これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmmer です。
プログラム：
NAME
HMMER - 生物学的配列解析用のプロファイル HMM
SYNOPSIS
うーん
シーケンスをプロファイルに合わせる
うーんビルド
複数の配列アライメントからプロファイルを構築する
うーん変換
プロファイル ファイルをさまざまな HMMER および非 HMMER 形式に変換します
うーん
プロファイルからのサンプル シーケンス
うーんフェッチ
ファイルからプロファイル HMM を取得します
ふむふむ
hmmer.org Web サーバー、phmmer、hmmsearch、および hmmscan のような検索に使用されるデーモン
うーんプレス
hmmscan 用の HMM データベースを準備する
うーんスキャン
タンパク質プロファイルデータベースに対してタンパク質配列を検索します
うーん検索
タンパク質配列データベースに対してタンパク質プロファイルを検索する
うーん、シム
ランダム シーケンスのプロファイル スコア分布を収集する
うーん
プロファイル ファイルの概要統計
ジャックマー
タンパク質配列データベースに対するタンパク質配列の反復検索
うーん
ヌクレオチド配列に対するヌクレオチド配列、アライメント、またはプロファイルの検索
データベース
nhmscan
ヌクレオチドプロファイルデータベースに対してヌクレオチド配列を検索します。
ファーマー
タンパク質配列データベースに対してタンパク質配列を検索する
DESCRIPTION
HMMER は、生物学的配列アラインメントとデータベースのためのいくつかのプログラムのスイートです。
相同性検索。 「プロファイル隠れマルコフ モデル」と呼ばれる確率モデルを使用します。
(プロファイル HMM) 単一配列または配列のおそらく進化的相同体を表す
配列ファミリーの多重アラインメント。 研究の主な手段は、
HMMER の進化予測モデルを認識して正確に調整できるようにする
時間の経過とともにますます遠く離れた相同体。
HMMER は、指数関数的に増加する組織をグループ化するための組織ツールとしても使用されます。
生物学的配列を、十分に注釈が付けられた配列ファミリーの非常に小さなセットに分割します。 新しい
配列には、厳選された配列ファミリー データベースとの比較によって注釈を付けることができます。
シーケンス全体との比較に加えて、またはその代わりに、事前に構築された HMMER プロファイル
データベース。 Pfam、SMART、TIGRfams などのデータベースはこれに基づいています。
原理。
HMMER は XNUMX つの主なモードで使用されます。 配列データベースで配列の新しい相同体を検索します。
配列または配列ファミリー。 プロファイル データベース (Pfam など) を検索して、既知のものを見つける
クエリシーケンスが属するファミリー、またはクエリシーケンスがどのドメインを持っているか。 そして自動的に構築する
を使用した大規模なマルチプルアラインメント（つまり、事実上無制限の数の配列）
配列ファミリーを代表するプロファイル。
対象の配列ファミリーの複数の配列アラインメントがあり、
配列データベースで追加のホモログを検索したい。 の うーんビルド プログラムのビルド
複数のアライメントからのプロファイル。 の うーん検索 プログラムはタンパク質プロファイルを検索します
タンパク質配列データベースと照合し、 うーん ヌクレオチドプロファイルを検索します。
塩基配列データベース。
関心のある配列が XNUMX つあり、配列データベースを検索したいとします。
追加のホモログについては。 の ファーマー プログラムは、単一のタンパク質配列を検索します。
タンパク質配列データベース。 の ジャックマー プログラムは同じことを繰り返し実行します -
前のラウンドで検出された相同体は新しいプロファイルに組み込まれ、新しいプロファイルが
プロフィールが再度検索されます。 ファーマー BLASTP のように使用され、 ジャックマー のように使われます
プロテインPSI-BLAST。 の うーん プログラムは単一のヌクレオチド配列を検索します。
ヌクレオチド配列。
HMMER ベースのプロファイル HMM を使用して分析したいシーケンスがあるとします。
Pfam のようなデータベース (http://pfam.sanger.ac.uk）。 ザ うーんプレス プログラムはプロファイル HMM をフォーマットします
フラットファイル (Pfam からダウンロードするファイルなど) を HMMER バイナリ データベースにコピーします。
この うーんスキャン プログラムは、そのデータベースに対してタンパク質配列を検索します。 の nhmscan
プログラムは同様に、圧縮されたデータベースに対してヌクレオチド配列を検索できます。
Dfam などからのヌクレオチド プロファイル (http://dfam.janelia.org).
多数のシーケンスを整列させたいとします。 管理しやすいほど小さなものを構築できます
代表的な配列セットのアライメント、プロファイルの構築 うーんビルド、および
うーん プログラムを使用して、任意の数の配列をそのプロファイルに合わせて配置します。
HMMER には、大規模なプロファイル データベースを操作するための補助ツールもいくつか含まれています。
うーんフェッチ データベースから XNUMX つ以上のプロファイルを取得します。 うーん 要約統計を出力します
プロフィールファイルについて。
他のプロファイル ソフトウェアおよび以前のバージョンの HMMER との互換性のために、
うーん変換 プログラムはプロファイルを他のいくつかの形式に変換します。 さらにサポートを追加する予定です
他の形式については、時間の経過とともに変化します。
この うーん プログラムは、
プロフィール。 「コンセンサス」シーケンスを生成することもできます。
この うーん、シム プログラムは、スコア分布に関する統計を収集するために使用されるシミュレーターです。
ランダムシーケンスについて。
各プログラムには独自のマニュアル ページがあります。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mmer を使用する
