これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド primeGSRf です。
プログラム：
NAME
primeDLRS、primeGSRf - ゲストインホスト ツリー調整ツール
SYNOPSIS
プライムDLRS [OPTIONS] seqファイル ホストファイル [gsファイル]
DESCRIPTION
ゲストインホスト ツリー調整ツール。ゲスト ツリー トポロジなどの分析を可能にします。
調整プロパティと重複損失率。 ベイジアン MCMC フレームワークに基づく
基礎となる GSR モデルを使用します。 古いプログラム名 primeGSRf は、引き続き
primeDLRS へのシンボリックリンク。
1) ゲスト ツリー トポロジとその発散時間は、重複を使用してモデル化されます。
遺伝子進化モデル (GEM) に従った損失プロセス。
2) 配列の進化は、ユーザー定義の置換モデルを使用してモデル化されます。
3) ゲストツリーのエッジにわたる配列進化速度の変動 (緩和された分子時計)
ユーザーが選択したディストリビューションの iid 値を使用してモデル化されます。
4) 部位 (位置) にわたる配列進化速度の変動は、次のようにモデル化されます。
離散化されたガンマ分布。
この実装では、ホスト ツリーの離散化を使用して計算を実行します。
デフォルト設定を変更する必要があるため、利用可能なオプションを確認してください。 オプション -r
スケーリングによる数値の問題を回避するのに役立つ場合があります。
seqファイル ゲスト ツリーの葉の配列が整列されたファイルです。
ホストファイル は、ホスト ツリーを含む PrIME Newick ファイルです。 発散時間。 葉には必ず必要なものがあります
time 0 と root は time > 0 です。
gsファイル 情報が存在しない場合、ゲスト ツリーの葉をホスト ツリーの葉に関連付けるタブ区切りのファイルです。
に含まれます ホストファイル。
OPTIONS
-h, -u, -?
ヘルプ（このテキスト）を表示します。
-o FILE
出力ファイル名。 デフォルトは標準エラー出力です。
-s UNSIGNED_INT
擬似乱数生成器のシード。 デフォルトはランダムシードです。
-i UNSIGNED_INT
反復回数。 デフォルトは です。
-t UNSIGNED_INT
間引き、つまりサンプルごとに- 回目の反復。 デフォルトは です。
-w UNSIGNED_INT
診断を標準エラー出力に出力する間隔- 番目のサンプル。 デフォルトは です。
-q 診断を出力しません。 デフォルトでは静かではありません。
-m MCMC|PDHC|PD
実行タイプ (MCMC、初期値からの事後密度ヒルクライミング、または単に
初期事後密度)。 デフォルトは です。
-SM ユニフォームAA|JC69|F81|JTT|ユニフォームコドン|アーヴェコドン
代替モデル。 デフォルトでは。
-スー DNA|アミノ酸|コドン
...float(n*(n-1)/2)>
ユーザー定義の置換モデル。 Pi と R のサイズはデータ型 (DNA: n=4、
アミノ酸: n=20、コドン: n=62)。 R は、平坦化された上三角行列として与えられます。
オプション -Su と -Sm の両方を使用しないでください。
-スン UNSIGNED_INT
シーケンス進化率の離散化ガンマ分布のステップ数
サイト間のばらつき。 デフォルトは (変更なし) です。
-Ed ガンマ|InvG|LogN|均一
ゲスト ツリー エッジにわたる iid シーケンスの進化速度の変動の分布。
デフォルトは (-Sn と混同しないように) です。
-EP FLOAT FLOAT
シーケンス進化率の初期平均と分散。 デフォルトは単純なルールです
ホストツリー時間に基づく親指。
-エフ シーケンス進化率の平均と分散を修正します。 デフォルトでは固定されていません。
-ギ FILE
初期ゲスト ツリー トポロジのファイル名。
-ぐぐ 初期のゲスト ツリー トポロジを修正します。つまり、ブランチ スワッピングを実行しません。 によって固定されていない
デフォルト。
-Gl (トポロジに加えて) ゲスト ツリーの初期エッジ長を修正します。つまり、エッジを修正します。
長さ。 デフォルトでは固定されていません。
-血圧 FLOAT FLOAT
初期の重複率と損失率。 デフォルトは と です。
-Bf 初期の重複率と損失率を修正します。 デフォルトでは固定されていません。
-BT FLOAT
ホスト ツリーのルートより上のエッジの時間範囲をオーバーライドします。 値が <=0 の場合、スパン
ルートからリーフまでの時間と等しくなるように設定されます。 デフォルトはホスト ツリー ファイルの値です。
オプション -Dtt も参照してください。
-Dt FLOAT
おおよその離散化タイムステップ。 すべてのエッジを均等に分割するには 0 に設定します。
部品 (-Di を参照)。 デフォルトは です。 ルート上のエッジについては、-Dtt を参照してください。
-ディ UNSIGNED_INT
各エッジをスライスするパーツの最小数。 -Dt が 0 に設定されている場合、これは
正確な部品数。 最小値は 2。デフォルトは です。 ルート上のエッジについては、-Dtt を参照してください。
-だった UNSIGNED_INT
ホスト ツリーのルート上のエッジの離散化ポイントの数をオーバーライドします。 による
デフォルトでは、時間範囲に関係なく、これは XNUMX 回のポイント数に設定されます。
(仮想の) 根から葉までのエッジ
-r ルートからリーフまでの時間が 1.0 になるようにホスト ツリーを再スケールします。 すべて推測
パラメータは新しいスケールを参照します。 デフォルトではオフです。 離散化に注意してください
パラメータは再スケールされません。
-Z 経過時間と CPU 時間を印刷しません
-W コマンドラインを出力しないでください
-デバッグ情報
その他を表示します。 反復する前に情報を標準エラー出力に保存します。 デフォルトでは表示されません。
EXIT ステータス
0 プログラムの実行が成功しました。
1 エラーが発生しました
URL
プライムフィロのホームページ： http://prime.sbc.su.se
onworks.net サービスを使用してオンラインで primeGSRf を使用する
