prettyplote - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

prettyplot - きれいな書式設定でシーケンス アラインメントを描画します

SYNOPSIS

きれいなプロット -シーケンス シーケンスセット [-マトリックスファイル マトリックス] [-残基パーライン 整数]
[-再ブレイク 整数] [-色 boolean] [- アイデンティティ string]
[-c類似性 string] [-兄弟 string] [-ドカラー boolean] [-シェード string]
[-ペア 配列] [-身元 整数] [-ボックス boolean] [-ボックスコル boolean]
[-boxuse string] [-名前 boolean] [-マックスネームレン 整数] [-数 boolean]
[-リストオプション boolean] [-複数 フロート] [-コンセンサス boolean]
[-衝突 boolean] [-別 リスト] [-ショースコア 整数]
[-ポートレート boolean] -グラフ グラフ

きれいなプロット -助けて

DESCRIPTION

きれいなプロット EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「配置: 複数、表示」コマンド グループの一部です。

OPTIONS

入力
-シーケンス シーケンスセット

-マトリックスファイル マトリックス
これは、シーケンスを比較するときに使用されるスコアリングマトリックスファイルです。 デフォルトでは、
ファイル「EBLOSUM62」（タンパク質の場合）またはファイル「EDNAFULL」（核酸配列の場合）。 これらは
ファイルは、EMBOSSインストールの「data」ディレクトリにあります。

NEW
-残基パーライン 整数
各行に表示される残基の数 デフォルト値: 50

-再ブレイク 整数
デフォルト値: $(residuesperline)

-色 boolean
デフォルト値：Y

- アイデンティティ string
デフォルト値: 赤

-c類似性 string
デフォルト値: 緑

-兄弟 string
デフォルト値: 黒

-ドカラー boolean
デフォルト値：N

-シェード string
通常のシェーディング (黒、淡い、明るい、白) の場合は BPLW に設定するため、ペア = 1.5,1.0,0.5
and shade = BPLW Residues score Color 1.5以上… BLACK (B) 1.0～1.5… BROWN
(P) 0.5 ～ 1.0 ... 小麦 (L) 0.5 未満 .... 白 (W) XNUMX 文字のみ許可
任意の順序で BPLW です。

-ペア 配列
デフォルト値：1.5,1.0,0.5

-身元 整数

-ボックス boolean
デフォルト値：Y

-ボックスコル boolean
デフォルト値：N

-boxuse string
デフォルト値: グレー

-名前 boolean
デフォルト値：Y

-マックスネームレン 整数
デフォルト値：10

-数 boolean
デフォルト値：Y

-リストオプション boolean
デフォルト値：Y

-複数 フロート
デフォルト値: @( $(sequences.totweight) / 2)

コンセンサス
-コンセンサス boolean
デフォルト値：N

-衝突 boolean
デフォルト値：Y

-別 リスト
値は 0:通常の衝突チェックです。 (デフォルト) 1:同一のスコアを
最大スコアが見つかりました。 したがって、他の残基が同じスコアに一致する場合、衝突が発生します
発生しました。 2:別の残基が一致するスコア以上であり、
これらが一致しない場合、衝突が発生しています。 3:含まれていないものすべてにチェックを入れる
現在のコンセンサス.これらのいずれかが一致または同一のスコアに対して最高のスコアを与える場合
その後、衝突が発生しました。

-ショースコア 整数
デフォルト値: -1

-ポートレート boolean
デフォルト値：N

出力
-グラフ グラフ

onworks.net サービスを使用して、prettyplote をオンラインで使用する