これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド phyutility です。
プログラム：
NAME
phyutility - 配列と系統発生を操作するためのツール
SYNOPSIS
機能性
DESCRIPTION
Phyutility は、単純な分析または変更を実行するコマンド ライン プログラムです。
ツリーとデータ マトリックスの両方。
OPTIONS
特定のコマンドのヘルプを取得するには、オプションを使用します -h
コマンド
for 木：
コンセンサス
コンセンサス ツリーを計算します。 -con -t のように使用する-の-アウト
。
変換
ツリー ファイルを変換します。 -vert -in のように使用する-アウト.
リーフスタブ
葉の安定指数の計算。 -ls -in のように使用する.
リンムーブ
系統移動計算。 -lm -names のように使用する-木
-の-アウト.
プルーン
系統を剪定します。 -pr -names のように使用する-の-アウト.
再ルート
ツリーを再ルートします。 -rr -names のように使用する-の-アウト.
薄く
細い木。 -tt # -in のように使用-アウト.
ツリーサップ
一連の木のサポート。 -ts -tree のように使用する-の-アウト.
for シーケンス:
しきい値に基づいて seq をトリムします。 -clean # -in のように使用-アウト-aa
.
連結
アラインメントを連結します。 -concat -in のように使用する-アウト-aa
強制 aa>.
NCBIGET
NCBI から seq をフェッチします。 オプションについては、phyutility -h ncbiget を実行します。
NCBIサーチ
NCBI を検索します。 オプションについては、phyutility -h ncbisearch を実行します。
パーズ
genbank の結果を解析します。 オプションについては、phyutility -h parse を実行します。
実施例
phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
testall.tre の木のセットのコンセンサス 0.5 未満の枝を折りたたむ
周波数。
phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
ツリー ファイルを、test.tre の newick から testvert.nex の nexus に変換します。
phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
2 つのアライメント ファイルを testall.nex の nexus に連結します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで phyutility を使用する
