macs2_callpeak - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

macs2_callpeak - ChIP シーケンスのためのモデルベースの解析

DESCRIPTION

使用法: macs2 callpeak [-h] -t TFILE [TFILE ...] [-c [CFILE [CFILE ...]]]

[-f {AUTO、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、BOWTIE、BAMPE}]
[-g GSIZE] [--keep-dup KEEPDUPLICATES] [--buffer-size BUFFER_SIZE] [--outdir
OUTDIR] [-n NAME] [-B] [--verbose VERBOSE] [--trackline] [--SPMR] [-s TSIZE] [--bw
BW] [-m MFOLD MFOLD] [--fix-bimodal] [--nomodel] [--shift SHIFT] [--extsize
EXTSIZE] [-q QVALUE | EXTSIZE] -p PVALUE] [--to-large] [--ratio RATIO] [--down-sample]
[--seed SEED] [--nolambda] [--slocal SMALLLOCAL] [--llocal LARGELOCAL] [--broad]
[--ブロードカットオフ BROADCUTOFF] [--カットオフ分析] [--コールサミット] [--fe-カットオフ
フェカットオフ]

任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します

入力 ファイル 引数：
-t TFILE [TFILE ...]、 - 処理 TFILE [TFILE ...]
ChIP-seq 処理ファイル。 複数のファイルを「-t AB C」として指定すると、
すべて読み取られて一緒にプールされます。 必要。

-c [CFILE [CFILE ...]], - コントロール [Cファイル [Cファイル ...]]
制御ファイル。 複数のファイルを「-c AB C」として指定すると、それらは次の場所にプールされます。
ChIP-seqのバックグラウンドノイズを推定します。

-f {AUTO、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、BOWTIE、BAMPE}、 - フォーマット
{AUTO、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、BOWTIE、BAMPE}
タグファイルのフォーマット、「AUTO」、「BED」、「ELAND」、「ELANDMULTI」、「ELANDEXPORT」、または
「サム」または「バム」または「ボウタイ」または「バンペ」。 デフォルトの AUTO オプションでは、MACS が決定します。
ファイルの形式。 選択した場合は、READMEファイルの定義を確認してください
ELAND / ELANDMULTI / ELANDEXPORT / SAM / BAM / BOWTIE。 デフォルト：「自動」

-g GSIZE、 --gsize Gサイズ
有効なゲノムサイズ。 1.0e + 9または1000000000、またはショートカットにすることができます：人間の場合は「hs」
（2.7e9）、マウス（1.87e9）の場合は「mm」、C。elegans（9e7）の場合は「ce」、ミバエの場合は「dm」
（1.2e8）、デフォルト：hs

--キープダップ キープデュプリケート
まったく同じ位置にある重複タグに対する MACS の動作を制御します。 --
同じコーディネートと同じストランド。 「auto」オプションを使用すると、MACS が計算します。
を使用した二項分布に基づくまったく同じ位置の最大タグ
p値カットオフとして1e-5。 「all」オプションはすべてのタグを保持します。 整数の場合
したがって、最大でもこの数のタグが同じ場所に保持されます。 デフォルト
1 つのタグを同じ場所に保持することです。 デフォルト: XNUMX

- バッファサイズ バッファサイズ
読み取りを保存するために内部配列サイズを段階的に増加させるためのバッファ サイズ
アライメント情報。 ほとんどの場合、このパラメータを変更する必要はありません。
ただし、染色体/コンティグ/足場が多数ある場合は、
アライメントを減らすために、より小さいバッファ サイズを指定することをお勧めします。
メモリ使用量 (ただし、アライメント ファイルの読み取りに時間がかかります)。 最小メモリ
アライメント ファイルの読み取り要求は、約 CHROMOSOME の # BUFFER_SIZE * 2 です
バイト。 デフォルト: 100000

出力 引数：
--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ

-n 名前、 - 名前 NAME
実験名。出力ファイル名の生成に使用されます。 デフォルト: 「なし」

-B, --bdg
拡張フラグメント パイルアップとローカル ラムダ トラック (XNUMX つ) を保存するかどうか
ファイル) を bp ごとに bedGraph ファイルに書き込みます。 デフォルト: 偽

-詳細 詳細
ランタイムメッセージの詳細レベルを設定します。 0：重要なメッセージのみを表示、1：表示
追加の警告メッセージ、2：プロセス情報を表示、3：デバッグメッセージを表示。
デフォルト：2

--トラックライン
bedGraph ファイルにトラックラインを含めるように MACS に指示します。 このトラックラインを含めるには
UCSCゲノムブラウザでbedGraphを表示中に、名前と説明を表示できます。
ファイルも同様です。 ただし、私の提案は、bedGraph を bigWig に変換してから表示することです。
UCSC ゲノムブラウザのより小さくて高速なバイナリ bigWig ファイル、および
下流の分析。 必須 -B 設定されます。 デフォルト: トラックラインを含めません。

--SPMR True の場合、MACS はフラグメント パイルアップ プロファイルの XNUMX 万リードごとのシグナルを保存します。
必要とする -B 設定されます。 デフォルト: 偽

移動 引数：
-s TSIZE、 --tsize サイズ
タグのサイズ。 これにより、自動検出されたタグサイズが上書きされます。 デフォルト：設定されていません

--bw BW
フラグメントサイズを計算するために領域を選択するためのバンド幅。 この値は使用されるだけです
シフトモデルを構築している間。 デフォルト：300

-m MFOLD MFOLD、 --mfold MFOLD MFOLD
MFOLD範囲内の高信頼性濃縮比の領域を選択します。
モデルを構築するための背景。 リージョンのフォールドエンリッチメントは、上部より低くする必要があります
制限、および下限よりも高い。 「-m10」として使用します。 デフォルト：30 5

--fix-bimodal
自動ペアモデルプロセスをオンにするかどうか。 設定されている場合、MACS のビルドに失敗したとき
ペアリングされたモデルの場合、nomodel 設定が使用されます。 --exsize 拡張するパラメータ
各タグは 3' 方向に向かって配置されます。 この自動固定を使用しないのがデフォルトです
今の振る舞い。 デフォルト: 偽

--nomodel
シフトモデルを構築するかどうか。 True の場合、MACS はモデルを構築しません。 に
デフォルトでは、size = 100 をシフトすることを意味します。extsize を設定して変更してみてください。 デフォルト：
×

- シフト SHIFT
(遺産ではありません --shiftsize オプション!) bp の任意のシフト。 慎重に判断してください
デフォルト値以外に設定しているとき。 NOMODEL が設定されている場合、MACS はこれを使用します。
値を指定して切断端 (5') を 5'->3' 方向に移動し、EXTSIZE を適用します。
それらをフラグメントに拡張します。 この値が負の場合、端は手前に移動します。
3'→5'方向。 ChIP-Seq データセットの場合はデフォルトの 0 のままにすることをお勧めします。または -1
* EXTSIZE の半分と、強化された切断軌跡を検出するための EXTSIZE オプション
特定の DNAseI-Seq データセットなど。 次の場合は 0 以外の値を設定できないことに注意してください。
ペアエンドデータの形式は BAMPE です。 デフォルト: 0。

--extsize 拡張サイズ
任意の拡張子サイズ (bp)。 nomodel が true の場合、MACS はこの値を使用します。
フラグメント サイズとして各リードを 3' 末端に向かって拡張し、それらを積み上げます。 これは
廃止された SHIFTSIZE の数のちょうど XNUMX 倍です。 以前の言語では、それぞれの読みは次のようになります。
5'->3' 方向にフラグメントの中央に 1/2 d 移動し、両方に延長
1/2 d の方向。 これは、各読み取りが次の方向に拡張されると言うのと同じです。
広告サイズのフラグメントに 5 フィート→ 3 フィート。 デフォルト: 200。EXTSIZE と SHIFT は次の場合に組み合わせることができます。
必要。 SHIFTオプションをチェックしてください。

ピーク 呼び出し 引数：
-q キューバリュー、 --qvalue QVALUE
ピーク検出の最小 FDR (q 値) カットオフ。 デフォルト: 0.05。 -q, -p 　
相互に排他的。

-p P値、 --p値 P値
ピーク検出の P 値カットオフ。 デフォルト: 設定されていません。 -q, -p 相互に
エクスクルーシブ。 pvalue カットオフが設定されている場合、qvalue は計算されず、次のようにレポートされます。
-1 最終的な .xls ファイル内。

--大きすぎる
設定すると、小さなサンプルが大きなサンプルにスケールアップされます。 デフォルトでは、大きいほど
データセットはより小さいデータセットに向かってスケールダウンされ、結果としてデータセットのサイズが小さくなります。
p/q値とより具体的な結果。 スケールダウンするとパフォーマンスが低下することに注意してください
背景ノイズが増えます。 デフォルト: 偽

- 比率 RATIO
設定すると、ChIP/コントロールのカスタム スケーリング比を使用します (例: NCIS を使用して計算)
線形スケーリング用。 デフォルト: インゴレ

--ダウンサンプル
ランダム サンプリング方法を設定すると、より大きなサンプルがスケールダウンされます。 デフォルトでは、
MACS は線形スケーリングを使用します。 警告: このオプションを使用すると、結果が不安定になり、
毎回ランダムな読み取りが選択されるため、再現不可能です。 使用を検討してください
代わりに「randsample」スクリプトを使用します。 併用すると --SPMR、1
XNUMX 万件の一意の読み取りがランダムに選択されます。 注意:
実装すると、選択された読み取りの最終的な数が期待どおりにならない可能性があります。
デフォルト: 偽

- シード シード
データのダウンサンプリング中にランダム シードを設定します。 負でない整数でなければなりません
効果を発揮するために。 デフォルト: 設定されていません

--nolambda
True の場合、MACS は各ピークのローカル ラムダとして固定バックグラウンド ラムダを使用します。
領域。 通常、MACS はローカル バイアスを反映する動的ローカル ラムダを計算します。
潜在的なクロマチン構造のため。

--ローカル 小規模なローカル
動的ラムダを計算するための塩基対の小さな近くの領域。 これは、
山頂付近のバイアスを捉えます。 制御データがない場合は無効となります。
これを 0 に設定すると、MACS は slocal ラムダ計算をスキップします。 *注意*MACS
は常に d サイズのローカル ラムダ計算を実行します。 最終的なローカルバイアスは次のようになります。
d、slocal、および llocal サイズのウィンドウからのラムダ値の最大値になります。
デフォルト：1000

--ローカル 大ローカル
動的ラムダを計算するための塩基対の大きな近隣領域。 これは、
サラウンドバイアスをキャプチャします。 これを 0 に設定すると、MACS は llocal ラムダをスキップします
計算。 *注意* MACS は常に d サイズのローカル ラムダを実行します。
計算。 最終的なローカル バイアスは、d からのラムダ値の最大値である必要があります。
slocal および llocal サイズのウィンドウ。 デフォルト: 10000。

--広範な
設定されている場合、MACS は近くの高度に濃縮されたピークをリンクすることによって幅広いピークを呼び出そうとします。
地域。 結合領域は、別のカットオフによって制御されます。
--リンク-カットオフ。 結合領域の最大長は、MACS の d の 4 倍です。
デフォルト: 偽

--広範なカットオフ ブロードカットオフ
広範囲のカットオフ。 このオプションは次の場合には使用できません。 --広範な が設定されています。 もしも -p
が設定されている場合、これは pvalue カットオフです。それ以外の場合、それは qvalue カットオフです。 デフォルト: 0.1

--カットオフ分析
設定中、MACS2 は呼び出し可能なピークの数または全長を分析します。
異なる p 値カットオフを使用して、ユーザーがより適切な値を決定できるように要約テーブルを出力します。
切り落とす。 テーブルは NAME_cutoff_analysis.txt ファイルに保存されます。 注、ミンレンと
maxgap は結果に影響を与える可能性があります。 警告: 完了までに最大 30 倍の時間がかかる場合があります。
デフォルト: 偽

後処理 オプション：
-- コールサミット
設定されている場合、MACS はより洗練された信号処理アプローチを使用して、
濃縮された各ピーク領域のサブピークの頂上。 デフォルト: 偽

--fe-カットオフ フェカットオフ
設定すると、その値は倍率濃縮が低いピークをフィルタリングするために使用されます。
MACS2 は、フォールドエンリッチメントを計算する際に疑似カウントとして 1.0 を使用することに注意してください。 デフォルト: 1.0

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