pymvpa2-mkevds - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

pymvpa2-mkevds - データセットから (マルチサンプル) イベントを抽出する

SYNOPSIS

pymvpa2 mkevds [- バージョン] [-h] -i データセット [データセット ...] [-- イベント属性 ATTR [ATTR ...] |
--発症 [タイム [タイム ...]] | --csv イベント ファイル名 | --fsl-ev3 ファイル名 [ファイル名 ...]]
[--時間属性 ATTR] [--onset-column ATTR] [- オフセット VALUE] [- 間隔 VALUE] [- マッチ-
戦略 {前、次、最も近い}] [--イベント圧縮 {平均、中央値、最小、最大}] [--追加-sa VALUE
[VALUE ...]] [--追加-ファ VALUE [VALUE ...]] [--add-sa-txt VALUE [VALUE ...]] [--add-fa-txt
VALUE [VALUE ...]] [--add-sa-attr ファイル名] [--add-sa-npy VALUE [VALUE ...]] [--add-fa-npy
VALUE [VALUE ...]] -o 出力 [--hdf5-圧縮 タイプ]

DESCRIPTION

データセットから (マルチサンプル) イベントを抽出する

任意の数の入力データセットが HDF5 ストレージから読み込まれます。 読み込まれたすべてのデータセットは
サンプル軸に沿って連結されます。 発症と期間に関する情報に基づく
一連のイベントに対応するサンプルが入力データセットから抽出され、
イベントサンプルに変換されます。 イベントサンプルは複数で構成することができます
入力サンプル (つまり、時間ウィンドウ)。

イベントは、開始サンプル ID と、イベントを構成する連続サンプル数によって定義されます。
イベント。 ただし、イベントは一時的な開始と期間として定義することもできます。
入力データセットのタイムスタンプ情報を使用してサンプル ID に変換されます。

「mkds」コマンドと同様に、イベント関連のデータセットは任意の
feature および sample 属性 (後者のイベントごとに XNUMX つの値)。

完成したイベント関連のデータセットは、HDF5 ファイルに書き込まれます。

OPTIONS

- バージョン
プログラムのバージョンとライセンス情報を表示して終了します

-h, - 助けて, --ヘルプ-np
このヘルプ メッセージを表示して終了します。 --ヘルプ-np ポケベルの使用を強制的に無効にします
ヘルプを表示するためのものです。

-i データセット [データセット ...]、 - 入力 データセット [データセット ...]
XNUMX つ以上の PyMVPA データセット ファイルへのパス。 すべてのデータセットは XNUMX つにマージされます。
単一のデータセット (vstack 化) を指定順に並べます。 場合によっては、このオプションは
複数の個別の入力データセットが存在する場合は、複数回指定する必要があります。
必要。

オプション for 定義 イベント （選ぶ XNUMX）：
-- イベント属性 攻撃 [攻撃 ...]
サンプル属性のセットからの値の一意の組み合わせとしてイベントを定義します。
入力データセットに表示される順序ですべてのサンプルを調べると、
イベントの開始は、属性値の組み合わせの変化によって決定されます。
イベントの長さは、同一の連続した値の数によって決まります
組み合わせ。

--発症 [時間[時間...]]
コマンドラインからイベント開始のリスト (float) を読み取ります (スペース区切り)。 もしも
このオプションは指定されていますが、引数が指定されていません。オンセットは STDIN から読み取られます
(XNUMX 行に XNUMX つ)。 もしも --時間属性 も指定されている場合、オンセットは時間として解釈されます
それ以外の場合は、サンプルの整数 ID として扱われます。

--csv イベント ファイル名
CSV テーブルからイベント情報を読み取ります。 さまざまな方言がサポートされています。 CSV
ファイルには、最初の行としてフィールド名を含むヘッダー行が含まれている必要があります。 テーブルは
「開始」列を含め、オプションで任意の数の
追加の列 (期間、ターゲットなど)。 すべての値は
イベント関連のサンプル。 「-」が値として指定された場合、CSV テーブルは STDIN から読み取られます。

--fsl-ev3 ファイル名 [ファイル名 ...]
FSL の EV3 形式のテキスト ファイルからイベント情報を読み取ります (XNUMX 行に XNUMX つのイベント、
XNUMX つの列: 開始、期間、強度)。 XNUMX つ以上のファイル名を指定できます。

オプション for 修正する or 変換 イベント：
--時間属性 ATTR
入力サンプルのタイム スタンプを持つデータセット属性。 すべての発症と期間
イベントはこの情報を使用して変換されます。 すべての値は
同じユニット。

--onset-column ATTR
イベントの開始を示す CSV イベント テーブル内の列の名前

- オフセット VALUE
すべてのイベントの均一なイベント オフセットを修正しました。 いいえ --時間属性 オプションが与えられ、これ
値は、すべてのイベント開始がシフトされる入力サンプルの数を示します。 もしも
--時間属性 が与えられた場合、これは与えられる必要がある一時的なオフセットとして扱われます
タイムスタンプ属性と同じ単位で (を参照) --時間属性).

- 間隔 VALUE
すべてのイベントの期間が一定に固定されました。 いいえ --timeattr オプションが与えられ、この値
オンセットに続く連続した入力サンプルの数を示します。
イベント。 もしも --時間属性 が与えられた場合、これは時間的な持続時間として扱われます
タイムスタンプ属性と同じ単位で指定する必要があります (参照 --時間属性).

--マッチ戦略 {前、次、最も近い}
時間ベースのオンセットをサンプル インデックスに一致させるために使用される戦略。 'prev' は、
前のサンプルを閉じ、'next' は最も近い次のサンプル、'closest' に
絶対に最も近いサンプル。 デフォルト: 「前」

--イベント圧縮 {平均、中央値、最小、最大}
複数の入力サンプルにまたがるイベントを圧縮するかどうか、およびその方法を指定します。
いくつかの方法を選択できます。 たとえば、「平均」を選択すると、
イベントに関連するすべての入力サンプルの平均。 デフォルトでは (このオプションが
指定されていない) イベントは、連結されたすべての入力サンプルで構成されます。

オプション for 属性 from 　 command ライン：
--追加-sa 値 [値 ...]
コマンド ライン入力からサンプル アトリビュートを作成します。 最初の値は、
必要な属性名、XNUMX 番目の値はカンマ区切りのリスト (適切な
引用された）実際の属性値の。 オプションの XNUMX 番目の値を指定して指定できます
データ型。 コマンドでのデータセット属性の定義に関する追加情報
行は、「コマンド ラインで属性を作成する」セクションに記載されています。

--追加-ファ 値 [値 ...]
コマンド ライン入力からフィーチャ属性を作成します。 最初の値は、
必要な属性名、XNUMX 番目の値はカンマ区切りのリスト (適切な
引用された）実際の属性値の。 オプションの XNUMX 番目の値を指定して指定できます
データ型。 コマンドでのデータセット属性の定義に関する追加情報
行は、「コマンド ラインで属性を作成する」セクションに記載されています。

オプション for 属性 from 클라우드 기반 AI/ML및 고성능 컴퓨팅을 통한 디지털 트윈의 기초 – Edward Hsu, Rescale CPO 많은 엔지니어링 중심 기업에게 클라우드는 R&D디지털 전환의 첫 단계일 뿐입니다. 클라우드 자원을 활용해 엔지니어링 팀의 제약을 해결하는 단계를 넘어, 시뮬레이션 운영을 통합하고 최적화하며, 궁극적으로는 모델 기반의 협업과 의사 결정을 지원하여 신제품을 결정할 때 데이터 기반 엔지니어링을 적용하고자 합니다. Rescale은 이러한 혁신을 돕기 위해 컴퓨팅 추천 엔진, 통합 데이터 패브릭, 메타데이터 관리 등을 개발하고 있습니다. 이번 자리를 빌려 비즈니스 경쟁력 제고를 위한 디지털 트윈 및 디지털 스레드 전략 개발 방법에 대한 인사이트를 나누고자 합니다. ファイル：
--add-sa-txt 値 [値 ...]
サンプル属性をテキスト ファイルから読み込みます。 最初の値は目的の属性です
XNUMX 番目の値は、アトリビュートがロードされるファイル名です。
データのロード方法を変更する追加の値については、セクションで説明します
「テキストファイルからデータを読み込む」。

--add-fa-txt 値 [値 ...]
テキスト ファイルからフィーチャ属性を読み込みます。 最初の値は目的の属性です
XNUMX 番目の値は、アトリビュートがロードされるファイル名です。
データのロード方法を変更する追加の値については、セクションで説明します
「テキストファイルからデータを読み込む」。

--add-sa-attr ファイル名
従来の「属性ファイル」からサンプルの属性値をロードします。 列データが読み込まれます
「文字通り」として。 ヘッダーのない XNUMX つの列ファイル (「ターゲット」+「チャンク」) のみが
サポートされています。 このオプションにより、初期の PyMVPA から属性ファイルを読み取ることができます
バージョン。

オプション for 属性 from 保存され ナンシー 配列：
--add-sa-npy 値 [値 ...]
Numpy .npy ファイルからサンプル属性を読み込みます。 圧縮ファイル (.npy.gz) は
もサポートされています。 最初の値は目的の属性名で、XNUMX 番目の値は
データがロードされるファイル名です。 方法を変更する追加の値
データが読み込まれることについては、「Numpy NPY ファイルからデータを読み込む」セクションで説明されています。

--add-fa-npy 値 [値 ...]
Numpy .npy ファイルから機能属性を読み込みます。 圧縮ファイル (.npy.gz) は
もサポートされています。 最初の値は目的の属性名で、XNUMX 番目の値は
データがロードされるファイル名です。 方法を変更する追加の値
データが読み込まれることについては、「Numpy NPY ファイルからデータを読み込む」セクションで説明されています。

出力 オプション：
-o 出力、 - 出力 出力
出力ファイル名 (必要に応じて拡張子「.hdf5」が自動的に追加されます)。 注:
出力形式は PyMVPA コマンド間のデータ交換には適していますが、そうではありません
特定の内容は異なる場合があるため、長期保管または交換することをお勧めします。
実際のソフトウェア環境によって異なります。 長期保管の場合はご検討ください
他のデータ形式への変換 (「dump」コマンドを参照)。

--hdf5-圧縮 タイプ
HDF5 ストレージの圧縮タイプ。 使用可能な値は特定の HDF5 によって異なります
インストール。 一般的な値は、「gzip」、「lzf」、「szip」、または 1 ～ 9 の整数です。
gzip 圧縮レベルを示します。

例

データセットから XNUMX つの連続したサンプルで構成される XNUMX つのイベントを抽出します。

$ pymvpa2 mkevds --onsets 3 9 --duration 4 -o evds.hdf5 -i 'mydata*.hdf5'

onworks.net サービスを使用してオンラインで pymvpa2-mkevds を使用する