これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できる放蕩コマンドです。
プログラム：
NAME
prodigal - 微生物（細菌および古細菌）遺伝子発見プログラム
SYNOPSIS
放dig [-a トランスファイル] [-c] [-d nuc_file] [-f 出力タイプ] [-g tr_table] [-h] [-i
入力ファイル] [-m] [-n] [-o 出力ファイル] [-p モード] [-q] [-s 開始ファイル] [-t トレーニング ファイル]
[-v]
DESCRIPTION
Prodigal (原核生物動的プログラミング遺伝子探索アルゴリズム) は微生物 (細菌) です。
オークリッジ国立研究所と古細菌）遺伝子発見プログラムと
テネシー大学。
OPTIONS
-a: 選択したファイルにタンパク質翻訳を書き込みます。
-c：クローズドエンド。 遺伝子が端からはみ出さないようにしてください。
-d: 選択したファイルに遺伝子の塩基配列を書き込みます。
-f: 出力形式 (gbk、gff、または sco) を選択します。 デフォルトはgbkです。
-g: 使用する変換テーブルを指定します (デフォルトは 11)。
-h: ヘルプ メニューを印刷して終了します。
-i: 入力ファイルを指定します (デフォルトは標準入力から読み取ります)。
-m: n の連続をマスクされたシーケンスとして扱い、それらをまたいで遺伝子を構築しません。
-n: Shine-Dalgarno トレーナーをバイパスし、プログラムにモチーフのスキャンを強制します。
-o: 出力ファイルを指定します (デフォルトは stdout に書き込みます)。
-p：手順（シングルまたはメタ）を選択します。 デフォルトはシングルです。
-q: 静かに実行します (通常の stderr 出力を抑制します)。
-s: すべての潜在的な遺伝子 (スコア付き) を選択したファイルに書き込みます。
-t: トレーニング ファイルを書き込みます (存在しない場合)。 それ以外の場合は、指定されたものを読み取って使用します
トレーニングファイル。
-v: バージョン番号を出力して終了します。
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