これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド libscane です。
プログラム：
NAME
libscan - タンパク質ファミリーの診断検索。
SYNOPSIS
リブスキャン -モード リスト -グリブ boolean -ヘニク boolean -うーん boolean -サム boolean -pssm boolean
-シグ boolean -hmmpath string -hmmextn string -hmmoutpath string -hmoutextn string
-サンパス string -sameextn string -サムアウトパス string -サムテキストn string
-pssmpath string -pssmextn string -ナイター 整数 -脱穀 フロート -マックスヒット 整数
-pssmoutpath string -pssmouttextn string -gbvpath string -gbvextn string
-gbvgapo フロート -gbvgape フロート -gbvoutpath string -gbvouttextn string
-hnfpath string -hnfextn string -hnfgapo フロート -hnfgape フロート -hnfoutpath string
-hnfouttextn string -シグパス string -sigextn string -nterm リスト -サブ マトリックス
-シガポ フロート -シガペ フロート -sigoutpath string -シグーテキストn string -デシベル シーケンスセット
-scopf ファイル内
リブスキャン -助けて
DESCRIPTION
リブスキャン EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Protein：3DStructure」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
-モード リスト
libscan は、(i) データベース検索モードまたは (ii) ライブラリの XNUMX つのモードのいずれかで実行します。
画面モード。 データベース検索モードでは、libscan はそれぞれ XNUMX つ以上のディレクトリを読み取ります。
単一タイプの識別要素が含まれている場合、許可されるタイプはスパースです
シーケンス署名、グリブスコフ プロファイル、ヘニコフ プロファイル、または隠れマルコフ モデル。 で
ライブラリ スクリーン モード、libscan はシーケンス セットを読み取り、各シーケンスを
ライブラリ (識別要素のディレクトリ) を作成し、ライブラリ スキャン ファイル (
得点上位の家族）それぞれについて。 デフォルト値: 2
-グリブ boolean
デフォルト値：N
-ヘニク boolean
デフォルト値：N
-うーん boolean
デフォルト値：N
-サム boolean
デフォルト値：N
-pssm boolean
デフォルト値：Y
-シグ boolean
デフォルト値：N
-hmmpath string
デフォルト値：。/ lib /
-hmmextn string
デフォルト値: .hmm
-hmmoutpath string
デフォルト値：./
-hmoutextn string
デフォルト値: .hmmout
-サンパス string
デフォルト値：./
-sameextn string
デフォルト値: .mod
-サムアウトパス string
デフォルト値：./
-サムテキストn string
デフォルト値: .samout
-pssmpath string
デフォルト値: /data/structor/lib/pssm/
-pssmextn string
デフォルト値: .chk
-ナイター 整数
デフォルト値：1
-脱穀 フロート
デフォルト値：100
-マックスヒット 整数
デフォルト値：1000
-pssmoutpath string
デフォルト値：./
-pssmouttextn string
デフォルト値: .pssmout
-gbvpath string
デフォルト値：./
-gbvextn string
デフォルト値: .grib
-gbvgapo フロート
デフォルト値：10.0
-gbvgape フロート
デフォルト値：0.5
-gbvoutpath string
デフォルト値：./
-gbvouttextn string
デフォルト値: .gribout
-hnfpath string
デフォルト値：./
-hnfextn string
デフォルト値: .henik
-hnfgapo フロート
デフォルト値：10.0
-hnfgape フロート
デフォルト値：0.5
-hnfoutpath string
デフォルト値：./
-hnfouttextn string
デフォルト値: .henikout
-シグパス string
デフォルト値：./
-sigextn string
デフォルト値: .sig
-nterm リスト
デフォルト値：1
-サブ マトリックス
デフォルト値: EBLOSUM62
-シガポ フロート
デフォルト値：10.0
-シガペ フロート
デフォルト値：0.5
-sigoutpath string
デフォルト値：./
-シグーテキストn string
デフォルト値: .sigout
-デシベル シーケンスセット
データベース検索モードでは、libscan がシーケンスに対して各識別要素をスキャンします。
セット。 ライブラリ画面モードでは、libscan はシーケンスセットを読み取り、各シーケンスをスクリーニングします。
ライブラリ (識別要素のディレクトリ) に対して デフォルト値: 49142.vdhf
-scopf ファイル内
どちらのモードでも、ファミリーのソースとして「scop 分類ファイル」が必要です。
分類データ。 scop 分類ファイルには、分類およびその他のデータが含まれています
scop データベースからのドメインの場合。 ファイルはemblのような形式で生成されます。
スコパース著。 scopseqs を使用して、ドメイン シーケンス情報をファイルに追加できます。
デフォルト値: /data/ Structure/dcf/scop_raw.dcf
onworks.net サービスを使用してオンラインで libscane を使用する
