これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-tallymer-mkindex です。
プログラム：
NAME
gt-tallymer-mkindex - 指定された拡張サフィックス配列内の k-mer をカウントし、インデックスを付けます。
kの固定値。
SYNOPSIS
gt タリーマー mkindex [オプション] -esa suffixerator-index [オプション]
DESCRIPTION
-esa [string]
suffixerator-index を指定します (必須オプション) (デフォルト: 未定義)
-マーサイズ [値]
サイズを指定してください。 (デフォルト: 20)
-みのっく [値]
出力/インデックス化するマーの最小出現数を指定します (デフォルト: 0)
-maxocc [値]
出力/インデックスするマーの最大出現数を指定します (デフォルト: 0)
-pl [値]
バケット境界構築の推奨事項のプレフィックス長を指定します: なしで使用します
口論; その後、適切なプレフィックス長が自動的に決定されます (デフォルト: 0)。
-インデックス名 [string]
オプション -maxocc および -minocc で指定されたマーをインデックスに保存します (デフォルト:
未定義）
-カウント [はい|いいえ]
マーのストア数 (デフォルト: no)
-スキャン [はい|いいえ]
拡張サフィックス配列をメモリにマッピングするのではなく、順次読み取ります (デフォルト: no)
-v [はい|いいえ]
冗長にする（デフォルト：いいえ）
-助けて
ヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
報告 バグ
バグを報告する[メール保護]>.
onworks.net サービスを使用して gt-tallymer-mkindex をオンラインで使用する
