これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド NDist です。
プログラム：
NAME
AmpliconNoise - ハイスループットのヌクレオチド配列データからノイズを除去します。
VERSION
このドキュメントはバージョン 1.22 を参照しています。
SYNOPSIS
見る /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz 実行方法の詳細については、
DESCRIPTION
以下のツールが含まれています。 それらのほとんどには MPI に相当するものがあります。たとえば、
SeqNoise には、mpirun で使用できる同等の SeqNoiseM があります。
ファスタユニーク - fasta ファイルの複製を解除します
-in 文字列入力ファイル名
オプション：
Fクラスター
-in 文字列距離入力ファイル名
-out string 出力ファイルのスタブ
オプション：
-r 解決策
-平均的なリンケージ
-w 重みを使用します
-i 識別子を読み取ります
-s スケール距離。
NDist - fasta ファイルからのペアごとの Needleman-Wunsch シーケンス距離行列
-in 文字列 Fata ファイル名
オプション：
-i 識別子を出力します
ペルセウス - モンスターを倒す
-sin string シーケンスファイル名
オプション：
-tin 文字列参照配列ファイル
-a 出力の位置合わせ
-d 不均衡を使用します
-rin 文字列検索ファイル名
パイロディスト - フローグラムからのペアごとの距離行列
-in 文字列フローファイル名
-out スタブ アウトファイルスタブ
オプション：
-ni dat ファイルにインデックスがありません
-rin 文字列検索ファイル名
パイロノイズ - アライメントなしでフローグラムをクラスター化します。
-din 文字列フローファイル名
-out string クラスター入力ファイル名
-lin 文字列リストファイル
オプション：
-v冗長
-c 二重初期カットオフ
-ni dat ファイルにインデックスがありません
-s 倍精度
-rin file ルックアップファイル名
SeqDist - fasta ファイルからのペアごとの距離行列
-in string fasta ファイル名
オプション：
-i 識別子を出力します
-rin 文字列検索ファイル名
シーケンスノイズ - クラスターシーケンス
-in 文字列シーケンス ファイル名
-din 文字列距離行列ファイル名
-out string クラスター入力ファイル名
-lin 文字列リストファイル
オプション：
-min マッピング ファイル
-v冗長
-c 二重初期カットオフ
-s 倍精度
-rin 文字列検索ファイル名
SplitClusterEven
-din 文字列データ ファイル名
-min 文字列マップ ファイル名
-tin 文字列ツリー ファイル名
-s 分割サイズ
-m 最小サイズ
onworks.net サービスを使用してオンラインで NDist を使用する