これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド last-pair-probs です。
プログラム：
NAME
last-pair-probs - ペアになった DNA リードのアライメントをゲノムに読み取り、推定を行います
SYNOPSIS
最後のペアの問題 [オプション] インターリーブアラインメント
最後のペアの問題 [オプション] アラインメント1 アラインメント2
DESCRIPTION
ゲノムに対するペアの DNA リードのアラインメントを読み取り、次のことを行います: (1) の分布を推定します。
ペアになったリード間の距離、(2) 各アライメントが一致する確率を推定します。
読み取りのゲノムソースを表します。
OPTIONS
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-r, --rna
リードがスプライシングされた可能性のある RNA からのものであると仮定します
-e, --estdist
距離の分布を推定するだけです
-m M, --ミスマップ=M
ミスマップ確率> M（デフォルト：0.01）でアライメントを記述しないでください
-f BP、 --フラグレン=BP
平均距離（bp）
-s BP、 --sdev=BP
距離の標準偏差
-d 問題、 --素な=プロブ
素マッピングの事前確率 (デフォルト: 0.02 -r、それ以外の場合は 0.01)
-c クロム、 --円形=クローム
染色体 CHROM が環状であることを指定します (デフォルト: chrM)
-V, - バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
onworks.net サービスを使用してオンラインで last-pair-probs を使用する
