] [-テーブル [<.xvg>]] [-テーブルb [<.xvg>]]
[-再実行 [<.xtc / .trr / ...>]] [-ei [<.edi>]]
[-マルチディレクトリ [ [...]]] [-埋め込み [<.dat>]] [-mp [<.top>]]
[-分 [<.ndx>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-フィールド [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-敬虔な [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ろ [<.xvg>]] [-ら [<.log>]] [-rs [<.log>]]
[-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]] [-dn [<.ndx>]]
[-もしも [<.xvg>]] [-スワップ [<.xvg>]] [-defnm ]
[-xvg ] [-dd ] [-ddorder ]
[-npme ] [-nt ] [-ntmpi ] [-ntomp ]
[-ntomp_pme ] [-pin ] [-ピンオフセット ]
[-ピンストライド ] [-gpu_id ] [-[no] ddcheck]
[-rdd ] [-rcon ] [-dlb ] [-dds ]
[-gcom ] [-nb ] [-nstlist ] [-[no] tunepme]
[-[no] v] [-[no]コンパクト] [-pforce ] [-[no] reprod]
[-cpt ] [-[no] cpnum] [-[no]追加] [-nsteps ]
[-マックス ] [-マルチ ] [-リプレックス ] [-ネックス ]
[-葦 ]

DESCRIPTION

GMX ムドラン GROMACS内の主要な計算化学エンジンです。 明らかに、それは
分子動力学シミュレーションを実行しますが、確率的動力学も実行できます。
エネルギー最小化、テスト粒子の挿入、またはエネルギーの（再）計算。 ノーマルモード
分析は別のオプションです。 この場合 ムドラン 単一からヘッセ行列を構築します
コンフォメーション。 通常のノーマルモードのような計算では、構造が
提供されるエネルギーは適切に最小化されています。 生成された行列は、次のように対角化できます。 GMX
ンメイグ.

この ムドラン プログラムは実行入力ファイルを読み取ります（-s）および次の場合にトポロジをランクに分散します
必要です。 ムドラン 少なくともXNUMXつの出力ファイルを生成します。 単一のログファイル（-g） 書かれた。
軌道ファイル（-o）、座標、速度、およびオプションで力が含まれます。 The
構造ファイル（-c）最後のステップの座標と速度が含まれています。 エネルギー
ファイル（-e）エネルギー、温度、圧力などが含まれています、これらのものの多くは
ログファイルにも出力されます。 オプションで、座標を圧縮して書き込むことができます
軌道ファイル（-x).

オプション -dhdl 自由エネルギー計算がオンになっている場合にのみ使用されます。

mdrunを効率的に並行して実行することは複雑なトピックのトピックであり、その多くの側面は
オンラインユーザーガイドで説明されています。 多くを使用する上での実用的なアドバイスを探す必要があります
mdrunで利用可能なオプションの。

ED（エッセンシャルダイナミクス）サンプリングおよび/または追加のフラッディングポテンシャルは、
-ei フラグの後に .edi ファイル。 ザ .edi ファイルはで作成することができます
メイクエディ ツールを使用するか、WHATIFプログラムのessdynメニューのオプションを使用します。 ムドラン
を生成します .xvg 位置、速度、力の予測を含む出力ファイル
選択した固有ベクトルに。

ユーザー定義の潜在的な機能が選択されている場合 .mdp ファイリング -表
オプションは渡すために使用されます ムドラン 潜在的な機能を備えたフォーマットされたテーブル。 ファイルが読み込まれます
現在のディレクトリまたは GMXLIB ディレクトリ。 いくつかの事前にフォーマットされた
表はに表示されます GMXLIB dir、6-8、6-9、6-10、6-11、6-12レナードジョーンズ
通常のクーロンでの電位。 ペアの相互作用が存在する場合、
ペアの相互作用関数は、 -テーブル オプションを選択します。

表形式の結合関数がトポロジに存在する場合、相互作用関数は次のようになります。
を使用して読む -テーブルb オプション。 異なる表形式のインタラクションタイプごとに、表を入力します
ファイル名は別の方法で変更されます。ファイル拡張子の前にアンダースコアがあります。
追加され、次に結合の場合は「b」、角度の場合は「a」、二面角の場合は「d」、最後に
インタラクションタイプのテーブル番号。

オプション -px と -pf プルCOM座標とプル時の力を書き込むために使用されます
で選択されている .mdp ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。

最後に、適切なオプションが設定されている場合、いくつかの実験的アルゴリズムをテストできます。
与えられた。 現在調査中は、分極率です。

オプション -埋め込み g_membedであったこと、つまりタンパク質を膜に埋め込むことを行います。
このモジュールには、データファイルで提供されるいくつかの設定が必要です。
このオプションの引数。 膜埋め込みの詳細については、次のドキュメントを参照してください。
ユーザーガイド。 オプション -分 と -mp インデックスファイルとトポロジファイルを提供するために使用されます
埋め込みに使用されます。

オプション -pforce 大きすぎるためにシミュレーションがクラッシュする可能性がある場合に便利です
力。 このオプションを使用すると、原子の座標と力が
特定の値がstderrに出力されます。

システムの完全な状態を含むチェックポイントは、定期的に書き込まれます
（オプション -cpt）ファイルに -cpo、オプションがない限り -cpt -1に設定されます。 前のチェックポイント
にバックアップされます state_prev.cpt システムの最近の状態が常にあることを確認するため
チェックポイントの書き込み中にシミュレーションが終了した場合でも使用できます。 と -cpnum
すべてのチェックポイントファイルが保持され、ステップ番号が追加されます。 シミュレーションは
オプションを使用してファイルから完全な状態を読み取ることで続行 -cpi。 このオプションはインテリジェントです
チェックポイントファイルが見つからない場合、GROMACSは通常の実行を想定し、
の最初のステップから始まります .tpr ファイル。 デフォルトでは、出力はに追加されます
既存の出力ファイル。 チェックポイントファイルには、すべての出力ファイルのチェックサムが含まれています。
一部の出力ファイルが変更されたり、破損したり、
削除されました。 XNUMXつのシナリオがあります -cpi:

* 一致する名前のファイルが存在しません：新しい出力ファイルが書き込まれます

* すべてのファイルは、チェックポイントに保存されているものと一致する名前とチェックサムで存在します
ファイル：ファイルが追加されます

* それ以外の場合、ファイルは変更されず、致命的なエラーが生成されます

連絡先 -追加なし 新しい出力ファイルが開かれ、シミュレーション部品番号がすべてに追加されます
出力ファイル名。 すべての場合において、チェックポイントファイル自体の名前が変更されていないことに注意してください。
名前が -cpo オプションを選択します。

チェックポイントを設定すると、出力は以前に書き込まれた出力ファイルに追加されます。
-追加なし が使用されているか、以前の出力ファイルが存在しない（
チェックポイントファイル）。 追加するファイルの整合性は、チェックサムを使用して検証されます
チェックポイントファイルに保存されます。 これにより、出力が混同されたり、
ファイルの追加が原因で破損しています。 以前の出力ファイルの一部のみが存在する場合、
致命的なエラーが生成され、古い出力ファイルは変更されず、新しい出力ファイルもありません
開かれます。 追加した結果は、XNUMX回の実行と同じになります。 The
異なる数のランクまたは動的を使用しない限り、コンテンツはバイナリで同一になります
ロードバランシングまたはFFTライブラリは、タイミングによる最適化を使用します。

オプションを使用すると -マックス シミュレーションが終了し、最初にチェックポイントファイルが書き込まれます
実行時間が超過するネイバー検索ステップ -マックス* 0.99時間。 このオプションは
設定と組み合わせると特に便利です 歩数 mdpまたは使用のいずれかで-1に
同様の名前のコマンドラインオプション。 これにより、実行が無限になり、終了のみになります
によって設定された制限時間 -マックス 到達した場合（存在する場合）、または信号を受信したとき。

日時 ムドラン TERM信号を受信すると、nstepsを現在のステップにXNUMXを加えた値に設定します。 いつ
ムドラン INT信号を受信すると（たとえば、ctrl + Cが押されたとき）、次の信号の後に停止します
ネイバー検索ステップ（次のステップでnstlist = 0を使用）。 どちらの場合も通常
出力はファイルに書き込まれます。 MPIで実行している場合、 ムドラン ランク
十分な場合、この信号はmpirunまたは ムドラン であるプロセス
他の人の親。

インタラクティブ分子動力学（IMD）は、XNUMXつのうち少なくともXNUMXつを使用してアクティブ化できます。
IMDスイッチ： -imdterm スイッチを使用すると、シミュレーションを終了できます。
分子ビューア（VMDなど）。 と -imdwait, ムドラン IMDクライアントがない場合は常に一時停止します
接続されています。 IMDリモコンからのプルは、次の方法でオンにできます。 -imdpull。 ポート ムドラン
リッスンはによって変更することができます -インポートポート。が指すファイル -もしも 原子インデックスを含み、
IMDプルが使用されている場合は強制します。

日時 ムドラン MPIで開始されますが、デフォルトでは正常に実行されません。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-s [<.tpr>] （topol.tpr）
ポータブルxdr実行入力ファイル

-cpi [<.cpt>] （state.cpt） （オプション）
チェックポイントファイル

-表 [<.xvg>] （table.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-タブレット [<.xvg>] （tabletf.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-テーブル [<.xvg>] （tablep.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-テーブルb [<.xvg>] （table.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-再実行 [<.xtc / .trr / ...>] （rerun.xtc） （オプション）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng

-ei [<.edi>] （sam.edi） （オプション）
EDサンプリング入力

-マルチディレクトリ [ [...]] （rundir） （オプション）
実行ディレクトリ

-埋め込み [<.dat>] （membed.dat） （オプション）
一般的なデータファイル

-mp [<.top>] （membed.top） （オプション）
トポロジファイル

-分 [<.ndx>] （membed.ndx） （オプション）
インデックスファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-o [<.trr / .cpt / ...>] （traj.trr）
完全な精度の軌道： てら CPT tng

-x [<.xtc / .tng>] （traj_comp.xtc） （オプション）
圧縮された軌道（tng形式またはポータブルxdr形式）

-cpo [<.cpt>] （state.cpt） （オプション）
チェックポイントファイル

-c [<.gro / .g96 / ...>] （confout.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp

-e [<.edr>] （ener.edr）
エネルギーファイル

-g [<.log>] （md.log）
ログファイル

-dhdl [<.xvg>] （dhdl.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-フィールド [<.xvg>] （field.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-tpi [<.xvg>] （tpi.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-tpid [<.xvg>] （tpidist.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-eo [<.xvg>] （edsam.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-敬虔な [<.xvg>] （deviatie.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-runav [<.xvg>] （runaver.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-px [<.xvg>] （pullx.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-pf [<.xvg>] （pullf.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ろ [<.xvg>] （rotation.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ら [<.log>] （rotangles.log） （オプション）
ログファイル

-rs [<.log>] （rotslabs.log） （オプション）
ログファイル

-rt [<.log>] （rottorque.log） （オプション）
ログファイル

-mtx [<.mtx>] （nm.mtx） （オプション）
ヘッセ行列

-dn [<.ndx>] （dipole.ndx） （オプション）
インデックスファイル

-もしも [<.xvg>] （imdforces.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-スワップ [<.xvg>] （swapions.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル

その他のオプション：

-defnm
すべてのファイルオプションのデフォルトのファイル名を設定します

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-dd (0 0 0)
領域分割グリッド、0は最適化です

-ddorder （間を空ける）
DDランク順：インターリーブ、pp_pme、デカルト

-npme （-1）
PMEに使用される個別のランクの数、-1は推測です

-nt (0)
開始するスレッドの総数（0は推測です）

-ntmpi (0)
スレッドの数-開始するMPIスレッド（0は推測です）

-ntomp (0)
開始するMPIランクごとのOpenMPスレッドの数（0は推測です）

-ntomp_pme (0)
開始するMPIランクごとのOpenMPスレッドの数（0は-ntomp）

-pin （自動）
mdrunがスレッドアフィニティを設定しようとするかどうか：auto、on、off

-ピンオフセット (0)
mdrunが最初のスレッドを固定する必要がある最小の論理コア番号

-ピンストライド (0)
スレッドの論理コアのピン留め距離。0を使用して、
物理コアあたりのスレッド

-gpu_id
使用するGPUデバイスIDのリスト。ノードごとのPPランクからGPUへのマッピングを指定します

-[no] ddcheck （はい）
DDとのすべての結合相互作用を確認します

-rdd (0)
DDとの結合相互作用の最大距離（nm）、0はから決定されます
初期座標

-rcon (0)
P-LINCSの最大距離（nm）、0は推定値です

-dlb （自動）
動的負荷分散（DDを使用）：自動、いいえ、はい

-dds (0.8)
（0,1）の分数で、その逆数によって初期DDセルサイズが増加します。
動的ロードバランシングが維持しながら機能できるマージンを提供するため
最小セルサイズ。

-gcom （-1）
グローバル通信頻度

-nb （自動）
非結合相互作用を計算します：auto、cpu、gpu、gpu_cpu

-nstlist (0)
Verletバッファ許容値を使用する場合はnstlistを設定します（0は推測です）

-[no] tunepme （はい）
PP / PMEランクまたはGPU / CPU間のPME負荷を最適化する

-[no] v （いいえ）
大声で騒々しい

-[no]コンパクト （はい）
コンパクトなログファイルを書く

-pforce （-1）
これより大きいすべての力を印刷します（kJ / mol nm）

-[no] reprod （いいえ）
バイナリの再現性に影響を与える最適化は避けてください

-cpt (15)
チェックポイント間隔（分）

-[no] cpnum （いいえ）
チェックポイントファイルを保持して番号を付ける

-[no]追加 （はい）
追加する代わりにチェックポイントから続行するときに、前の出力ファイルに追加します
すべてのファイル名に対するシミュレーション部品番号

-nsteps （-2）
このステップ数を実行し、.mdpファイルオプションをオーバーライドします（-1は無限を意味し、-2は
mdpオプションを使用します。小さい方は無効です）

-マックス （-1）
今回は0.99回（時間）後に終了します

-マルチ (0)
複数のシミュレーションを並行して実行します

-リプレックス (0)
この期間で定期的にレプリカ交換を試みます（ステップ）

-ネックス (0)
各交換間隔を実行するためのランダム交換の数（N ^ 3はXNUMXです
提案）。 -nexゼロまたは指定されていない場合、ネイバーレプリカが交換されます。

-葦 （-1）
レプリカ交換用のシード、-1はシードを生成します

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