これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド Mustang です。
プログラム：
NAME
Mustang - 複数の構造アライメントアルゴリズム
SYNOPSIS
ムスタング [オプション] ファイル...
DESCRIPTION
このマニュアルページでは、 ムスタング
マスタング 複数の構造を整列させるアルゴリズムを実装するプログラムです。
タンパク質の構造。 一連の PDB ファイルが与えられると、プログラムは次の空間情報を使用します。
セットのアルファ原子を使用して配列アライメントを生成します。 進歩的な考え方に基づいて、
ペアワイズ ヒューリスティックにより、アルゴリズムは多数の改良パスを経て進みます。
マスタング 複数の配列アラインメントと対応する重ね合わせを報告します。
構造。
コマンドラインを短くするために、ユーザーはパスとファイル名を
(説明) ファイルを作成し、コマンド ラインで「-f」を使用して説明ファイルを指定します。
オプション。 たとえば、インストールのテストに使用されるファイルを参照してください。
'/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'。
PATH にはプレフィックス「>」が必要です。 プログラムがこのファイルを解析するとき、次の行を探します。
「>」記号で始まります (記号の前後の空白は無視されます)。 パス
アライメントする構造の PDB ファイルを含むファイルが続く必要があります。 例を参照してください。
/usr/share/doc/mustang/examples/test_zf-CCHH'。
ファイル名には接頭辞「+」が必要です (この記号の前後の空白は無視されます)。
PATH を指定する場合は、「+」記号の後にファイル名のみを指定する必要があります。
ただし、PATH 行が指定されていない場合は、構造体の絶対パス/相対パス
ファイルを提供する必要があります。
説明ファイルの形式については、「 -f CmdLine オプション)。
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。
-p
アライメントする (PDB) 構造を保持するディレクトリへのパス。
-i ...
アライメントする入力構造。 注: もし -p オプションはコマンドラインで使用されます。
構造体のファイル名のみを指定します。 そうでない場合は、絶対/相対を指定してください
各入力構造体のパス。
-f <説明 ファイル>
このオプションは、パスの入力を避けるために使用されます (-p）とファイル名（-i) 詳細はこちら
コマンドライン。 代わりに、コマンドラインを短くするために、ユーザーは次のように入力できます。
パスとファイル名の詳細を「説明」ファイルに記述し、コマンドで指定します。
ライン。 「説明ファイル」の形式については、「説明ファイル」で詳しく説明します。
上記の「説明」セクション。 注: オプション { -p , -i} そして {-f}は相互に
排他的。
-o <出力 識別子>
プログラムのさまざまな出力に共通の識別子。 適切な拡張子
（例えば .html、 .pdb、 .msf）がこれに追加されます
ユーザーがコマンドラインで指定したオプションに応じて識別子が決まります。
デフォルトの出力識別子: 'results'
-F
アライメント出力形式。 の選択肢 : 'html'、'fasta'、'pir'、
「msf」。 デフォルトの形式: 'html'
-D 【カ・カ 直径]
残基が灰色の小文字で報告される HTML ファイルを作成します。
列内の残基の CA-CA 直径を整列（重ね合わせ）したときのバックグラウンド
アライメントは CA-CA 直径のしきい値を超えています。
-s [ / 】
に基づいてすべての構造の最適な重ね合わせを含む PDB ファイルを生成します。
アライメント。 デフォルト: 「オン」。
-r [ / 】
複数の重ね合わせの rmsd テーブルを回転行列とともにファイルに出力し、
各入力構造に対応する変換ベクトル。 デフォルト: 「オフ」。
- 助けて ヘルプメッセージを表示して終了します。
- バージョン
バージョン情報を出力して終了します。
作者
マスタング AS Konagurthu のアルゴリズムを使用して、AS Konagurthu によって作成されました。 et アル。
(参考資料を参照)
メンズ ページ
このマニュアル ページはもともと Morten Kjeldgaard によって作成されました ([メール保護]）を使用して、
からの情報 マスタングの --help オプション。
REFERENCE
AS コナグルス、J. ウィストック、PJ スタッキー、および AM レスク、マスタング: 複数の
構造アライメントアルゴリズム、 タンパク質、 64(3) 559-574 とします。
バグ レポート
arun AT csse DOT unimelb DOT edu DOT au
onworks.net サービスを使用してマスタングをオンラインで使用する
