poa - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

poa - シーケンスまたはアライメントのセットを整列させます。

SYNOPSIS

ポア [オプション] [マトリックスファイル]

一つ -read_fasta, -read_msaまたは -read_msa_list 引数を使用する必要があります。
シーケンスまたはアライメント ファイルが必要です。

DESCRIPTION

POA Partial Order Alignment は、多重配列アラインメント (MSA) 用の高速プログラムです。
バイオインフォマティクス。 その利点は、速度、拡張性、感度、そして優れた機能です。
アライメント内の分岐/インデルを処理する能力。 部分的な順序の調整は、
MSA へのアプローチ。プログレッシブなどの既存の手法と組み合わせることができます。
アライメント。 POA は MSA のペアを最適に調整するため、直接適用できます。
CLUSTAL などのプログレッシブ アライメント手法に。 大規模なアライメントの場合、プログレッシブ POA は
CLUSTALWよりも10～30倍高速です。

例

ポア -read_fasta マルチダムシーケンス -クラスター マルン ブロサム80.マット

Debian システムでは、 ポア 次のコマンドを使用してテストできます。

ポア -read_fasta /usr/share/doc/poa/examples/multidom.seq -クラスター / dev / stdout -v
/usr/share/poa/blosum80.mat

OPTIONS

入力
-read_fasta FILE
FASTAシーケンスファイルを読み込みます。

-read_msa FILE
MSA アライメント ファイルを読み込みます。

-read_msa2 FILE
XNUMX 番目の MSA ファイルを読み取ります。

-サブセット FILE
MSA をフィルタリングしてファイルに配列のリストを含めます。

-サブセット2 FILE
XNUMX 番目の MSA をフィルターして、ファイル内の配列のリストを含めます。

-削除する FILE
MSA をフィルタリングしてファイルに配列のリストを含めます。

-削除2 FILE
XNUMX 番目の MSA をフィルターして、ファイル内の配列のリストを含めます。

-read_msa_list FILE
file にリストされている各ファイル名から MSA を読み取ります。

-下
FASTA/MSA シーケンスを強制的に小文字にします (マトリックス ファイル内のヌクレオチド)。

-タッパー
FASTA/MSA シーケンスを強制的に大文字にします (マトリックス ファイル内のアミノ酸)。

調整
-do_global
グローバルアライメントを行います。

-do_プログレッシブ
セットからの隣接結合によって構築されたガイド ツリーを使用して、プログレッシブ アライメントを実行します。
配列間の類似性スコア。

-read_pairscores FILE
類似性スコアのタブ区切りファイルを読み取ります (指定されていない場合、スコアは構築されます)
ペアワイズ配列アラインメントを使用します。)

-fuse_all
同じ文字を整列リングに融合します。

分析
-hb
最も重いバンドルを実行して合意を生成します。

-hbmin VALUE
パーセント ID (分数として) を持つ最も重いバンドル シーケンスに含める >= VALUE.

出力
-pir FILE
MSAをPIR形式で書き出します。

-クラスター FILE
MSAをCLUSTAL形式で書き出します。

-ぽ FILE
MSAをPO形式で書き出します。

-preserve_seqorder
入力順にシーケンスを含む MSA を書き出します。

-プリントマトリックス LETTERS
スコア行列を標準出力に出力します。

-最高
MSA 出力を最も重いバンドルに制限します (PIR のみ)。

-v
詳細モードで実行します (需給ギャップペナルティなど)。

REFERENCE

Grasso C、Lee C. (2004) 部分順序整列とプログレッシブの組み合わせを引用してください。
複数の配列アライメントにより、アライメント速度とスケーラビリティが非常に大幅に向上します
アライメントの問題。 バイオインフォマティクス。 2004 年 10 月 XNUMX 日。20(10):1546-56。 Epub 2004 12 月 XNUMX 日。

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