これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-trjorder です。
プログラム：
NAME
gmx-trjorder - グループまでの距離に応じて分子を並べ替える
SYNOPSIS
GMX トライオーダー [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-xvg ] [作成 ]
[-in ] [-[no] com] [-r ] [-[no] z]
DESCRIPTION
GMX トリヨル 参照内の原子までの最小距離に従って分子を順序付けします
グループまたは Z 座標上 (オプションあり) -z）。 遠隔注文では、
参照原子のグループと分子のグループ。 軌跡の各フレームについて、
選択した分子は原子間の最短距離に従って並べ替えられます。
数 -in 分子内および参照基内のすべての原子。 の質量中心
設定することで、参照原子の代わりに分子を使用できます。 -in から 0。すべての原子
軌跡は出力軌跡に書き込まれます。
GMX トリヨル たとえば、タンパク質に最も近い n 個の水を分析する場合に役立ちます。 その中で
この場合、参照グループはタンパク質であり、分子のグループは以下で構成されます。
すべての水の原子。 最初の n 個の水域のインデックス グループが作成されると、順序付けされた
軌跡は、任意の GROMACS プログラムで使用して、n 番目の最も近い海域を分析できます。
出力ファイルが .pdb ファイルに、参照ターゲットまでの距離が保存されます。
Rasmol などで色を付けるための B 因子フィールド。
オプションを使用すると -nshell 半径の殻内の分子の数 -r 周りに
参照グループが印刷されます。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc）
軌道： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr）
構造+質量（db）： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
インデックスファイル
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xtc / .trr / ...>] (注文済み.xtc) （オプション）
軌道： xtc てら gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt =初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし
作成 (3)
分子内の原子の数
-in (1)
距離計算に使用される原子、0 は COM
-[no] com （いいえ）
参照グループの質量中心までの距離を使用します
-r (0)
分子数を計算する際の距離計算に使用されるカットオフ。
タンパク質などの周りの殻
-[no] z （いいえ）
Z 座標上の分子の順序
onworks.net サービスを使用してオンラインで gmx-trjorder を使用する
