これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドgmx-msdです。
プログラム：
NAME
gmx-msd-平均二乗ゆらぎを計算します
SYNOPSIS
gmx msd [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-モル [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-あなた ] [-[今] [-xvg ]
[型 ] [-ラテラル ] [-[no] ten] [-ngroup ]
[-[no] mw] [-[no] rmcomm] [-tpdb ] [-トレスタート ]
[-開始 ] [-エンドフィット ]
DESCRIPTION
GMX MSD 初期のセットから原子の平均二乗ゆらぎ（MSD）を計算します
位置。 これは、アインシュタインを使用して拡散定数を計算する簡単な方法を提供します
関係。 MSD計算の基準点間の時間は、次のように設定されます。
-トレスタート。 拡散定数は、直線に適合する最小二乗法によって計算されます
（D * t + c）からMSD（t）を介して -開始 〜へ -エンドフィット （tはからの時間であることに注意してください
シミュレーション時間ではなく、参照位置）。 与えられた誤差推定値は、
フィットのXNUMXつの半分にわたるフィットから得られた拡散係数の差
間隔。
さまざまなタイプの平均二乗を決定するための、相互に排他的なXNUMXつのオプションがあります
変位： 型, -ラテラル と -十。 オプション -十 それぞれの完全なMSDテンソルを書き込みます
グループの場合、出力の順序は次のとおりです。tracexx yy zz yx zxzy。
If -モル 設定され、 GMX MSD 個々の分子のMSDをプロットします（分子の作成を含む）
周期境界を越えて全体）：個々の分子ごとに拡散定数は
重心に対して計算されます。 選択したインデックスグループは分子に分割されます。
MSDを計算するデフォルトの方法は、質量加重平均を使用することです。 これは回すことができます
とオフ -今.
オプション付き -rmcomm、特定のグループの重心運動を削除できます。 にとって
GROMACSで生成された軌道は、通常、これは必要ありません。 GMX ムドラン 通常
すでに重心運動を削除しています。 このオプションを使用するときは、
システム全体が軌道ファイルに保存されます。
拡散係数は、MSDの線形回帰によって決定されます。
Dの通常の出力では、時間は参照の数に応じて重み付けされます
ポイント、つまり短い時間はより高い重みを持ちます。 またいつ -beginfit`` = -1、フィッティング 開始 at
10％ と いつ `` -endfit`` = -1 フィッティング goes 〜へ 90％ 使い方 この オプション XNUMXつ また を取得 an
正確な エラー 推定 ベース on 統計 の間に 個人 分子に転送します。 注意 それ
この 係数 と エラー 推定 の 正確な いつ MSD is 完全に
線形 の間に ``-始めます と -エンドフィット.
オプション -pdb 書き込みます .pdb 時間のフレームの座標を含むファイル -tpdb 以内
Bファクターフィールドは、分子の拡散係数の平方根です。 このオプション
オプションを意味します -モル.
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] （msd.xvg）
xvgr / xmgrファイル
-モル [<.xvg>] （diff_mol.xvg） （オプション）
xvgr / xmgrファイル
-pdb [<.pdb>] （diff_mol.pdb） （オプション）
タンパク質データバンクファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps と .pdb ファイル
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
型 （いいえ）
一方向の拡散係数を計算します：no、x、y、z
-ラテラル （いいえ）
次の平面に垂直な平面での横方向の拡散を計算します：no、x、y、z
-[no] ten （いいえ）
完全なテンソルを計算する
-ngroup (1)
MSDを計算するグループの数
-[no] mw （はい）
質量加重MSD
-[no] rmcomm （いいえ）
重心運動を削除します
-tpdb (0)
オプションに使用するフレーム -pdb （ps）
-トレスタート (10)
軌道の再起動ポイント間の時間（ps）
-開始 （-1）
MSDのフィッティングの開始時間（ps）、-1は10％
-エンドフィット （-1）
MSDをフィッティングするための終了時間（ps）、-1は90％です
onworks.netサービスを使用してオンラインでgmx-msdを使用する
