これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドlast-trainです。
プログラム：
NAME
last-train-与えられたシーケンスを整列させるための適切なスコアパラメータを見つけようとします
SYNOPSIS
最終列車 最後のデータベース名 シーケンスファイル
DESCRIPTION
与えられたシーケンスを整列させるための適切なスコアパラメータを見つけてください。
OPTIONS
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
トレーニングオプション：
--revsym
逆補数対称性を強制します
--matsym
力対称置換行列
--ギャップシム
力の挿入/削除の対称性
--pid=PID
> PID％identity（デフォルト：100）のアライメントをスキップします
初期パラメータオプション：
-r スコア
一致スコア（デフォルト：Q> 6の場合は0、それ以外の場合は5）
-q コスト
不一致コスト（デフォルト：Q> 18の場合は0、それ以外の場合は5）
-p NAME
一致/不一致スコアマトリックス
-a コスト
ギャップ存在コスト（デフォルト：Q> 21の場合は0、それ以外の場合は15）
-b コスト
ギャップ拡張コスト（デフォルト：Q> 9の場合は0、それ以外の場合は3）
-A コスト
挿入存在コスト
-B コスト
挿入延長費用
配置オプション：
-D LENGTH
ランダムアラインメントごとのクエリ文字（デフォルト：1e6）
-E EG2平方ギガあたりの最大予想アライメント
-s ストランド
0 =リバース、1 =フォワード、2 =両方（デフォルト：DNAの場合は2、それ以外の場合は1）
-S 数
スコアマトリックスは、次のフォワードストランドに適用されます：0 =参照、1 =クエリ（デフォルト：1）
-T 数
アラインメントのタイプ：0 =ローカル、1 =オーバーラップ（デフォルト：0）
-m COUNT
クエリ位置ごとの最大初期一致（デフォルト：10）
-P スレッド
並列スレッドの数
-Q 数
入力フォーマット：0 = fasta、1 = fastq-sanger
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