rasmol-classic - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

rasmol - 分子グラフィックス可視化ツール v2.7.5

SYNOPSIS

ラスモール [-nodiplay] [[-形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します． ] ファイル名] [-脚本 スクリプトファイル]

書式

-pdb タンパク質データバンク
-mdl MDLのMOLファイル形式
-mol2 Tripos の Sybyl MOL2 形式
-xyz MSC の XYZ (XMol) 形式
-モパック MOPAC 入力または出力ファイル形式
-錬金術 Alchemy ファイル形式
-チャーム CHARMmファイル形式
-cif IUCr CIF または CIF ファイル形式

NOTICES

このソフトウェアは、いくつかのソースから作成されています。 コードの多くは RasMol 2.6 のものです。
ロジャー・セイルによって作成されました。 ねじれ角コード、新しい POVRAY3 コードなどの機能
これらは、Arne Mueller による RasMol2.6x1 リビジョンから派生しています。 ラマチャンドラン プリンター プロット
コードは Frances C. Bernstein によって作成された fisipl から派生しました。 タンパク質データバンクを見る
プログラムテープ。

複数の分子を表示し、結合の回転を許可するコードは、大部分が派生しています。
Gary Grossman と Marco Molinaro による UCB mod から、Eileen の許可を得て含まれています
ModularCHEM コンソーシアムのルイス。

CIF の変更は、Paul J. Ellis と
ハーバート・J・バーンスタイン。 CBFlib の一部は、大まかに CIFPARSE ソフトウェア パッケージに基づいています。
ラトガース大学の NDB から。 RasMol コマンドを入力してください 助けます コピー、 助けます
一般的な 助けます IUCR、 助けます CBFlib、
と 助けます シフパース 該当する通知について。 入力してください 助けます 著作権 著作権のために
通知します。 RasMol V2.6 以前のバージョンを使用している場合は、RasMol コマンドを入力します。 助けます
古いお知らせ。

コピー

このバージョンは、RasMol バージョン 2.7.4.2、RasMol バージョン 2.7.4.2、に直接基づいています。
RasMol バージョン 2.7.4、RasMol バージョン 2.7.3.1、RasMol バージョン 2.7.3、RasMol
バージョン 2.7.2.1.1、Rasmol バージョン 2.7.2、RasMol バージョン 2.7.1.1、および RasTop バージョン 1.3 および
RasMol 2.5-ucb および 2.6-ucb バージョンとバージョン 2.6_CIF.2、RasMol 2.6x1 で間接的に
および RasMol_2.6.4。

RasMol 2.7.5 は、GNU General Public License (
GPL)、参照

http://www.gnu.org/licenses/gpl.txt

またはファイルGPLまたはコマンドを入力します 助けます GPL

または RasMol 2.7.5 は、RASMOL ライセンスの下で配布される場合があります。 ファイル NOTICE を参照するか、タイプしてください
コマンド 助けます ラスリック

GPL
GNU一般公衆利用許諾契約書
バージョン2、1991年XNUMX月

Copyright（C）1989、1991 Free Software Foundation、Inc.
59 Temple Place、Suite 330、Boston、MA 02111-1307 USA
誰もが逐語的なコピーをコピーして配布することが許可されています
このライセンス文書の変更は許可されていません。

前文

ほとんどのソフトウェアのライセンスは、共有の自由を奪うように設計されています
そしてそれを変更します。 対照的に、GNU General Public License は、
自由ソフトウェアを共有し、変更する自由を保証します。
すべてのユーザーは無料です。 この一般公衆利用許諾契約書は、ほとんどの無料ソフトウェアに適用されます。
Software Foundation のソフトウェア、および作成者がコミットしているその他のプログラム
それを使用しています。 (他のいくつかのフリーソフトウェア財団ソフトウェアは、GNU によってカバーされています。
代わりに Library General Public License を使用してください。) プログラムにも適用できます。

私たちが自由ソフトウェアについて話すとき、価格ではなく自由について言及しています。 私たちの
一般公衆利用許諾契約書は、ユーザーが次のことを行う自由を保証するように設計されています。
フリー ソフトウェアのコピーを配布する (そして、必要に応じてこのサービスの料金を請求する)。
ソースコードを受け取るか、必要に応じて入手できます。
ソフトウェアまたはその一部を新しい無料プログラムで使用する。 そして、あなたができることを知っていること
これらの事。

あなたの権利を保護するために、私たちは誰にも否定することを禁じる制限を設ける必要があります
これらの権利を放棄するか、権利を放棄するように依頼します。 これらの制限
のコピーを配布する場合、特定の責任に変換されます。
ソフトウェア、またはそれを変更した場合。

たとえば、そのようなプログラムのコピーを無料または有償で配布する場合、
受信者にあなたが持っているすべての権利を与える必要があります。 確認する必要があります
彼らもソースコードを受け取る、または入手できること。 そして、あなたは彼らにこれらを見せなければなりません
彼らが自分たちの権利を知っているように。

(1) ソフトウェアの著作権、および (2) 提供
コピー、配布、および/または変更する法的許可を与えるこのライセンス
ソフトウェア。

また、各著者と私たちの保護のために、次のことを確認したいと思います。
このフリー ソフトウェアには保証がないことを誰もが理解しています。 もし
ソフトウェアが他の誰かによって変更されて渡された場合、その受信者に知ってもらいたい
彼らが持っているものはオリジナルではないので、他の人によって持ち込まれた問題
元の作者の評判には反映されません。

最後に、すべての自由なプログラムは、ソフトウェア特許によって絶えず脅かされています。 私たちは願う
フリープログラムの再配布者が個別に取得する危険を回避するため
特許ライセンス、事実上プログラムを独占的にします。 これを防ぐために、私たちは
すべての人が自由に使用できるように特許をライセンスする必要があるかどうかを明確にしました
まったくライセンスされています。

コピー、配布、および変更に関する正確な条件
続く。

GNU一般公衆利用許諾契約書
コピー、配布、変更に関する利用規約

0. このライセンスは、通知を含むすべてのプログラムまたはその他の作品に適用されます。
著作権所有者によって、この条件の下で配布される可能性があると述べて配置されました
一般公衆ライセンス。 以下の「プログラム」とは、そのようなプログラムまたは作品を指します。
「プログラムに基づく作品」とは、プログラムまたは派生作品のいずれかを意味します。
著作権法の下で: つまり、プログラムまたはその一部を含む作品
そのまま、または変更を加えたもの、および/または別の言語に翻訳されたもの。
（以下、用語に限定なく翻訳を含む）
「変更」。) 各ライセンシーは「あなた」として扱われます。

複製、頒布、改変以外の行為は対象外です。
このライセンス; それらはその範囲外です。 プログラムを実行する行為は、
制限されており、プログラムからの出力は、その内容が次の場合にのみカバーされます。
プログラムに基づく作品を構成する (実行によって作成されたものとは無関係)
プログラム）。 それが正しいかどうかは、プログラムが何をするかによって異なります。

1. お客様は、プログラムのソース コードの逐語的なコピーを次のようにコピーおよび配布することができます。
目立つように適切に表示することを条件に、任意の媒体でそれを受け取ります。
各コピーに適切な著作権表示と保証の免責事項を掲載する。
このライセンスに言及するすべての通知と、
保証; プログラムの他の受領者には、このライセンスのコピーを渡します。
プログラムで。

コピーを物理的に転送する行為に対して料金を請求することができます。
オプションは、有料と引き換えに保証保護を提供します。

2. お客様は、本プログラムまたはその一部のコピーを変更することができます。
プログラムに基づいて作品を作成し、そのような変更をコピーして配布するか、
上記のセクション 1 の条件の下で働くこと。ただし、これらすべてを満たすことを条件とします。
条件：

a) 変更されたファイルに目立つ通知を含める必要があります
ファイルを変更したことと変更の日付を記載します。

b）配布または公開する作品は、
全体または一部がプログラムまたはプログラムを含むか、それらから派生したもの
その一部、XNUMX分のXNUMXすべてに無料で全体としてライセンス供与される
このライセンスの条件に基づく当事者。

c）変更されたプログラムが通常コマンドをインタラクティブに読み取る場合
実行するとき、あなたはそれを引き起こさなければなりません、そのようなために実行し始めたとき
最も一般的な方法でのインタラクティブな使用、印刷または表示
適切な著作権表示と
保証がないことに注意してください（または、あなたが提供すると言って
保証）およびユーザーがプログラムを再配布できること
これらの条件を示し、そのコピーを表示する方法をユーザーに伝えます。
ライセンス。 （例外：プログラム自体がインタラクティブであるが
通常、そのようなアナウンスを印刷することはありません。
プログラムはアナウンスを印刷する必要はありません。）

これらの要件は、改変された作品全体に適用されます。 識別可能なセクションの場合
その作品のうち、プログラムから派生したものではなく、合理的に考慮できるもの
それ自体が独立した個別の作品である場合、このライセンスとその条件は、
別の作品として配布する場合、それらのセクションには適用されません。 でもいつ
に基づいた作品である全体の一部として同じセクションを配布します。
プログラム、全体の配布は、このライセンスの条件に従う必要があります。
他のライセンシーの許可は、全体に及ぶため、それぞれに適用されます。
誰が書いたかに関係なく、すべての部分。

したがって、権利を主張したり、あなたの権利に異議を唱えたりすることは、このセクションの意図ではありません
あなたによって完全に書かれた作品。 むしろ、その意図は、権利を行使することです。
プログラムに基づいて派生物または集合作品の配布を管理します。

また、本プログラムに基づかない他の著作物を、
ストレージのボリューム上のプログラム (またはプログラムに基づく著作物) または
配布媒体は、このライセンスの範囲内で他の作品を持ち込むことはありません。

3. プログラム (またはそれに基づく作品) をコピーして配布することができます。
2) 上記のセクション 1 および 2 の条件に基づくオブジェクト コードまたは実行可能形式
また、次のいずれかを行うことを条件とします。

a）対応する完全な機械可読性を伴う
セクションの条件の下で配布されなければならないソースコード
上記の1および2は、ソフトウェア交換に通常使用される媒体上にあります。 または、

b）少なくともXNUMX年間有効な、書面による申し出を添付する
年、第三者に与えるために、あなたの以下の料金で
ソース配布を物理的に実行するコスト、完全
対応するソースコードの機械可読コピー
上記のセクション1および2の条件に基づいて媒体に配布
通常、ソフトウェア交換に使用されます。 または、

c）オファーに関して受け取った情報を添付してください
対応するソースコードを配布します。 （この代替案は
非営利の配布のみが許可され、
そのようなオブジェクトコードまたは実行可能形式でプログラムを受け取った
上記のサブセクションbに従ったオファー。）

作品のソースコードとは、作品を作る上で好ましい形を意味する
それへの変更。 実行可能な作品の場合、完全なソース コードとは、
含まれるすべてのモジュールのソース コードと、関連するインターフェイス定義
ファイル、およびコンパイルとインストールを制御するために使用されるスクリプト
実行可能。 ただし、特別な例外として、配布されるソース コードは不要です。
通常配布されているものをすべて含めます (ソースまたはバイナリ形式のいずれかで)
オペレーティング システムの主要なコンポーネント (コンパイラ、カーネルなど) とともに
そのコンポーネント自体が実行可能ファイルに付随していない限り、実行可能ファイルが実行するもの。

実行可能コードまたはオブジェクト コードの配布が、コピーへのアクセスを提供することによって行われる場合
指定された場所から、ソースコードをコピーするための同等のアクセスを提供します
同じ場所からの配布は、たとえ XNUMX 番目であっても、ソース コードの配布としてカウントされます。
当事者は、オブジェクト コードと共にソースをコピーすることを強制されません。

4. 次の場合を除き、プログラムをコピー、変更、サブライセンス、または配布することはできません。
このライセンスの下で明示的に提供されます。 それ以外のコピー、変更、
プログラムのサブライセンスまたは配布は無効であり、自動的に終了します。
このライセンスに基づく権利。 ただし、コピーまたは権利を受け取った当事者は、
このライセンスに基づくあなたからのライセンスは、そのような限り、ライセンスが終了することはありません
当事者は引き続き完全に準拠しています。

5. このライセンスに署名していないため、同意する必要はありません。
ただし、プログラムを変更または配布する許可を与えるものは他にありません。
その派生作品。 同意しない場合、これらの行為は法律で禁止されています
このライセンス。 したがって、プログラム (または任意の作品) を変更または配布することにより、
プログラムに基づいて)、あなたはそうするためにこのライセンスへの同意を示します。
プログラムのコピー、配布、または変更に関するすべての条件、または
それに基づいて動作します。

6. プログラム (またはプログラムに基づく作品) を再配布するたびに、
受信者は、元のライセンサーからコピーするためのライセンスを自動的に受け取ります。
これらの条件に従って、プログラムを配布または変更します。 してもいいです
受領者の権利行使にさらなる制限を課さないこと
ここで付与されます。 あなたは、第三者によるコンプライアンスを実施する責任を負いません
このライセンスに。

7. 裁判所の判決または特許侵害の申し立ての結果として、
またはその他の理由（特許の問題に限定されない）で、条件が課せられます
条件に矛盾するあなた (裁判所の命令、合意、またはその他によるかどうか)
このライセンスの条件からあなたを免責するものではありません。 もしも
これに基づく義務を同時に満たすために配布することはできません。
ライセンスおよびその他の関連する義務。
プログラムを配布しないでください。 たとえば、特許ライセンスが許可しない場合
コピーを直接受け取ったすべての人によるプログラムの使用料無料の再配布
またはあなたを通して間接的に、あなたがそれとこれの両方を満たすことができる唯一の方法
ライセンスは、プログラムの配布を完全に控えることです。

このセクションのいずれかの部分が無効または執行不能と判断された場合、
特定の状況では、セクションの残りの部分が適用されることを意図しており、
セクション全体は、他の状況に適用することを目的としています。

このセクションの目的は、お客様に特許または特許の侵害を誘導することではありません。
その他の財産権の主張、またはそのような主張の有効性に異議を唱えるため。 このセクション
フリーソフトウェア配布の完全性を保護することのみを目的としています
公的なライセンス慣行によって実装されるシステム。 多くの人が作った
それを通じて配布される幅広いソフトウェアへの寛大な貢献
そのシステムの一貫した適用に依存するシステム。 それは
作者/寄付者は、ソフトウェアを配布する意思があるかどうかを決定します。
他のシステムおよびライセンシーがその選択を強制することはできません。

このセクションは、
このライセンスの残りの部分の結果。

8. 本プログラムの配布および/または使用が特定の理由で制限されている場合
特許または著作権で保護されたインターフェースによる国、元の著作権
このライセンスの下でプログラムを配置する所有者は、明示的な地理的情報を追加することができます
それらの国を除いて配布制限を行うため、配布は
除外されていない国でのみ許可されています。 その場合、本ライセンス
このライセンスの本文に記載されているかのように制限を組み込みます。

9. フリー ソフトウェア財団は、
随時、一般公衆ライセンス。 このような新しいバージョンは、
ただし、新しい問題や問題に対処するために詳細が異なる場合があります。
懸念

各バージョンには、識別用のバージョン番号が付けられています。 プログラムが指定する場合
それに適用されるこのライセンスのバージョン番号と「それ以降のバージョン」、
そのバージョンまたはのいずれかの契約条件に従うオプションがあります
Free Software Foundation によって公開されたそれ以降のバージョン。 プログラムが行う場合
このライセンスのバージョン番号を指定しないでください。これまでの任意のバージョンを選択できます
フリーソフトウェアファウンデーションによって発行されました。

10. プログラムの一部を他の無料プログラムに組み込むことを希望する場合
配布条件が異なる場合は、作者に書面で依頼してください。
許可。 Free Software Foundation が著作権を所有するソフトウェアについては、
Free Software Foundation に書き込みます。 これには例外を設けることもあります。 私たちの
決定は、すべての人の自由な地位を維持するという XNUMX つの目標によって導かれます。
フリーソフトウェアの派生物、およびソフトウェアの共有と再利用の促進
一般的に。

無保証

11. プログラムは無償でライセンスされているため、
プログラム、適用法で許可されている範囲で。 別段の記載がある場合を除きます
著作権所有者および/またはその他の当事者は、書面により、プログラムを「現状のまま」提供します。
明示または黙示を問わず、いかなる種類の保証もありません。
商品性および特定の製品への適合性の暗黙の保証に限定されます。
目的。 プログラムの品質とパフォーマンスに関するすべてのリスクは、
あなた。 プログラムに欠陥があることが判明した場合、お客様は必要なすべての費用を負担するものとします。
サービス、修理または修正。

12. 適用される法律によって要求されるか、または書面で同意されない限り、いかなる場合でも、
著作権所有者、または変更および/または再配布する可能性のあるその他の当事者
上記で許可されているプログラムは、損害賠償責任を負うものとします。
使用または使用不能に起因する特別、偶発的、または結果的な損害
プログラムの使用 (データの損失またはレンダリング中のデータを含むがこれに限定されない)
不正確またはお客様または第三者による損失、またはプログラムの失敗
他のプログラムで動作するため)、たとえそのような所有者または他の当事者が
そのような損傷の可能性について助言された。

条件は以上です。

あなたの新しいプログラムにこれらの条項を適用する方法

新しいプログラムを開発し、それを最大限に活用したい場合
これを実現する最善の方法は、それをフリー ソフトウェアにすることです。
誰もがこれらの条件の下で再配布および変更できます。

そのためには、次の通知をプログラムに添付してください。 付けるのが一番安全
の除外を最も効果的に伝えるために、各ソース ファイルの先頭にそれらを追加します。
保証; 各ファイルには、少なくとも「著作権」行とへのポインターが必要です
完全な通知が見つかる場所。


著作権（C）

このプログラムはフリーソフトウェアです。 あなたはそれを再配布および/または変更することができます
これは、GNU General Public Licenseの条件に基づいて発行されています。
フリーソフトウェアファウンデーション。 ライセンスのバージョン2、または
（オプション）それ以降のバージョン。

このプログラムは、役に立つことを期待して配布されています。
しかし、いかなる保証もありません。 暗黙の保証なしでも
商品性または特定の目的への適合性。 を参照してください
詳細については、GNU General Public License。

GNU General PublicLicenseのコピーを受け取っているはずです
このプログラムとともに。 そうでない場合は、フリーソフトウェアに書き込みます
Foundation, Inc.、59 Temple Place、Suite 330、Boston、MA 02111-1307 USA

また、電子と紙のメールであなたに問い合わせる方法についての情報を追加します。

プログラムが対話型の場合、このような短い通知を出力するようにします。
対話モードで開始します。

Gnomovisionバージョン69、著作権（C）作成者の年名
Gnomovision には絶対的な保証はありません。 詳細については、「show w」と入力してください。
これはフリーソフトウェアであり、再配布することを歓迎します
特定の条件下で。 詳細については、「show c」と入力してください。

仮想コマンド `show w' と `show c' は、適切な部分を表示するはずです。
一般公衆ライセンスの。 もちろん、使用するコマンドは呼び出される場合があります
`show w' と `show c' 以外のもの。 マウスクリックやメニューの場合もあります
items -- あなたのプログラムに合うものは何でも。

また、雇用主 (プログラマーとして働いている場合) または学校に問い合わせる必要があります。
必要に応じて、プログラムの「著作権免責事項」に署名します。 がここにあります
サンプル; 名前を変更します。

Yoyodyne、Inc。は、ここにプログラムのすべての著作権の利益を放棄します
James Hacker によって書かれた `Gnomovision' (コンパイラでパスを作成します)。

、1年1989月XNUMX日
Ty Coon、副社長

このGeneralPublic Licenseは、あなたのプログラムをに組み込むことを許可していません
独自のプログラム。 プログラムがサブルーチン ライブラリである場合は、それを考慮することができます。
プロプライエタリなアプリケーションをライブラリにリンクできるようにするのに便利です。 これなら
あなたがやりたいことです、これの代わりにGNU Library General Public Licenseを使用してください
ライセンス。

ラスリック GPL を使用しない場合は、次のライセンス条項が適用されます。

RasMol ライセンス

ここにあるさまざまなドキュメントやソフトウェアの作成者は、
ドキュメントが正しく、ソフトウェアが
ドキュメンテーションに従って動作します。
発生する可能性のある問題、プログラムおよびドキュメント、によって作成されたファイル
プログラムは**現状のまま**で提供され、正確性についての保証はありません。
特定または一般的な使用に対する商品性または適合性。

プログラムの使用または
プログラムまたはドキュメントの嘘を使用して作成されたドキュメントまたはファイルまたはファイル
プログラムまたはドキュメントまたはファイルまたはファイルのユーザーとのみ使用し、
プログラムまたはドキュメントの作成者。

上記の条件に同意し、
以下の通知に記載されている契約条件。
改変または派生作品の作成、自由にコピーおよび作成する許可が与えられます。
次の条件を満たしていれば、このパッケージを配布します。

1. 完全なドキュメント、特にファイル NOTICE を含めます。
あなたが配布するもの、または人々がコピーを入手できる場所を明確に示すもの
ドキュメント; と

2. クレジットが必要な場合は、バージョンとオリジナルを引用してクレジットを記入してください
適切に著者; と

3. 原作者であるという印象を誰にも与えないでください。
あらゆる種類の保証を提供します。

RasMol の主要部分を他のプログラムで使用したい場合は、
RasMol への変更、または他の方法で、弁護士が呼ぶものを作成します。
「派生作品」の場合、そうすることが許可されているだけでなく、そうすることが奨励されています。
上記の内容に加えて、次のことを行ってください。

4. あなたがしたことがこれとどのように異なるかを文書で説明してください
RasMol のバージョン。 と

5. 修正したソース コードを公開してください。

このバージョンの RasMol はパブリック ドメインでは_ありません_が、
科学の進歩を願うコミュニティ。 変更する場合は変更をお願いします
責任ある方法で、それらを含める機会を私たちに提供してください
RasMol の将来のバージョンでの変更。

通知
以下の通知は、この作品全体および含まれる作品に適用されます。
その中で：

* 創造的な努力は、活発な意見交換にかかっています。 法律がありますし、
の作者とユーザーの権利と責任を確立する慣習
著者が作成するもの。 この通知は、お客様による
このパッケージにはソフトウェアとドキュメントが含まれていますが、
そのような使用条件に関する誤解。

※以下の注意事項をよくお読みください。 わからない部分があれば
この通知を使用する前に、適切な専門家の法的助言を求めてください。
このソフトウェア パッケージに含まれるソフトウェアおよびドキュメントのに加えて
知識人を尊重するためにあなたが取らなければならないその他の措置
ソフトウェアを使用する場合、関係するさまざまな当事者の財産権
およびこのパッケージ内のドキュメント。
このパッケージ、その作成者、およびそれを入手した URL またはその他のソース、
または同じ著者による文献の同等の一次参考文献。

* このソフトウェア パッケージに含まれるソフトウェアおよびドキュメントの一部は、
さまざまな関係者の知的財産であり、このパッケージへの配置は含まれていません
何らかの方法で、そのような権利が何らかの方法で放棄または縮小されたことを意味します。

* 著作権が存在するソフトウェアまたはドキュメントに関しては、すべて
権利は、かかる著作権の所有者に留保されます。

* ここにあるさまざまな文書やソフトウェアの作成者は、
文書が正確であること、および
ソフトウェアはそのドキュメントに従って動作します。
発生する可能性のある問題、プログラム、ドキュメント、およびファイルのヒアリング
プログラムによって作成されたものは、**現状のまま**で提供され、以下に関する保証はありません。
正確性、商品性、または特定または一般的な用途への適合性。

* プログラムの使用または
プログラムまたはドキュメントの嘘を使用して作成されたドキュメントまたはファイルまたはファイル
プログラムまたはドキュメントまたはファイルまたはファイルのユーザーとのみ使用し、
プログラムまたはドキュメントの作成者。

このパッケージのライセンスを取得する XNUMX つの代替方法については、ファイル GPL および RASLIC を参照してください。

ラスモール V６０ 通知
次の通知は、RasMol V 2.6 以前の RasMol バージョンに適用されます。

このドキュメントの情報は、予告なしに変更されることがあります。
サプライヤー側のコミットメントを表します。 このパッケージは
ないという条件の下で、取引または流通によって販売/配布される
それ以外の場合、貸与、転売、貸し出し、またはその他の方法で配布することはできません。
サプライヤーの事前の同意、パッケージまたはカバーの形式で、
それが生産されました。 このマニュアルまたは付属ソフトウェアのいかなる部分も、
再生され、光学または磁気ディスク、テープ、またはその他の検索システムに保存されます。
他の媒体、または電子的、機械的、
購入者以外の目的でのコピー、録音、その他の行為
個人的な使用。

この製品は、計画、建設、保守、
原子力施設の運用または使用、飛行、航行、
航空機または地上支援機器の通信。 著者は、
そのような使用に起因する請求または損害に対して、全部または一部の責任を負います。
死亡、破産、戦争の勃発を含む。

IUCR ポリシー
この IUCr ポリシー for 　 保護 と 　 Promotion of 　 STAR File と CIF
規格 for 交換 と アーカイブ エレクトロニック データ。

概要

Crystallographic Information File (CIF)[1] は情報の標準です。
国際結晶学連合 (IUCr) によって公布された交換。 CIF
(Hall, Allen & Brown, 1991) は、出版物を提出するための推奨される方法です。
Acta Crystallographica Section C および結晶構造決定のレポートへ
Acta Crystallographica の他のセクションや他の多くのジャーナルに。 の構文
CIF は、より一般的な STAR ファイル [2] 形式のサブセットです。 CIF および STAR ファイル
アプローチは、データ交換のための構造科学でますます使用されています。
アーカイブし、他の分野でのこれらの活動に大きな影響を与えています。
フィールド。

ステートメント of 意図

STAR ファイルに対する IUCr の関心は、一般的なデータ交換標準としてのものです。
科学、およびSTARファイルの適合派生物であるCIFへの関心は、
結晶学および構造に関する簡潔なデータ交換およびアーカイブ標準として
科学。

保護 of 　 規格

STARファイルとCIFを交換とアーカイブの標準として保護する
電子データ IUCr は、科学界を代表して、

* 規格自体の著作権を保有し、

* 関連する商標およびサービス マークを所有し、

* STAR ファイルの特許を取得しています。

これらの知的財産権は、インターチェンジ フォーマットのみに関連するものであり、
そこに含まれるデータ、生成、アクセス、または
データの操作。

Promotion of 　 規格

IUCr がその保護的役割においてソフトウェアに課す唯一の要件
STARファイルまたはCIFデータを処理すると主張することは、次の条件が満たされていることです
販売または配布前。

* STAR ファイルまたは CIF に書き込まれたファイルを読み取ると主張するソフトウェア
規格に準拠したファイルから適切なデータを抽出できなければなりません。
それぞれ STAR ファイル構文または CIF 構文です。

* STAR ファイルまたは CIF 標準のいずれかでファイルを書き込むと主張するソフトウェア
STAR ファイル構文または CIF 構文に準拠したファイルを作成する必要があります。
。

* 特定のデータ ディクショナリから定義を読み取ると主張するソフトウェアが承認されました
IUCr によって、適合する適切な定義を抽出できなければなりません。
その辞書に関連付けられている辞書定義言語 (DDL)[3]。

IUCr は、CIF 基準委員会を通じて、あらゆる開発者を支援します。
ソフトウェアがこれらの適合条件を満たしていることを確認します。

用語解説 of 条件

[1]CIF:

で定義されているファイル構文に準拠したデータ ファイルです。 http://www.iucr.org/iucr-
トップ/cif/spec/index.html

[2] スターファイル:

で定義されているファイル構文に準拠したデータ ファイルです。 http://www.iucr.org/iucr-
トップ/cif/spec/star/index.html

[3] DDL:

データディクショナリでデータ項目を定義するために使用される言語です。
「属性」。 現在 IUCr によって承認されている辞書と DDL のバージョン
これらの辞書を作成するために使用されるものは、次の場所にリストされています http://www.iucr.org/iucr-
トップ/cif/spec/ddl/index.html

最終更新日: 30 年 2000 月 XNUMX 日

IUCr ポリシー Copyright (C) 2000 International Union of Crystallography

CBFLIB 次の免責事項は、CBFlib V0.1 に適用されます。
部分が派生します。

* ここで提供されるアイテムは、米国のスポンサーの下で開発されました。
政府。 米国でも、USDOEでも、リーランド・スタンフォード・ジュニアでもありません
大学またはその従業員は、明示または黙示を問わず、いかなる保証も行いません。
の正確性、完全性または有用性に対する責任または責任
開示された情報、装置、製品またはプロセス、またはその使用を表す
私有の権利を侵害しません。 製品、そのメーカー、
またはサプライヤーは、承認、不承認、または
特定の用途への適合性。 米国と大学は常に
目的を問わず、提供されたアイテムを使用および配布する権利。

通知 91 02 01

シフパース
このソフトウェアの一部は、CIFPARSE ソフトウェア パッケージに大まかに基づいています。
ラトガース大学の NDB。 見る

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE は、Nucleic のプログラム コンポーネントである NDBQUERY アプリケーションの一部です。
Acid Database Project [HM Berman、WK Olson、DL Beveridge、JK
Westbrook、A. Gelbin、T. Demeny、SH Shieh、AR Srinivasan、および B. Schneider。
（1992）。 核酸データベース: XNUMX つの包括的なリレーショナル データベース
核酸の次元構造。 Biophys J., 63, 751-759.]、
特にデザインコンセプトの形での協力に感謝します
J.ウェストブルックによって作成されました。

CIFPARSE API の次の通知に注意してください。

このソフトウェアは、商品性または適合性の保証なしで提供されます。
明示または黙示を問わず、特定の目的またはその他の保証。 ラトガーズはノーを作る
ソフトウェアがいかなる特許も侵害しないという表明または保証、
著作権またはその他の所有権。

DESCRIPTION

RasMol は、タンパク質、核の可視化を目的とした分子グラフィックス プログラムです。
酸と小分子。 このプログラムは、表示、教育、および生成を目的としています
出版品質の画像。 RasMol は、幅広いアーキテクチャとオペレーティング システムで動作します
Microsoft Windows、Apple Macintosh、UNIX、および VMS システムを含むシステム。 UNIX と VMS
バージョンには、8、24、または 32 ビット カラーの X Windows ディスプレイ (X11R4 以降) が必要です。 X
RasMol の Windows バージョンは、ハードウェア ダイヤル ボックスのオプション サポートを提供します。
高速化された共有メモリ通信 (XInput および MIT-SHM 拡張機能を介して)
現在の X サーバーで利用できます。

プログラムは分子座標ファイルを読み込み、分子をインタラクティブに表示します。
さまざまな配色と分子表現で画面を表示します。 現在
利用可能な表現には、奥行きのあるワイヤーフレーム、「ドライディング」スティック、スペースフィリングが含まれます
(CPK) 球体、ボールとスティック、固体とストランドの生体分子リボン、原子ラベルとドット
表面。

一度に最大 5 つの分子をロードして表示できます。 のいずれかまたはすべて
分子は回転したり移動したりできます。

RasMol のヘルプ機能には、「help」と入力してアクセスできます。 」または「ヘルプ
コマンド ラインから。RasMol コマンドの完全なリストは、次のコマンドで表示できます。
「ヘルプコマンド」と入力します。 キーワードを短縮するために単一の疑問符を使用することもできます
"ヘルプ"。 重要なお知らせは「ヘルプお知らせ」とご入力ください。

コマンド

RasMol を使用すると、 ラスモール> プロンプト
端末ウィンドウ。 各コマンドは、別の行で指定する必要があります。 キーワードは大文字と小文字を区別します
大文字でも小文字でも入力できます。 すべての空白
キーワードとその引数を区切る以外の文字は無視されます。

すべてのコマンドの前に括弧を付けることができます 原子 表現 一時的に選択する
そのXNUMXつのコマンドを実行するためだけに特定のアトム。 コマンド実行後、
コマンドを除いて、以前の選択が復元されます select , 制限する と スクリプト。

RasMol が現在認識しているコマンド/キーワードを以下に示します。

バックボーン
ラスモール バックボーン コマンドを使用すると、ポリペプチド バックボーンを次のように表すことができます。
各アミノ酸の隣接するアルファ炭素をつなぐ一連の結合
鎖。 これらのバックボーンの「結合」の表示は、コマンドによってオンまたはオフにされます
パラメータと同じ方法で ワイヤーフレーム 指図。 コマンド バックボーン OFF
選択した「結合」をオフにし、 バックボーン on または数字でそれらをオンにします。 の
number を使用して、表現の円柱半径を指定できます。
オングストロームまたは RasMol 単位。 パラメータ値が 500 (2.0 オングストローム) 以上の場合
「パラメーター値が大きすぎます」エラーで。 バックボーン オブジェクトは、
ラスモール カラー バックボーン

予約語のバックボーンは、定義済みのセット (「ヘルプ セット」) としても使用されます。
へのパラメータ セッションに ボンド と セッションに エスボンド コマンド。 RasMol コマンド トレース
とは対照的に、滑らかなバックボーンをレンダリングします。 バックボーン アルファ炭素をつなぐもの
直線で。

を使用して、バックボーンを破線で表示できます。 バックボーン ダッシュ


経歴
ラスモール 背景 コマンドは、「キャンバス」の背景の色を設定するために使用されます。
色は、色の名前またはコンマで区切られた赤の XNUMX つ組のいずれかとして指定できます。
角括弧で囲まれた緑と青 (RGB) コンポーネント。 コマンドの入力
助けます 色 RasMol によって認識される定義済みの色名のリストが表示されます。
X Windows で実行している場合、RasMol は X サーバーの色も認識します。
色名データベース。

この 背景 コマンドは RasMol と同義です セッションに 背景

債券 RasMol コマンド 債券 + に指定された債券を追加します
結合が既に存在する場合は、結合次数を増やします。 コマンド 債券
選ぶ 原子シリアル番号で指定された XNUMX つの原子を選択します
結合の両端として 回転させる 債券 コマンドは次のようになります
適用。 結合が存在しない場合は、作成されます。

以前に選択された結合の周りの回転は、 回転させる 債券
コマンドを使用するか、マウスで制御することもできます。 債券 回転させる
オン/オフ または同等のもの 回転させる 債券 オン/オフ コマンド。

ブルガリア語
ラスモール ブルガリア語 コマンドは、メニューとメッセージをブルガリア語バージョンに設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

漫画
ラスモール 漫画 コマンドは分子の表示を行います リボン リチャードソン役
(MolScript) スタイルのタンパク質 漫画、 太い (深い) リボンとして実装されます。 の
タンパク質の漫画表現を取得する最も簡単な方法は、 漫画
オプション ディスプレイ メニュー。 ザ· 漫画 コマンドは、現在選択されていることを表します
コマンドの引数で指定された幅の深いリボンとして残基。 使用する
パラメータのないコマンドは、リボンの幅が
で説明されているように、タンパク質の二次構造 リボン 指図。 デフォルトでは、
ベータ シートの C 末端は、矢印の頭として表示されます。 これは有効にすることができ、
を使用して無効化 セッションに 漫画 指図。 漫画の深さを調整することができます
セッションに 漫画 コマンド。 の セッションに 漫画 コマンドなし
parameters は、これら XNUMX つのオプションをデフォルト値に戻します。

センター ラスモール センター コマンドは、その周りのポイントを定義します 回転させる コマンドと
スクロール バーは現在の分子を回転させます。 パラメータなしでセンターコマンド
回転の中心を分子の重心にリセットします。 もし
原子式が指定されている場合、RasMol は分子を中心を中心に回転させます。
式で指定されたアトムの集合の重力。 したがって、単一の原子が
式で指定すると、その原子は回転中に「静止」したままになります。

種類 助けます 表現 RasMol アトム式の詳細については、

あるいは、センタリングは [CenX, CenY,
CenZ] 重心からの RasMol 単位 (1/250 オングストローム) のオフセット。
トリプルは角括弧で囲む必要があります。

オプションのフォーム センター ... 翻訳する と センター ... センター に使用される可能性があります
変換された回転中心の使用を指定します (必ずしも中心ではありません)。
キャンバス) またはキャンバスの中心に配置される回転の中心。
RasMol 2.7.2 以降では、デフォルトで新しい軸がキャンバスの中央に配置されます。

中国語
ラスモール 中国語 コマンドは、メニューとメッセージを中国語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

クリップボード
ラスモール クリップボード コマンドは、現在表示されているイメージのコピーを
ローカル グラフィックス「クリップボード」。 注: このコマンドは、UNIX または VMS ではまだサポートされていません。
マシン。 アプリケーション間での画像の転送を容易にすることを目的としています
Microsoft Windows または Apple Macintosh で。

UNIX または VMS システムで RasMol を使用する場合、この機能は次の方法で実現できます。
受信側プログラムが読み取れる形式でラスター イメージを生成する
RasMol を使用して 書きます

色 選択した領域の原子 (または他のオブジェクト) に色を付けます。 色が指定される場合があります
色の名前、または赤、緑、青 (RGB) のカンマ区切りの XNUMX つとして
角括弧で囲まれたコンポーネント。 コマンドの入力 助けます 色 与える
RasMol によって認識されるすべての定義済みの色名のリスト。

許可されたオブジェクトは 原子、 債券、 背骨、 リボン、 ラベル、 ドット、 hbonds、 地図、 と
ssbonds。 オブジェクトが指定されていない場合、デフォルトのキーワード 原子 が想定されます。 いくつかの
配色は、特定のオブジェクト タイプに対して定義されます。 配色 なし することができます
原子とドットを除くすべてのオブジェクトに適用され、選択されたオブジェクトが
独自の色はありませんが、関連する原子の色を使用します (つまり、
それらが接続する原子）。 アトム オブジェクトは色付けすることもできます alt、 アミノ、 鎖、
漫画、 cpk、 グループ、 モデル、 格好良く、 構造、 温度 or ユーザー。 水素結合
で着色することもできます type また、ドット面は次の方法で色付けすることもできます 静電気
電位。 詳細については、次のように入力してください 助けます カラー . マップオブジェクトは
最も近い原子の特定の色で着色されています。

カラーモード
ColourMode を使用すると、ユーザーは新しい カラー 方法。 で
現在、新しい着色技術は古いものと同じですが、保存するために
古いスクリプトとの互換性のために、上部近くに「colormode on」を追加するのが賢明かもしれません
スクリプトが RasMol のバージョン 2.7.3 用に設計されている場合、またはスクリプトのどこかに
ついさっき。 新しいカラー メソッドは、完成すると、いくつかのバグを修正することを目的としています。
着色ルーチン。

お問合せ
ラスモール 接続する コマンドは、RasMol に (再) 計算を強制するために使用されます。
現在の分子の接続。 元の入力ファイルに含まれている場合
接続情報、これは破棄されます。 コマンド 接続する false ファーストを使う
大きな生体分子の結合を決定するのに適した発見的アルゴリズム
タンパク質や核酸など。 コマンド 接続する true もっと遅い
共有結合半径に基づく正確なアルゴリズム。
無機元素または歪んだリングを含む分子。 パラメータがない場合
RasMol は、その中の原子の数に基づいて、使用するアルゴリズムを決定します。
入力ファイル。 255 原子を超えると、RasMol はより高速な実装を使用します。
これは、分子が結合している場合に、必要に応じて結合を決定するために使用される方法です。
最初に 負荷

延期する ラスモール 延期する command は、指定された名前のマクロに指定されたコマンドを追加します。
name が指定されている場合、コマンドは空白の名前でマクロに追加されます。 コマンド バシッ
は特殊なケースです。 その場合、マクロは消去されます。 名前が指定されていない場合は、
コマンドは選択で開始する必要があります。 延期する (選択).spacefill

指定された名前で蓄積された据え置きコマンドは、
実行します command

定義する ラスモール 定義します コマンドを使用すると、ユーザーは任意のアトムのセットを関連付けることができます
一意の識別子で。 これにより、ユーザー定義セットの定義が可能になります。 これらは
セットは静的に宣言されます。つまり、一度定義されたセットの内容は宣言されません。
それらを定義する式が現在の変換に依存する場合でも、変更します
そして分子の表現。

深さ ラスモール 深さ コマンドは、バック クリッピング プレーンを有効化、無効化、または配置します
分子。 プログラムは、分子のより近い部分のみを描画します
クリッピング プレーンよりもビューアに。 整数値の範囲は、まさにゼロからです。
分子の後ろを 100 にすると、完全に分子の前になります。
中間値は、描画される分子のパーセンテージを決定します。

このコマンドは、 スラブ コマンドの前にクリップします。
指定された z クリッピング平面。

ドット ラスモール ドット コマンドは、周囲のファン デル ワールスのドット サーフェスを生成するために使用されます。
現在選択されている原子。 ドット サーフェスは、球上に等間隔に配置された点を表示します
選択した各原子についてのファン デル ワールス半径の「埋められる」ドット
他の原子 (選択されているかどうかに関係なく) のファン デル ワールス半径内にはありません。
表示されます。 コマンド ドット on 既存のドット サーフェスを削除し、
デフォルトのドット密度で設定された現在選択されている原子セットの周りのドット表面
100.コマンド ドット OFF 既存のドット サーフェスを削除します。 ドット密度は
1 ～ 1000 の数値パラメータを指定して指定します。この値
中型紙の表面のドット数にほぼ相当します。
原子。

デフォルトでは、ドット サーフェス上の各点の色は、最も近い点の色です。
面が生成されたときの原子。 ドット面全体の色が異なる場合があります
を使用して変更できます カラー ドット

Echo ラスモール echo コマンドは、RasMol コマンド/ターミナルにメッセージを表示するために使用されます
窓。 文字列パラメータは、オプションで二重引用符で区切ることができます
文字。 パラメータが指定されていない場合、 echo コマンドは空白行を表示します。
このコマンドは、RasMol 内からテキストを表示する場合に特に便利です。 スクリプト
ファイルにソフトウェアを指定する必要があります。

英語
ラスモール 英語 コマンドは、メニューとメッセージを英語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

実行する
ラスモール 実行します コマンド：

1. 分子の古いポイズを保存します (移動、回転、ズーム)

2. 指定されたマクロを実行して、画面の更新と記録の両方を抑制します

3. 新しくレンダリングされた分子の動きを、古いポイズから直線的にアニメーション化します。
新しい態勢

マクロは、 延期する

モーションのアニメーションは、 記録

フランス語 ラスモール フランス語 コマンドは、メニューとメッセージをフランス語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

Hボンズ ラスモール ボンド コマンドは、タンパク質の水素結合を表すために使用されます
分子の骨格。 この情報は、タンパク質の評価に役立ちます。
二次構造。 水素結合は、点線または
ドナー残基とアクセプター残基の間のシリンダー。 初めて、 ボンド command
を使用すると、プログラムは分子の構造を検索して水素結合を見つけます。
ユーザーに結合数を報告します。 コマンド 債券 on
選択した「結合」が点線で表示され、 債券 OFF それらをオフにします
画面。 hbond オブジェクトの色は、 カラー ボンド
最初は、各水素結合には、接続された原子の色があります。

デフォルトでは、酸素の受け入れと寄付の間に点線が引かれます。
窒素。 を使用することにより、 セッションに 債券 のアルファ炭素位置を命令する
代わりに適切な残基を使用することができます。 これは、調べるときに特に役立ちます。
骨格表現のタンパク質。

カスタマーサービス ラスモール 助けます コマンドは、指定されたトピックに関するオンライン ヘルプを提供します。

イタリア語
ラスモール イタリア語 コマンドは、メニューとメッセージをイタリア語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

Japanese
ラスモール Japanese コマンドは、メニューとメッセージを日本語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

ラベル ラスモール ラベル コマンドを使用すると、任意の形式のテキスト文字列を関連付けることができます
現在選択されている各原子で。 この文字列には、「展開」が埋め込まれている可能性があります
ラベル付けされているアトムのプロパティを表示する指定子。 拡張
指定子は、'%' 文字とそれに続く単一の英字で構成されます
表示するプロパティを指定します。 実際の「%」文字が表示される場合があります
展開指定子 '%%' を使用して。

現在選択されている原子の原子ラベル付けは、コマンドでオフにすることができます
ラベル オフ。 デフォルトでは、パラメーターとして文字列が指定されていない場合、RasMol はラベルを使用します
現在の分子に適しています。

各ラベルの色は、 カラー ラベル 指図。 デフォルトでは、
各ラベルは、それが付加されている原子と同じ色で描画されます。 の
表示されるテキストのサイズと間隔は、 セッションに フォントサイズ
指図。 表示されるテキストのストロークの幅が変更される場合があります
セッションに フォントストローク


負荷 分子座標ファイルを RasMol に読み込みます。 有効な分子ファイル形式は次のとおりです。 pdb
(プロテインデータバンク形式)、 MDL (Molecular Design Limited の MOL ファイル形式)、
錬金術 (Tripos' Alchemy ファイル形式)、 mol2 (Tripos の Sybyl Mol2 ファイル形式)、
魅力的です (CHARMmファイル形式)、 XYZ (MSC の XMol XYZ ファイル形式)、 モパック (JP
Stewart の MOPAC ファイル形式) または cif (IUCr CIF または mmCIF ファイル形式)。 ファイルがない場合
フォーマットが指定され、 PDB、 CIF、 or mmCIF がデフォルトで想定されています。 最大20分子
一度にロードされる場合があります。 mmCIF ファイルに CHEM_COMP リガンド モデルが含まれている場合、
それらは NMR モデルとしてロードされ、最初に model のすべての NMR モデルが与えられます
座標が指定されている場合は、理想的なモデルのすべての NMR モデルを指定します
座標。

別の分子をロードする前に分子を削除するには、RasMol バシッ 指図。 に
RasMol を使用して操作する分子を選択します 分子

この 負荷 コマンドは分子内のすべての原子を選択し、画面の中央に配置します
CPK カラーのワイヤーフレーム モデルとしてレンダリングします。 分子に結合が含まれていない場合
(つまり、アルファ炭素のみを含む)、アルファ炭素骨格として描画されます。 もし
ファイルが原子よりも少ない結合を指定している場合、RasMol は
接続する

この 負荷 インライン コマンドを使用すると、スクリプトに原子座標を保存して、
WWW ブラウザとのより良い統合を可能にします。 スクリプト内で実行される load コマンド
ファイルはキーワードを指定できます インライン 従来のファイル名の代わりに。 このオプション
ロードする分子の座標が同じファイルに保存されていることを指定します
現在実行中のコマンドとして。

地図 ラスモール 地図 コマンドは、電子密度マップを調整して操作します
分子の表示。 これらのコマンドは非常にメモリを集中的に使用するため、動作しない可能性があります
メモリが限られているマシン。 各分子は、利用可能な限り多くのマップを持つことができます
メモリが許します。 マップはファイルから読み取ったり、ガウス密度から生成したりできます
原子の周りの分布。

地図 色、 指定された配色に従ってマップに色を付けるには、 地図 生成、 〜へ
疑似ガウス分布に基づいて選択した原子からマップを生成し、 地図 レベル、 を設定する
選択したマップの等高線レベル、 地図 負荷、 ファイルからマップをロードするには、 地図 mask
選択したマップのマスクを指定するには、 地図 解決、 解像度を設定するには
選択したマップを等高線化するため、 地図 制限、 XNUMX つまたは複数のマップを選択し、
他のすべてを無効にし、 地図 保存する、 地図情報をファイルに保存するには、 地図 規模、 コントロール
　 スケーリング of 疑似ガウシアン いつ 生成 地図、 地図 選択する、 いずれかを選択するか、
より多くのマップ、 地図 ショー、 XNUMX つまたは複数のマップまたは
次のマップの生成またはロードに使用されるパラメータ 地図 間隔、 設定します
選択したマップの等高線間の間隔、 地図 拡大、 分散を設定する
原子半径の割合としてのマップ生成のためのガウス分布、および 地図 バシッ
以前に生成またはロードされたマップを削除します。

の効果 地図 生成する と 地図 負荷 コマンドは 地図 mask
考慮できる表示スペースの部分を制限するコマンド
マップの表示。

地図 カラー
ラスモール 地図 カラー コマンドは、指定に従って選択されたマップを色付けします
カラースキーム。 配色は、色名または RBG の XNUMX 要素で指定できます。
括弧、またはキーワード 原子 マップポイントが色で色付けされるようにします
最も近い原子の。

地図 生成する
ラスモール 地図 生成する コマンドは、現在のアトムからマップを生成します
ガウス分布で近似された電子密度を合計することによって選択されます。
各ガウスの高さは、 地図 階段
マップ スケール true のデフォルトでは、各ガウス分布には高さ比例要素があります。
原子のタイプ。 オプションの「LRSurf」パラメーターが指定されている場合、またはマップの縮尺が
false が実行された場合、ガウスの等高線レベルが
1 はファン デル ワールス半径にあります。 いずれの場合も、標準偏差が決定されます
最後に指定されたスプレッドまたは解像度が使用されます。 スプレッドがゼロでない場合
与えられた原子の半径に広がりを掛けて、
標準偏差。 デフォルトは 2/3 です。 決議がなされた場合、
スプレッドは、解像度の 2/3 として推測されます。

たとえば、解像度が 1. として指定され、問題の原子が炭素である場合
468 RasMol 単位 (1.87 オングストローム) のファン デル ワールス半径で、推定
速度は .6667 で、ガウス分布の標準偏差は 1.25 と見なされます
オングストローム。

スプレッドがゼロに設定されている場合、各原子のスプレッドは
リーの効果をシミュレートするためのファンデルワールス半径とプローブ原子半径
リチャーズの表面。

マップ セレクターによって特定のマップが指定されなかった場合、新しいマップには次のマップが指定されます。
利用可能なマップ番号。

マップ セレクターによって特定のマップが指定された場合、そのマップは新しいマップに置き換えられます。 もしも
マップセレクターによって複数のマップが指定された場合、新しいマップが最も低いマップを置き換えます
選択したマップに番号が付けられます。 いずれにせよ、新しいマップが現在の
選択したマップ。

マップは、最後のマップに応じて、ドット、メッシュ、またはサーフェスとして表示されます
選択されたレンダリング モードまたはコマンド自体で選択されたモード。

地図 レベル
ラスモール 地図 レベル コマンドは、作成時に使用される等高線レベルを設定します
生成またはロードされたマップの後続の表現。 キーワード MEAN の場合
使用されるレベルは、マップ データの平均に相対的です。 それ以外のレベルは
絶対。

一般に、レベルが低いほど、表示されるボリュームが多くなるマップになります。
レベルが高いほど、表示されるボリュームが少なくなるマップになります。

地図 負荷
ラスモール 地図 負荷 コマンドはマップ ファイルを RasMol に読み込みます。 有効な形式は次のとおりです。
CCP4 マップ形式と imgCIF 形式。

マップ セレクターによって特定のマップが指定されなかった場合、新しいマップには次のマップが指定されます。
利用可能なマップ番号。

マップ セレクターによって特定のマップが指定された場合、そのマップは新しいマップに置き換えられます。 もしも
マップセレクターによって複数のマップが指定された場合、新しいマップが最も低いマップを置き換えます
選択したマップに番号が付けられます。 いずれにせよ、新しいマップが現在の
選択したマップ。

マップは、最後のマップ レンダリングに応じて、ドット、メッシュ、またはサーフェスとして表示されます。
モードが選択されました。

地図 mask
ラスモール 地図 mask コマンドは、表示スペースを制限するために使用するマスクを指定します
他のマップの表現を作成するために使用するか、以前のマスクを削除します
仕様。

'selected' オプションは、現在のマスクからマスクを作成することを示します。
選択した原子。 ' ' オプションは、マスクのコピー元であることを示します
指定された番号のマップ。 「なし」オプションは、以前の
指定されたマスク (存在する場合)。

マップ セレクターは、指定されたマスクが適用されるマップ (複数可) を指定します。
適用。 たとえば、'map next mask selected' は、現在
選択された原子は、作成されたマップに適用されるマスクを生成するために使用されます
後続の「map load」または「map generate」コマンドによって。

任意のマップをマスクとして使用できます。 以上のマスク マップの部分または
マスク マップの平均値に等しく、マスクされているマップの値を許可します
与えられたものとして使用します。 マスク マップの平均値より低い部分
マスク マップにより、マスクされているマップの値が、マスクされているかのように扱われます。
マスクされているマップの最小データ値に等しい。

地図 分解能
ラスモール 地図 分解能 コマンドは RasMol 単位で解像度を指定します。
小数点を含む数値が与えられ、使用されるオングストローム単位の解像度
マップの生成と表現に。

解像度は、マップの表現のためにマップ間隔で使用されます。
等高線レベル間の分離 ( 地図 間隔 コマンド) と推論する
選択した原子から生成されたマップで使用されるマップの広がり ( 地図 広がる
指図）。 マップの広がりは、指定された解像度の XNUMX 分の XNUMX に設定されます。

地図 制限する
ラスモール 地図 制限する コマンドは、特定のマップを選択してアクティブにします
後続のマップ コマンド。 これは 地図 select コマンドですが、実行します
選択されていないマップの表示を無効にします。

地図 保存
ラスモール 地図 保存 コマンドは、imgCIF マップ ファイルを保存します。

マップ セレクターによって特定のマップが指定されていない場合、現在選択されているマップと
それらのマスクは、データ ブロックごとに XNUMX つのマップとマスクのペアでファイルに書き込まれます。

地図 階段
ラスモール 地図 階段 コマンドは、擬似ガウスのスケーリングを選択します 地図
生成する コマンド。 デフォルトのマップ縮尺 true では、各ガウス分布には高さがあります
原子の比例要素タイプ。 map scale false が実行された場合、それぞれ
Gaussian は、Gaussian 等高線レベル 1 が van der Waals になるようにスケーリングされます。
半径。 どちらの場合も、最新のデータによって決定された標準偏差
指定されたスプレッドまたは解像度が使用されます。

地図 select
ラスモール 地図 select コマンドは、特定のマップを選択してアクティブにします
後続のマップ コマンド。 これは 地図 制限する コマンドを実行しますが、実行しません
選択されていないマップの表示を無効にします。

オプションの 原子 パラメータを指定すると、コマンドは中心を持つ原子を選択します
マップポイントに最も近い。 検索の半径は、
パラメーター 検索半径。 デフォルトでは、4 オングストローム プラス
プローブ半径。 オプションの場合 以内 パラメータが与えられた場合、新しい選択は
現在選択されている原子内から取得されます。 オプションの場合 加えます パラメータは
指定すると、新しい選択が現在選択されている原子に追加されます。 デフォルトは
すべての原子内を検索します。

地図 表示する
ラスモール 地図 表示する コマンドは、マップで指定されたマップに関する情報を表示します
セレクターがコマンド ウィンドウに書き込まれます。

地図 間隔
ラスモール 地図 間隔 コマンドは、輪郭間で使用する間隔を指定します
マップの表現を作成する際の行。 間隔は通常
小数点付きのオングストロームで指定されますが、RasMol 単位で指定することもできます
(250 オングストームの XNUMX 分の XNUMX) を整数として。 グリッド座標にロードされたマップの場合、
間隔はセルの端に平行です。 デフォルトの間隔は XNUMX オングストロームです。

地図 広がる
ラスモール 地図 広がる コマンドは、標準の数の逆数を指定します
中央のガウス分布の合計としてマップを生成する際に使用される半径あたりの偏差
原子位置について。 デフォルトのスプレッドは XNUMX/XNUMX/XNUMX です (つまり、各半径がカバーします)。
1.5 標準偏差）。

スプレッドがゼロに設定されている場合、各原子のスプレッドは
リーの効果をシミュレートするためのファンデルワールス半径とプローブ原子半径
リチャーズの表面。

地図 バシッ
ラスモール 地図 バシッ コマンドはマップのデータと表現を削除します
マップ セレクターによって指定されます。 削除されていないマップのマップ番号
変更されません。

分子
ラスモール 分子 コマンドは、以前にロードされた最大 5 つの分子の XNUMX つを選択します。
積極的な操作。 すべての分子が表示され、回転することができますが、
まとめて（ 回転させる を コマンド)、一度に XNUMX つの分子のみが
レンダリングの詳細を制御するコマンドによる操作に対してアクティブです。

モニター
ラスモール モニター コマンドを使用すると、距離モニターを表示できます。 距離
モニターは、任意のアトムのペア間の破線 (点線) です。
それらの間の距離によってラベル付けされます。 RasMol コマンド モニター
atom で指定された XNUMX つの原子間に距離モニターを追加します。
パラメータとして与えられたシリアル番号

コマンドで距離モニターをオフにします モニター オフ。 デフォルトでは、
モニターは、XNUMX つの終点間の距離を中央のラベルとして表示します
モニターの。 これらの距離ラベルは、コマンドでオフにすることができます セッションに
モニター オフ、 コマンドで再度有効にします セッションに モニター に。 他のほとんどのように
表現、モニターの色はその端点の色から取得されます
によって指定されない限り カラー モニター

距離モニターは、マウスを使ってインタラクティブに分子に追加することもできます。
セッションに ピッキング モニター 指図。 原子をクリックすると、原子が存在します
rasmol コマンドラインで識別されます。 さらに、選択されたすべての原子は、
モニターモードでは、XNUMX原子ごとに距離が表示されるモジュロカウンター
このアトムと前のアトムの間。 Shiftキーを使用して距離を形成することができます
固定原子といくつかの連続した位置の間を監視します。 距離モニター
適切な原子端点のペアを選択することで、削除 (トグル) することもできます
もう一度。

ノトグル
ラスモール 切り替えなし コマンドは、トグル機能の使用を有効または無効にします。
他のいくつかの RasMol コマンドで使用されます。 ブール値が指定されていない場合、
NoToggle モードは有効です。 NoToggle モードが ENABLED の場合、すべてのトグル機能
無効になっています。 オフにするには、明示的に設定する必要があります 切り替えない オフ。

トグル機能を使用するいくつかのコマンドは次のとおりです。 カラーモード。 その他の機能
この機能を利用すると、後日追加される可能性があります。

ポーズ ラスモール 一時停止 コマンドはスクリプト ファイルで使用され、ローカルのスクリプト ファイルを停止します。
マウスによる操作は、いずれかのキーを押してスクリプト ファイルを再開するまで続きます。 待つ
と同義であり、 一時停止します。 このコマンドは、RasMol スクリプト ファイルで実行して、
コマンドの順次実行を一時停止し、ユーザーがコマンドを検査できるようにします。
現在の画像。 RasMol が 一時停止 スクリプト ファイルでコマンドを実行すると、一時停止します
ファイルの残りの部分を実行し、画面上の画像を更新して、
マウスとスクロール バーを使用した画像の操作、または
グラフィックウィンドウ。 キーが押されると、制御はスクリプト ファイルに戻ります。
に続く行 一時停止 指図。 スクリプトが中断されている間、分子は
通常どおり、回転、平行移動、スケーリング、スラブ、および選択が可能ですが、すべてのメニュー コマンドは
無効にする。

プレイ ラスモール 遊びます コマンドは、再生する記録媒体を指定します。
映画。 再生フレームの開始時間は、秒からミリ秒の精度で指定されます。
私たちはコンピューターで作業しているので、メディアはファイルのセットとして指定され、それぞれ
名前の一部として、ミリ秒単位の再生フレーム開始時間でマークされます。 の
再生フレームの開始時間を検索する名前の場所
ミリ秒は文字「ssssss」でマークされ、適切な数の
数字。 RasMol は、マークする大文字または小文字の s または XNUMX 進数を受け入れます
時の場所。 プレーオフとプレーイジェクトコマンドは効果的に削除します
指定されたメディアを使用しないでください。 メディアが指定されていない場合、プレーオフはプレーを一時停止します
再生を再開します。 通常、再生はすぐに開始され、最後まで実行されます
媒体の。 ただし、プレーオフおよび/またはプレーフロムとプレーの組み合わせの場合
が前に入力されるまで再生 遊びます type それらの設定が使用されます。

リリース 2.7.5 の時点で、RasMol はスクリプトとデータ ファイルからの再生をサポートしています。

印刷物 ラスモール 印刷 コマンドは、現在表示されている画像をローカルのデフォルトに送信します
オペレーティング システムのネイティブ プリンタ ドライバを使用してプリンタに接続します。 注: このコマンドは
UNIX または VMS ではまだサポートされていません。 Microsoft を利用することを目的としています。
Windows および Apple Macintosh プリンター ドライバー。 たとえば、これにより画像を
ドットマトリックスプリンターで直接印刷。

UNIX または VMS システムで RasMol を使用する場合、この機能は次の方法で実現できます。
RasMol を使用して PostScript ファイルを生成する 書きます ps or 書きます ベクトプス
コマンドとその印刷、またはラスター イメージ ファイルの生成とユーティリティの使用
それをローカルプリンターにダンプします。

やめます RasMol プログラムを終了します。 RasMol コマンド 終了する と やめます 同義であり、
ネストされたスクリプト内を除く。 その場合、 終了する 現在の
レベル、その間 やめます ネストされたスクリプトのすべてのレベルを終了します。

USBレコーディング ラスモール 記録 コマンドは、ムービーを保持する記録媒体を指定します。 以来
私たちはコンピューターで作業しており、メディアは一連のテンプレートとして指定されています
各ファイルには、再生フレームの開始時間がミリ秒単位でマークされています (
小数点の埋め込みを避けるために秒として) を名前の一部として使用します。 の場所
ミリ秒単位の再生フレーム開始時間に置き換えられる名前は
適切な桁数の文字「ssssss」でマークされています。 ラスモール
の場所をマークするために、大文字または小文字の s または XNUMX 進数を受け入れます。
時間。 レコード オフ コマンドは、指定されたメディアを使用から削除します。 媒体がない場合
が指定されている場合、record off で録音を一時停止し、record on で録音を再開します。
同じメディアで次に利用可能な時間。 画面はデフォルトのメディアであり、
デフォルトではオンになっています。 ディスクへの書き込みは明示的に指定する必要があります。
意外と埋まらない。 記録媒体のタイプは、
実際の画面イメージまたはスクリプトを記録する gif、pict、png などのイメージ タイプ
フレームの生成に使用された RasMol コマンドを記録します。

通常は再生フレーム開始時刻 0 秒から記録を開始します。 非ゼロ
開始時間は秒単位で指定できます 記録 from 次のようなコマンド 記録
from 25 or 記録 from 37.25 組み立てる映画のシーンを整理するのに役立ちます
後で適切な順序で。 の 記録 まで コマンドは上限を
秒単位で記録時間を設定できます。 デフォルトでは、制限はありません。 の発行
コマンド

記録 from 600

記録 まで 1800

20 分のムービー セグメントが 10 分の開始を意図したものになります。
より長い映画。 これらのコマンドを使用すると、選択した時間セグメントの書き換えを制御できます。

Refresh
ラスモール リフレッシュ コマンドは現在の画像を再描画します。 これは、スクリプトで役立ちます。
パラメータ変更の複雑なリストの適用を確実にします。

再番号付け
ラスモール 番号を付け直す コマンドは、高分子の残基に順番に番号を付けます
鎖。 オプションのパラメーターは、最初の残基の値を指定します
順序。 デフォルトでは、この値は XNUMX です。 タンパク質の場合、各アミノ酸に番号が付けられています
N末端からC末端まで順番に。 核酸の場合、各塩基
5' 末端から 3' 末端に向かって番号が付けられています。 現在のすべてのチェーン
データベースの番号が付け直され、元のシーケンスのギャップは無視されます。 始まり
番号付けの値は負の場合があります。

リセット ラスモール リセット コマンドは、元の表示変換と中心を復元します
回転。 スケールはデフォルト値に設定されています。 ズーム 100、 回転の中心
現在ロードされている分子の幾何学的中心に設定され、 センター 全て、 この
中心は画面の中央に移動し、視点は
デフォルトの向き。

このコマンドを RasMol と間違えないでください。 バシッ を削除するコマンド
現在保存されている分子を復元し、プログラムを初期状態に戻します。

制限します
ラスモール 制限する コマンドは両方とも、現在選択されているリージョンを定義します
分子を表示し、分子のそれらの部分 (のほとんど) の表現を無効にします
選択されなくなりました。 分子の色を変更する後続のすべての RasMol コマンド
または表現は、現在選択されているリージョンのみに影響します。 のパラメータ
制限する コマンドは、次のすべてのアトムに対して評価される RasMol アトム式です。
現在の分子。 このコマンドは、RasMol と非常によく似ています。 select コマンド、
以下は除く 制限する を無効にします ワイヤーフレーム、 スペースフィル と バックボーン での表現
選択されていない領域。

RasMol アトム式の詳細については、「ヘルプ式」と入力するか、
アトム 式。

リボン
ラスモール リボン コマンドは、現在ロードされているタンパク質または核酸を次のように表示します。
タンパク質の主鎖に沿って通過する滑らかな固体「リボン」表面。 の
アルファ炭素が現在選択されている各アミノ酸の間にリボンが描かれます。
リボンの色は RasMol によって変更されます カラー リボン 指図。 の場合
現在のリボンの色は なし (デフォルト)、色はアルファから取得されます
その長さに沿って各位置にカーボン。

各位置でのリボンの幅は、
通常の RasMol ユニット。 デフォルトでは、リボンの幅は
タンパク質の二次構造または 720 (2.88 オングストローム) の定数値
核酸。 タンパク質のアルファヘリックスとベータシートのデフォルト幅は 380 です
(1.52 オングストローム) と 100 (0.4 オングストローム) ターンとランダム コイル。 二次
構造の割り当ては、PDB ファイルから、または DSSP を使用して計算されます。
によって使用されるアルゴリズム 構造 指図。 このコマンドは、RasMol に似ています。
command ストランド 生体分子のリボンを平行な深さの手がかりとしてレンダリングします
曲線

ローテート 指定した軸を中心に分子を回転させます。 軸の許容値
パラメータは「x」、「y」、「z」、「bond」です。 整数パラメータは角度を示します
回転する構造の角度。 X 軸と Y 軸の場合、正の値が移動します
最も近い点は上下左右に移動し、負の値は上下左右に移動します。
それぞれ。 Z 軸の場合、正の回転は時計回りに作用し、負の回転は時計回りに作用します。
反時計回りの角度。

または、このコマンドを使用して、マウスまたはマウスの回転を指定することもできます。
ダイヤルが制御します。 もしも 回転させる 債券 true が選択されている場合、水平スクロール バー
によって選択された軸を中心とした回転を制御します 債券 SRC DST 選ぶ
If 回転させる を true が選択され、複数の分子が読み込まれている場合、すべて
分子は一緒に回転します。 それ以外の場合はすべて、マウスとダイヤルが
によって選択された分子の回転 分子 n

ロシア語
ラスモール ロシア語 コマンドは、メニューとメッセージをロシア語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

Save 現在選択されている原子のセットを Protein Data Bank (PDB)、MDL、
Alchemy(tm) または XYZ 形式のファイル。 このコマンドと
ラスモール 書きます コマンドが削除されました。 唯一の違いは、フォーマットがないことです
指定子 保存 コマンドは PDB ファイルと 書きます コマンドは
GIF 画像。

スクリプト ラスモール スクリプト command は一連の RasMol コマンドをテキストから順番に読み取ります
ファイルして実行します。 これにより、よく使用されるコマンドのシーケンスを
単一のコマンドで保存および実行されます。 RasMol スクリプト ファイルには、さらに
最大「深さ」10 までのスクリプト コマンド。
実行するアクション。 RasMol は、最初の「#」文字以降のすべての文字を無視します
各行で、スクリプトに注釈を付けることができます。 多くの場合、スクリプト ファイルも
RasMol を使用して注釈を付ける echo

RasMol スクリプト ファイルを生成する最も一般的な方法は、 書きます スクリプト or
書きます ラスモール に必要な一連のコマンドを出力するコマンド
現在のビュー、表現、および現在の色を再生成します
表示された分子。

RasMol コマンド source と同義です スクリプト

選択 分子の現在選択されている領域を定義します。 後続のすべての RasMol
分子を操作したり、その色や表現のみを変更したりするコマンド
現在選択されているリージョンに影響します。 のパラメータ select コマンドは RasMol
現在の分子のすべての原子に対して評価される式。 現在の
分子の選択された（アクティブな）領域は、式を引き起こす原子です
真と評価する。 分子全体を選択するには、RasMol コマンドを使用します select すべて。
の動作 select パラメータのないコマンドは、
ラスモール ヘテロ と 水素化 パラメーター。

RasMol アトム式の詳細については、「ヘルプ式」と入力するか、
アトム 式。

作成セッションプロセスで ラスモール セッションに コマンドを使用すると、さまざまな内部プログラム パラメータを変更できます
レンダリング オプションを制御するものなど。 各パラメータには独自のセットまたは
許容されるパラメータ オプション。 通常、パラメーター オプションを省略すると、
パラメータをデフォルト値に戻します。 有効なパラメータ名のリストを以下に示します。

表示 ラスモール 表示する コマンドは、現在ロードされているステータスの詳細を表示します
分子。 コマンド 表示する 情報 分子の名前、分類、
PDB コードとそれに含まれるアトム、チェーン、グループの数。 水素結合なら、
ジスルフィド架橋または二次構造が決定されている場合、
hbonds、ssbonds、ヘリックス、ラダー、ターンもそれぞれ表示されます。 の
command 表示する センター によって選択されたゼロ以外のセンタリング値を表示します。 センター
[CenX、 CenY、 センズ] 指図。 コマンド 表示する フィプシ のファイ角度とプサイ角度を示します
現在選択されている残基とシスペプチド結合のオメガ角。 の
command 表示する ラムプリント (または「show RPP」または「show RamachandranPrinterPlot」) は、
Frances Bernstein の fisipl のスタイルの単純な Ramachandran プリンター プロット
プログラム。 コマンド 表示する 回転 (または 'show rot' または 'show 'rotate') は、
現在選択されている z、y、x および結合回転の値 (存在する場合)。 コマンド 表示する
選択 (または「選択したグループを表示」または「選択したチェーンを表示」または「選択したものを表示」
atom' ) は、現在の選択のグループ (デフォルト)、チェーン、またはアトムを表示します。 の
command 表示する シーケンス 分子の各鎖を構成する残基をリストします。
コマンド 表示する 対称 分子の空間群と単位格子を示します。 の
command 表示する 翻訳 によって選択されたゼロ以外の移動値を表示します。
翻訳する 指図。 コマンド 表示する ズーム ゼロ以外のズームを表示します
によって選択された値 ズーム

スラブ ラスモール スラブ コマンドは、
分子。 プログラムは、分子のさらに離れた部分のみを描画します。
スラブ平面よりも視聴者から。 整数値の範囲は、
分子の一番後ろを 100 にすると、分子の完全に前になります。
中間値は、描画される分子のパーセンテージを決定します。

このコマンドは、 深さ コマンドの背面にクリップします。
指定された z クリッピング平面。

スペースフィル
ラスモール スペースフィル コマンドは、現在選択されているすべてを表すために使用されます
固体球としての原子。 このコマンドは、球体の結合と
分子の球と棒のモデル。 コマンド、 スペースフィル 本当、 デフォルト、
各原子をファン デル ワールス半径の球として表します。 コマンド スペースフィル
OFF 選択した原子の球としての表示をオフにします。 球の半径
RasMol 単位 (1/250 オングストローム) の整数または値として指定できます。
小数点を含みます。 500 (2.0 オングストローム) 以上の値を指定すると、
「パラメータ値が大きすぎます」エラー。

この 温度 オプションは、各球の半径をそのに格納されている値に設定します
温度フィールド。 ゼロまたは負の値は効果がなく、値が より大きい
2.0 は 2.0 に切り捨てられます。 の user オプションにより、各球の半径を
Raster 3D の COLOR を使用して、分子の PDB ファイルの追加行で指定
レコード延長。

RasMol コマンド CPK と同義です スペースフィル

RasMol コマンド cpknew と同義です スペースフィル コマンド、ただし、
わずかに異なる色のセットが使用されています。

スペイン語
ラスモール スペイン語 コマンドは、メニューとメッセージをスペイン語版に設定します。

このコマンドは、適切なフォントがインストールされていないと正しく機能しない場合があります。
コマンド ブルガリア、 中国語、 英語、 フランス語、 イタリア語、 ロシア語 と スペイン語 かもしれません
ブルガリア語、中国語、英語、フランス語、イタリア語、日本語、ロシア語の選択に使用
適切なフォントがインストールされている場合は、スペイン語のメニューとメッセージ。

SSボンズ
ラスモール ssbonds コマンドは、ジスルフィド ブリッジを表すために使用されます。
接続された間の点線または円柱としてのタンパク質分子
システイン。 初めて、 ssbonds コマンドが使用されると、プログラムは検索します
タンパク質の構造を調べて、半システイン ペア (システインの硫黄が
互いに 3 オングストローム以内にある)、ブリッジの数を
ユーザー。 コマンド ssbonds on 選択した「結合」が点線で表示され、
command ssbonds OFF 現在選択されている領域で ssbonds の表示を無効にします。
ジスルフィド架橋の選択は通常の結合と同じで、調整可能
RasMol を使用して セッションに ボンドモード 指図。 ジスルフィド結合の色は
を使用して変更 カラー ssbonds 指図。 デフォルトでは、各ジスルフィド結合には
接続された原子の色。

デフォルトでは、システイン内の硫黄原子間にジスルフィド結合が描かれます
グループ。 を使用することにより、 セッションに ssbonds システインのアルファの位置を命令する
代わりに炭素を使用することができます。

星 ラスモール 星 コマンドは、現在選択されているすべての原子を次のように表すために使用されます。
星 (x、-x、y、-y、z、および -z 方向に XNUMX つずつ、XNUMX つのストローク)。 の
コマンド select 担保付き 続い 星 75 結合していない原子をマークするのに便利です
a ワイヤーフレーム より少ないオーバーヘッドで表示 スペースフィル 75. これは
コマンドを使用して、後続のすべてのワイヤフレーム表示で自動的に実行されます セッションに
ボンドモード 結合。

コマンド 星 本当、 デフォルトでは、各原子をストロークのある星として表します
ファンデルワールス半径に等しい長さ。 コマンド 星 OFF をオフにします
選択した原子を星として表現します。 スター ストロークの長さを指定できます
RasMol 単位 (1/250 オングストローム) の整数または小数を含む値として
点。 500 (2.0 オングストローム) 以上の値を指定すると、「パラメータ値も
大」エラー。

この 温度 オプションは、各星のストロークの長さをに格納されている値に設定します
その温度フィールド。 ゼロまたは負の値は効果がなく、値が大きい
2.0 未満は 2.0 に切り捨てられます。 の user オプションは、それぞれのストローク長を許可します
スターは、R​​aster を使用して分子の PDB ファイル内の追加の行で指定されます
3D の COLOR レコード拡張。

ラスモール スペースフィル コマンドを使用して、アトムをより芸術的にレンダリングすることができます。
球。

ステレオ ラスモール ステレオ コマンドを使用すると、画像を並べてステレオ表示できます。 ステレオ
分子の表示は、 ステレオ from
　 オプション メニュー、またはコマンドを入力して ステレオ on or ステレオ オフ。

RasMol バージョン 2.7.2.1 以降、 ステレオ メニュー選択とコマンド
ステレオ 引数なしの初期状態からの循環 ステレオ OFF 〜へ ステレオ on in
寄り目モードに ステレオ on ウォールアイドモードで、その後に戻る ステレオ オフ。

XNUMX つのビューの間の分離角度は、 セッションに ステレオ [ - ]
コマンドで、正の値は斜視になり、負の値になります
リラックスした (壁のような) ビューでの値。 の包含 [ - ] 会場は ステレオ
コマンド、例として ステレオ 3 or ステレオ -5、 また、角度を制御し、
方向。

ステレオ コマンドは部分的にしか実装されていません。 ステレオをオンにすると、
画像が適切に再表示されていません。 (これは 翻訳する x -
コマンドです。) ベクトル PostScript 出力ファイルではサポートされていません。
　 書きます スクリプト コマンドであり、一般的にはまだ適切にインターフェースされていません
プログラムの他のいくつかの機能。

ストランド
ラスモール ストランド コマンドは、現在ロードされているタンパク質または核酸を次のように表示します。
タンパク質の主鎖に沿って通る深みのある曲線の滑らかな「リボン」。
リボンは、互いに平行に走る多数のストランドで構成されています
各残基のペプチド面に沿って。 リボンは各アミノ間に描画されます
アルファ炭素が現在選択されている酸。 リボンの色が変わりました
RasMolによる カラー リボン 指図。 現在のリボンの色が なし （
デフォルト)、色はその位置に沿った各位置のアルファ炭素から取得されます。
長さ。 中央のストランドと最も外側のストランドは、
カラー リボン1 と カラー リボン2 コマンド、それぞれ。 ストランドの数
リボンは RasMol を使用して変更できます セッションに ストランド

各位置でのリボンの幅は、
通常の RasMol ユニット。 デフォルトでは、リボンの幅は
タンパク質の二次構造または核酸の定数値 720
(幅 2.88 オングストロームのリボンが生成されます)。 タンパク質アルファのデフォルト幅
らせんとベータ シートは 380 (1.52 オングストローム) と 100 (0.4 オングストローム) のターン
そしてランダムコイル。 二次構造の割り当ては、PDB ファイルまたは
によって使用される DSSP アルゴリズムを使用して計算されます。 構造 指図。 このコマンド
RasMol コマンドに似ています。 リボン 生体分子リボンを
滑らかな陰影面。

Structure
ラスモール 構造 コマンドは、二次構造の割り当てを計算します
現在ロードされているタンパク質。 元の PDB ファイルに構造割り当てが含まれていた場合
レコード (HELIX、SHEET、および TURN) これらは破棄されます。 最初は水素結合
これがまだ行われていない場合は、現在の分子が見つかります。 二次
その後、Kabsch と Sander の DSSP アルゴリズムを使用して構造が決定されます。 一度
プログラムが終了すると、見つかったヘリックス、ストランド、およびターンの数が報告されます。

表面
ラスモール 表面 コマンドは、Lee-Richards 分子表面をレンダリングします。
選択した原子上でプローブ原子をローリングします。 与えられた値は半径を指定します
プローブの。 最初の形式で与えられた場合、プローブの表面の進化
が示されています（溶媒排除面）。 XNUMX 番目の形式で指定された場合、エンベロープ
プローブの中心の位置が示されています (溶媒にアクセス可能な
水面）。

トレース ラスモール トレース コマンドは、連続するアルファ炭素間の滑らかなスプラインを表示します
ポジション。 このスプラインは、のアルファ炭素位置を正確に通過しません。
各残基ですが、同じパスをたどります リボン、 ストランド と 漫画。 注意
その残基は次のように表示される可能性があります リボン、 ストランド、 漫画 または トレース。
これらの表現の XNUMX つを有効にすると、他の表現が無効になります。 ただし、残留物が残る場合があります
バックボーンとして、および上記の表現の XNUMX つとして同時に表示されます。
これは、RasMol の将来のバージョンで変更される可能性があります。 バージョン 2.6 より前は、 トレース ました
と同義 背骨。

トレース 温度 高温でより広いシリンダーとしてバックボーンを表示します
要因とより低いでより薄い。 この表現は X 線に役立ちます。
結晶学者およびNMR分光学者。

翻訳します
ラスモール 翻訳する コマンドは、分子の中心の位置を移動します
スクリーン。 axis パラメータは、分子がどの軸に沿っているかを指定します
移動し、整数パラメータは分子の絶対位置を指定します
画面中央から中央へ。 axis パラメータの許容値は次のとおりです。
「x」、「y」、「z」。 変位値は -100 から 100 の間でなければなりません。
現在の分子を画面の外に移動することに対応します。 正の「x」
変位は分子を右に移動し、正の「y」変位は移動します
画面下の分子。 コマンドのペア 翻訳する x 0 と 翻訳する y 0
分子を画面の中央に配置します。

結合解除 RasMol コマンド 結合を解く から指定された結合を削除します
お絵かき。

コマンド 結合を解く 引数なしで、以前に選択された結合を削除します 債券
選ぶ

ワイヤーフレーム
ラスモール ワイヤーフレーム コマンドは、選択した領域内の各結合を表します
円柱、線、または奥行きのあるベクトルとしての分子。 債券の表示
奥行きのあるベクトル (視聴者から遠ざかるほど暗く描画される) は、
コマンド ワイヤーフレーム or ワイヤーフレーム に。 選択した結合は次のように表示されます。
半径を RasMol 単位の整数として指定するか、円柱を含む円柱
オングストローム単位の値としての小数点。 パラメータ値 500 (2.0 オングストローム)
以上の場合、「パラメータ値が大きすぎます」というエラーが発生します。 結合は着色される場合があります
カラー 絆

選択した結合が別の配座異性体の原子を含む場合、結合は次のようになります。
指定された半径の .8 の半径 (または半径
オプションの XNUMX 番目のパラメーターとして指定されます)。

通常の環境では見えなくなる可能性のある非結合原子 ワイヤーフレーム ディスプレイ缶
前にマークされる セッションに ボンドモード 担保付き 指図。 ほぼ共線の場合
原子への結合により、ワイヤーフレーム表示で見にくくなります。 セッションに
ボンドモード を コマンドはマーカーを追加します を 後続の原子 ワイヤーフレーム command
処刑。

書きます 現在のイメージを標準形式でファイルに書き込みます。 現在サポートされている画像
ファイル形式には以下が含まれます bmpファイル (Microsoft ビットマップ) および GIF (コンピューザーブGIF)、 アイリス （虹彩
RGB)、 ppmの (ポータブル ピックスマップ)、 ラス (太陽ラスタファイル), ps と epsf (カプセル化
PostScript)、 モノプス (モノクロ カプセル化 PostScript)、 ピクト (アップルピクト)、 ベクトプス
(ベクトル追記)。 の 書きます command を使用してコマンドを生成することもできます
他のグラフィック プログラム用のスクリプト。 フォーマット スクリプト を含むファイルを書き出します
ラスモル スクリプト 現在の画像を再現するコマンド。 フォーマット モルスクリプト
分子の現在のビューを次のようにレンダリングするために必要なコマンドを書き出します。
Per KraulisのMolscriptプログラムのリボンとフォーマット キネマゲ コマンド
David Richardson のプログラム Mage。 次の形式は、さらに便利です
処理： ポブレー (POVRay 2)、 ポブレー3 (POVRay 3 -- 開発中), vrml (VRML
ファイル）。 最後に、リスト用の phi-psi データを提供するために、いくつかの形式が提供されています。
または用 フィプシ (cis オメガの注釈付きリストとしての phi-psi データ)、 ラマチャン と RDF
と ラマチャンドランデータファイル (gnuplot の数値の列としての phi-psi データ)、 RPP と
ラマチャンドランプリンタープロット (プリンター プロットとしての phi-psi データ)。

このコマンドと RasMol の違い 保存 コマンドが削除されました。
唯一の違いは、フォーマット指定子がないことです。 保存 コマンドは
PDB ファイルと 書きます コマンドは GIF 画像。

ザップ 現在のデータベースの内容を削除し、パラメータ変数を
初期のデフォルト状態。

Zoom 現在表示されている画像の倍率を変更します。 ブールパラメータ
現在の分子のスケールを拡大またはリセットします。 整数パラメーター
デフォルトのスケールのパーセンテージとして目的の倍率を指定します。 の
パラメータの最小値は 10 です。 パラメータの最大値は、
表示されている分子のサイズ。 中サイズのタンパク質の場合、これは約 500 です。

セット パラメーター

RasMol には、 セッションに
これらのパラメーターは、レンダリング オプションやマウスなどの多くのプログラム オプションを制御します。
ボタンのマッピング。

ピッキング play.fps 半径 record.aps

作成セッションプロセスで 周囲の
ラスモール アンビエント パラメーターは、周囲の量を制御するために使用されます (または
周囲の）シーンの光。 の アンビエント 値は 0 から 100 の間でなければなりません。
オブジェクトの最も暗い色合いのパーセント強度を制御します。 固体の場合
オブジェクト、これは光源から離れた面の強度です。
影の多い。 奥行きのあるオブジェクトの場合、これはオブジェクトから最も遠いオブジェクトの強度です。
ビューア。

このパラメーターは、通常、異なる「ガンマ」を持つモニターを補正するために使用されます。
値" (明るさ) を使用して、ハードコピー イメージが表示されるときの明るさまたは暗さを変更します。
印刷したり、ワイヤーフレームやリボン表現の奥行き感を変えたりできます。

作成セッションプロセスで 軸
ラスモール 軸 パラメータは、直交座標軸の表示を制御します
現在の表示。 座標軸は分子データファイルで使用されているもので、
原点は、分子のバウンディング ボックスの中心です。 の セッションに 軸 コマンドは
コマンドに似ています セッションに バウンドボックス と セッションに 単位格子 境界ボックスを表示する
および結晶学的単位セル、それぞれ。

作成セッションプロセスで バックフェード
ラスモール バックフェード パラメータは、バックフェードを指定された値に制御するために使用されます
黒ではなく背景色。 これは、コマンドによって制御されます。 セッションに
バックフェード on と セッションに バックフェード オフ。 たとえば、これを使用して深さを生成できます。
黒ではなく白にフェードする手がかりの画像。

作成セッションプロセスで 経歴
ラスモール 背景 パラメータは、「キャンバス」の色を設定するために使用されます
バックグラウンド。 色は、色名またはカンマ区切りで指定できます
角括弧で囲まれた赤、緑、青 (RGB) コンポーネントの XNUMX つ。 入力する
command 助けます 色 によって認識される事前定義された色名のリストが表示されます
RasMol。 X Windows で実行している場合、RasMol は X ウィンドウの色も認識します。
サーバーの色名データベース。

コマンド セッションに 背景 RasMol コマンドと同義です。 背景。

作成セッションプロセスで ボンドモード
ラスモール セッションに ボンドモード コマンドは、個々の選択に使用されるメカニズムを制御します
結合し、後続の結合原子と非結合原子の表示を変更します
ワイヤーフレーム コマンド。

使用している場合 select と 制限する コマンド、i) の場合、特定の結合が選択されます。
ボンドモードは or 接続された原子のいずれかが選択されている、または ii)
ボンドモードは と 結合によって接続された両方の原子が選択されます。 したがって、
個々の結合は、コマンドを使用して一意に識別できます セッションに ボンドモード と
次に、両端の原子を一意に選択します。

この ボンドモード [全て | なし | 結合] コマンド追加 星 75 or スペースフィル 75 マーカー
指定された原子に対して ワイヤーフレーム が表示されます。 星は、指定された場合に使用されます。
ワイヤーフレームの半径はゼロです。

作成セッションプロセスで 絆
ラスモール 絆 パラメータは、二重結合と三重結合の表示を制御するために使用されます。
複数のラインまたはシリンダー。 現在、債券注文は MDL Mol からのみ読み取られます
ファイル、Sybyl Mol2 形式のファイル、Tripos Alchemy 形式のファイル、CIF および mmCIF、および
適切な PDB ファイル。 一部の PDB ファイルでは、二重 (および三重) 結合が次のように指定されています。
CONECT レコードで特定の結合を XNUMX 回 (および XNUMX 回) 指定します。 コマンド
セッションに 絆 on 結合注文の表示を有効にし、コマンド セッションに 絆 OFF
それらを無効にします。

作成セッションプロセスで バウンドボックス
ラスモール バウンドボックス パラメータは、現在の分子の表示を制御します
ディスプレイ上の境界ボックス。 境界ボックスは、データ ファイルの
元の座標軸。 の セッションに バウンドボックス コマンドはコマンドに似ています セッションに
軸 と セッションに 単位格子 直交座標軸と境界ボックスを表示する
。

作成セッションプロセスで 漫画
ラスモール 漫画 パラメータは、の漫画バージョンの表示を制御するために使用されます
　 リボン 画面。 デフォルトでは、ベータシートの C 末端は次のように表示されます。
矢印の頭。 これは、 セッションに 漫画
指図。 漫画の深さは、 漫画
コマンド。 の セッションに 漫画 パラメータなしのコマンドは、これらの XNUMX つのオプションを返します
〜へ
それらのデフォルト値。

作成セッションプロセスで シスアングル
ラスモール シサングル パラメータは、シスペプチドを識別するためのカットオフ角度を制御します
債券。 値が指定されていない場合、カットオフは 90 度に設定されます。

作成セッションプロセスで ディスプレイ
このコマンドは、RasMol 内の表示モードを制御します。 デフォルトでは、 セッションに ディスプレイ
通常、 RasMol は、ユーザーが指定した表現で分子を表示します。
コマンド セッションに ディスプレイ 選択 分子が
分子の現在選択されている部分を示すために一時的に描画されます。 の
ユーザーが指定した配色と表現は変更されません。 この中で
選択した原子はすべて黄色で表示され、選択されていない原子はすべて黄色で表示されます
青で表示されます。 背景の色も濃い灰色に変更され、
表示モードの変更を示します。 通常、このコマンドは次の場合にのみ使用されます。
外部のグラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI)。

作成セッションプロセスで フォントサイズ
ラスモール セッションに フォントサイズ コマンドは、文字のサイズを制御するために使用されます。
原子ラベルを形成します。 この値は、表示される文字の高さに対応します
ピクセルで。 の最大値 フォントサイズ は 48 ピクセルで、デフォルト値は 8 です。
ピクセルが高い。 「FS」を追加することで、固定間隔または比例間隔を選択できます。
または「PS」修飾子、それぞれ。 デフォルトは「FS」です。 原子ラベルを表示するには
画面は RasMol を使用します ラベル コマンドと表示色の変更
ラベル、 カラー ラベル

作成セッションプロセスで フォントストローク
ラスモール セッションに フォントストローク コマンドは、ストローク幅のサイズを制御するために使用されます
原子ラベルを形成する文字の。 この値は、ピクセル単位の半径です。
ストロークを形成するために使用されるシリンダー。 特別な値「0」がデフォルトで使用されます
通常の単一ピクセルのストローク幅の場合、迅速な描画と
画像の回転。 よりアーティスティックな表現を可能にするために、XNUMX 以外の値が提供されます。
画像のレンダリングに余分な時間を犠牲にして、パブリケーション用のアトム ラベルを作成します。

幅の広いストロークを使用する場合は、フォント サイズを大きくすることをお勧めします。
ラスモール セッションに フォントサイズ 24 PS コマンド、続いて セッションに フォントストローク 2

画面に原子ラベルを表示するには、RasMol ラベル コマンド、および変更する
表示されるラベルの色は カラー ラベル

作成セッションプロセスで Hボンズ
ラスモール 債券 パラメータは、水素結合が
水素結合のドナー原子とアクセプター原子、 セッションに 債券 側鎖 またはの間
タンパク質骨格のアルファ炭素原子と、そのリン原子の間
核酸骨格、 セッションに 債券 背骨。 水素結合の実際の表示
によって制御されます 債券 指図。 タンパク質アルファ間の水素結合の描画
炭素または核酸のリン原子は、分子の残りの部分が
のような模式図のみで示されています。 背骨、 リボン or ストランド。
このパラメーターは、R​​asMol に似ています。 ssbonds パラメータに一致する最初のデバイスのリモートコントロール URL を返します。

作成セッションプロセスで ヘテロ
ラスモール ヘテロ パラメータは、RasMol の「デフォルト」動作を変更するために使用されます
select コマンド、つまりの動作 select パラメータなし。 このとき
値は 偽 デフォルト select 領域には異種原子が含まれていません
(定義済みのセットを参照してください ヘテロ ）。 この値が 本当、 デフォルト select
region にはヘテロ原子が含まれる場合があります。 このパラメーターは、R​​asMol に似ています。 水素化
水素原子をデフォルトに含めるかどうかを決定するパラメータ
設定。 両方なら ヘテロ と 水素化 　 本当、 select パラメータなしは
に相当 select すべて。

作成セッションプロセスで 砂時計
ラスモール 砂時計 パラメータを使用すると、ユーザーは
プログラムが現在ビジーであることを示すために RasMol によって使用される「砂時計」カーソル
次のフレームを描画します。 コマンド セッションに 砂時計 on インジケーターを有効にします。
セッションに 砂時計 OFF RasMol がカーソルを変更するのを防ぎます。 これは、次の場合に役立ちます。
分子を回転させたり、スクリプト ファイルから一連のコマンドを実行したり、
コマンドの複雑なシーケンスを実行するためのプロセス間通信。 これらの場合
「点滅する」カーソルは気が散る可能性があります。

作成セッションプロセスで 水素
ラスモール 水素化 パラメータは、の「デフォルト」動作を変更するために使用されます
ラスモール select コマンド、つまりの動作 select パラメータなし。 いつ
この値は 偽 デフォルト select 領域には水素が含まれていません。
重水素または三重水素原子 (定義済みのセットを参照) 水素化 ）。 この値のとき
is 本当、 デフォルト select 領域には水素原子が含まれる場合があります。 このパラメータは
RasMolに似ている ヘテロ 異種原子かどうかを決定するパラメータ
デフォルト セットに含める必要があります。 両方なら 水素化 と ヘテロ 　 本当、 select
パラメータなしの場合は次と同等です select すべて。

作成セッションプロセスで キネマゲ
ラスモール セッションに キネマゲ コマンドは、Kinemage に保存されるディテールの量を制御します
RasMol によって生成された出力ファイル 書きます キネマゲ 指図。 出力キネマージュ
ファイルは、David Richardson の Mage プログラムによって表示されることを意図しています。 セッションに
キネマゲ 偽 デフォルトでは、現在表示されている表現のみが
生成された出力ファイル。 コマンド セッションに キネマゲ 本当、 より複雑な
ワイヤーフレームとバックボーンの両方の表現と、
座標軸、バウンディング ボックス、結晶単位セル。

作成セッションプロセスで メニュー
ラスモール セッションに メニュー コマンドは、キャンバス ウィンドウのメニュー ボタンまたはメニュー バーを有効にします。
このコマンドは通常、グラフィカル ユーザー インターフェイスでのみ使用されるか、
Microsoft Windows を使用する場合は、画像をできるだけ大きくします。

作成セッションプロセスで モニター
ラスモール セッションに モニター コマンドが有効にする モニター。 距離モニターのラベルが
コマンドでオフにする セッションに モニター オフ、 コマンドで再度有効にします セッションに
モニター に。

作成セッションプロセスで マウス
ラスモール セッションに マウス コマンドは、回転、平行移動、スケーリング、およびズームを設定します
マウスバインディング。 デフォルト値は ラスモール XNUMXボタンマウスに適しています
(XNUMX ボタン マウスの場合、XNUMX 番目と XNUMX 番目のボタンは同義です)。 XY 回転
は最初のボタンで制御され、XY 移動は XNUMX 番目のボタンで制御されます。 追加
機能は、キーボードの修飾キーを押し続けることによって制御されます。 【シフト】と
最初のボタンはスケーリングを実行し、[シフト] を実行し、XNUMX 番目のボタンは Z-
回転、[制御]、最初のマウス ボタンでクリッピング プレーンを制御します。 の
洞察力 と 量子 オプションは、他のパッケージと同じマウスバインディングを提供します
経験豊富なユーザー。

作成セッションプロセスで ピッキング
ラスモール セッションに ピッキング 一連のコマンドは、ユーザーが
RasMol で画面に表示される分子。

有効化/無効化 アトム 識別 ピッキング： マウスで原子をクリック
その残基名、残基番号、原子の識別と表示を行います
コマンドウィンドウで名前、原子シリアル番号、およびチェーン。 この動作は
コマンドで無効化 セッションに ピッキング なし コマンドで復元 セッションに
ピッキング アイデンティティ。 コマンド セッションに ピッキング コーディネート の原子座標を追加します
アトムをディスプレイに。

を使用してピッキングを無効にする セッションに ピッキング OFF を実行するときに便利です。 一時停止
RasMol スクリプトのコマンドは、
スクリプトが中断されている間のコマンド ライン。

測定 距離、 角度 と ねじれ: 距離のインタラクティブな測定、
角度とねじれは、次のコマンドを使用して達成されます。 セッションに ピッキング 距離、 セッションに
ピッキング モニター、 セッションに ピッキング 角度 と セッションに ピッキング ねじれ、 それぞれ。 これらの中で
モードでは、原子をクリックすると、rasmol コマンドで識別されます。
ライン。 さらに、選択されたすべてのアトムは、次のようにモジュロ カウンターをインクリメントします。
距離モードでは、XNUMX 原子ごとに距離が表示されます (または距離モニター)
このアトムと前のアトムの間。 角度モードでは、XNUMX つおきの原子が表示されます
前の XNUMX つの原子の間の角度、ねじれモードでは XNUMX つおきの原子
最後の XNUMX つの原子間のねじれを表示します。 シフトキーを押しながら
アトムを選択している間、このモジュロカウンターはインクリメントされず、
たとえば、固定原子から連続する原子までの距離を表示します。 見る
　 モニター 距離モニタ ラインの表示を制御するコマンドと
ラベル

ラベリング 原子 　 　 マウス： マウスを使用して、
与えられた原子の原子ラベル。 RasMol コマンド セッションに ピッキング ラベル ラベルを削除します
選択した原子が既にある場合、またはその原子に簡潔なラベルが表示されている場合は、選択した原子から
それ以外の位置。

センタリング 回転 　 　 マウス： 分子は指定された原子を中心とすることができます
RasMol コマンドを使用した位置 セッションに ピッキング センター or セッションに ピッキング センター。 In
このモードでは、原子を選択すると、それ以降のすべての回転がその点を中心に行われます。

ピッキング a 債券 as a 回転 軸： 任意の結合を回転軸として選択できます
選択した XNUMX 番目の原子を超える分子の部分。 この機能
当然のことながら、それはのコンフォメーションを変更するため、注意して使用する必要があります
分子。 実行後 セッションに ピッキング 債券 または同等の「Pick Bond」を使用して
「設定」メニューで、回転させる結合を同じ種類のマウスで選択します
クリックは、距離測定のために原子を選択するために使用されます。 普通はこれ
結合が存在する場所で実行する必要がありますが、結合が存在しない場合は追加されます。 の
結合が任意のサイズのリングの一部である場合、結合を回転に使用することはできません。 すべての債券
ローテーション用に選択されたものは記憶されているため、いつでも適切に報告できます。
スクリプトを書いていますが、アクティブにローテーションできるのは、最後に選択した結合だけです。

有効にします 原子・基・鎖 選択 ピッキング： 原子、グループ、鎖は
選択された (あたかも select コマンド)、 セッションに ピッキング 原子、 セッションに ピッキング
グループ、 セッションに ピッキング チェーン コマンド。 これらの各コマンドでは、シフト キーを使用できます。
古いものに新しい選択を追加するために使用され、コントロールキーが使用される場合があります
古いものから新しい選択を削除します。 とき セッションに ピッキング 原子 コマンドは
マウスを使用して、原子の周りのボックスを選択またはドラッグできます。
選択希望です。 とき セッションに ピッキング グループヘッド コマンドが与えられ、任意の
atom は、残基番号が一致するすべての原子を選択します。
異なるチェーンにある場合でも、アトムを選択しました。 とき セッションに ピッキング チェーン コマンドは
任意の原子を選択すると、チェーン内で一致するすべての原子が選択されます
選択したアトムの識別子。

作成セッションプロセスで プレイ
ラスモール セッションに 再生.fps コマンドは、再生の XNUMX 秒あたりのフレーム数を指定します
を通じて、タンピングされたコーヒーベッドの上から均一にフィルターバスケットの内の粉に浸透していきます。 遊びます コマンド (デフォルトは毎秒 24 フレーム)。

RasMol の現在のリリースでは、再生タイミングはこれによって制御されません。
パラメータに一致する最初のデバイスのリモートコントロール URL を返します。

作成セッションプロセスで 半径
ラスモール セッションに 半径 コマンドは、RasMol の動作を変更するために使用されます ドット
の値に応じたコマンド パラメータ。 いつ is 本当、
　 半径 パラメーターは、真のファン デル ワールス曲面が生成されるかどうかを制御します。
　 ドット 指図。 の値の場合 半径 はゼロ以外で、その値は
真の vdW 値の代わりに各原子の半径として使用されます。 の値が
is 本当、 このパラメーターは、「プローブ球」(溶媒) の半径を決定します。
パラメータは、rasmol 単位の整数または小数を含む整数として指定できます。
オングストロームのポイント。 このパラメータのデフォルト値は、値によって決定されます
of そして変化する リセット 半径 新しいデフォルト値に。

作成セッションプロセスで USBレコーディング
ラスモール セッションに 記録.aps 画面上の最大速度をオングストローム/
移動、回転、およびズームのアニメーションの秒 (デフォルトは 10 A/秒)。

ラスモール セッションに 記録.aps コマンドは、記録の XNUMX 秒あたりのフレーム数を指定します
を通じて、タンピングされたコーヒーベッドの上から均一にフィルターバスケットの内の粉に浸透していきます。 記録 コマンド (デフォルトは毎秒 24 フレーム)。

ラスモール セッションに 記録する コマンドは、変更に留まる時間を秒単位で設定します
外観 (デフォルト 5 秒)。

作成セッションプロセスで シェードパワー
この シェードパワー パラメータ (RasTop から採用) は、シェードの再分割を決定します
(コントラスト) ソリッド オブジェクトのレンダリングに使用されます。 この値は 0 ～ 100 です
光の方向に沿って配置されたオブジェクト サーフェスのシェーディングを調整します。
ソース。 shadepower パラメータを変更しても、最大値または
このシェーディングの最小値 アンビエント パラメータ。 の値
100 は球の上部に光を集中させ、非常に鏡面反射のガラスのような光を与えます。
レンダリング ( スペックパワー パラメータ)。 0 の値は、
オブジェクト全体。

この shadepower の実装は、選択のみが RasTop のものと異なります
範囲 (0 ～ 100 対 RasTop の -20 ～ 20)。

作成セッションプロセスで Shadow
ラスモール セッションに 影 コマンドは、現在のレイ トレーシングを有効または無効にします。
レンダリングされたイメージ。 現在、空間充填表現のみがシャドウ化されているか、またはできます
影を落とします。 シャドウイングを有効にすると、Z クリッピングが自動的に無効になります
コマンドを使用した (スラブ) 平面 スラブ オフ。 通常、レイトレーシングには約
適度なサイズのタンパク質の場合は数秒。 シャドーイングがおすすめ
分子が変換または操作されている間は、通常は無効になります。
適切なビューポイントが選択された場合にのみ有効になり、より優れたビューを提供します。
奥行きのある印象。

作成セッションプロセスで スラブモード
ラスモール スラブモード パラメータは、によってカットされたオブジェクトのレンダリング方法を制御します
スラブ (z クリッピング) 平面。 有効な slabmode パラメーターは、"reject"、"half"、
「中空」「立体」「断面」。

作成セッションプロセスで
ラスモール セッションに コマンドは、RasMol の動作を制御するために使用されます。 ドット
指図。 の値に応じて、 パラメータ、 ドット どちらかを命令する
現在の周囲にファンデルワールスまたは溶媒にアクセス可能な表面を生成します
選択された原子のセット。 このパラメータを変更すると、値が自動的にリセットされます
ラスモル 半径 パラメータ。 コマンド セッションに 偽 デフォルト値、
ファン デル ワールス曲面を生成し、値をリセットする必要があることを示します。
半径 ゼロに。 コマンド セッションに true 「コノリー」または
'Richards' 溶剤アクセス可能サーフェスを描画し、 半径
パラメータ、溶媒半径を 1.2 オングストローム (または 300 RasMol 単位) に変更します。

作成セッションプロセスで 鏡面反射
ラスモール セッションに スペキュラ コマンドは鏡面反射光の表示を有効または無効にします
RasMol で描画されたソリッド オブジェクトのハイライト。 鏡面ハイライトが白く表示される
オブジェクトの表面での光源の反射。 現在のラスモール
実装では、近似関数を使用してこのハイライトを生成します。

ソリッド オブジェクトの表面のスペキュラ ハイライトは、
RasMol を使用して変更される鏡面反射係数 セッションに
スペックパワー

作成セッションプロセスで スペックパワー
この スペックパワー パラメータは、レンダリングされるソリッド オブジェクトの光沢を決定します。
RasMol。 この値は 0 から 100 の間で使用される反射係数を調整します。
スペキュラ ハイライトの計算。 スペキュラ ハイライトの有効化と無効化
RasMolによる セッションに スペキュラ 指図。 値が 20 または 30 前後の場合、プラスチックのように見えます
表面。 高い値は金属などのより光沢のある表面を表し、低い値は
値を指定すると、より拡散した/鈍いサーフェスが生成されます。

作成セッションプロセスで SSボンズ
ラスモール ssbonds パラメーターは、ジスルフィド ブリッジが描画されるかどうかを決定します
側鎖の硫黄原子間 (デフォルト) またはアルファ間
システイン残基の主鎖の炭素原子。 実際の表示は
二硫化物橋はによって制御されます ssbonds 指図。 二硫化物架橋の描画
アルファ炭素の間は、タンパク質の残りの部分が
などの模式図 背骨、 リボン or ストランド。 このパラメータは
RasMolに似ている 債券 パラメータに一致する最初のデバイスのリモートコントロール URL を返します。

作成セッションプロセスで ステレオ
ラスモール セッションに ステレオ パラメータは左右の間隔を制御します
画像。 ステレオのオンとオフを切り替えても、分子の中心は再配置されません。

分子の立体視は、 ステレオ
オプション メニュー、またはコマンドを入力して ステレオ on or ステレオ オフ。

XNUMX つのビューの間の分離角度は、 セッションに ステレオ [ - ]
コマンドで、正の値は斜視になり、負の値になります
リラックスした (壁のような) ビューでの値。 現在、ステレオ表示はサポートされていません
in ベクトル PostScriptの 出力ファイル。

作成セッションプロセスで ストランド
ラスモール ストランド パラメータは、平行ストランドの数を制御します。
タンパク質のリボン表現に表示されます。 の許容値
このパラメーターは、1、2、3、4、5、および 9 です。デフォルト値は 5 です。
ストランドは、表示されているすべてのリボンで一定です。 ただし、リボン幅は
（ストランド間の分離）は、残基ごとに制御できます
RasMol を使用して リボン

作成セッションプロセスで トランスペアレント
ラスモール トランスペアレント パラメータは、透過 GIF の書き込みを制御します。
書きます GIF 指図。 これは、 セッションに トランスペアレント on と
セッションに トランスペアレント OFF コマンド。

作成セッションプロセスで 単位格子
ラスモール 単位格子 パラメータは結晶単位の表示を制御します
現在のディスプレイ上のセル。 水晶セルは、適切な場合にのみ有効になります。
結晶対称情報は、PDB、CIF、または mmCIF データ ファイルに含まれています。 の
RasMol コマンド 表示する 対称 水晶の空間群と単位の詳細を表示する
セル軸。 の セッションに 単位格子 コマンドはコマンドに似ています セッションに 軸 と セッションに
バウンドボックス 直交座標軸と境界ボックスを表示する
。

作成セッションプロセスで VectPS
ラスモール ベクトプス パラメーターは、R​​asMol の方法を制御するために使用されます。 書きます
コマンドは、ベクトル PostScript 出力ファイルを生成します。 コマンド セッションに ベクトプス on 可能
球体と円柱結合の周りに黒い輪郭を使用すると、「カートゥーン」が生成されます。
のような」高解像度出力。ただし、RasMol の現在の実装
は、複数の他の球と交差する球を誤って漫画化します。
したがって、「ボールとスティック」モデルは正しくレンダリングされますが、大きなスペースフィリングではありません
球体モデル。 漫画のアウトラインは、コマンドによってデフォルトで無効にすることができます セッションに
ベクトプス オフ。

作成セッションプロセスで 書きます
ラスモール 書きます パラメータは、 保存 と 書きます 内のコマンド
スクリプトですが、コマンド ラインからのみ実行できます。 デフォルトでは、この値
is 偽 起動時に実行されるスクリプトでのファイルの生成を禁止する
(WWW ブラウザから起動したものなど)。 ただし、アニメーターは RasMol を起動する場合があります
対話的に: タイプ セッションに 書きます on 次に、スクリプトを実行して各フレームを生成します
source コマンドを使用します。

ATOM 表現

RasMol 原子式は、分子内の任意の原子グループを一意に識別します。
Atom 式は、プリミティブ式、定義済みセット、比較のいずれかで構成されます。
演算子、 以内 式、または上記の式の論理 (ブール) 組み合わせ
タイプ。

論理演算子を使用すると、単純なクエリから複雑なクエリを作成できます。
標準ブール結合子 そして、 or と ではありません。 これらは記号で省略される場合があります。
「&」、「|」 と「！」、それぞれ。 括弧 (ブラケット) を使用して優先順位を変更できます
オペレーターの。 便宜上、論理和にはコンマを使用することもできます。

アトム式はアトムごとに評価されるため、 タンパク質 と バックボーン タンパク質を選択します
タンパク質や[核酸]酸の骨格原子ではなく、骨格原子です！

プリミティブ 式
RasMol プリミティブ式は、atom の基本的なビルディング ブロックです。
式。 プリミティブ式には XNUMX 種類あります。 最初のタイプが使用されます
特定の残基番号または残基番号の範囲を特定します。 単一の残留物は
その番号 (シーケンス内の位置) によって識別され、範囲はによって指定されます。
ハイフン文字で区切られた下限と上限。 例えば select 5,6,7,8
も select 5-8。 これにより、指定された残基番号がすべて選択されることに注意してください
高分子鎖。

プリミティブ式の XNUMX 番目のタイプは、フィールドのシーケンスを指定します。
特定のアトムに一致します。 最初の部分は、残基 (または残基のグループ) を指定します。
オプションの XNUMX 番目の部分は、これらの残基内の原子を指定します。 最初
一部は残基名で構成され、オプションでその後に残基番号および/または
チェーン識別子。

XNUMX 番目の部分は、ピリオド文字とそれに続くアトム名で構成されます。 原子
name には、最大 XNUMX 文字の英字または数字を使用できます。 オプションのセミコロン
その後に別のコンフォメーション識別子を追加することができます。 オプション
スラッシュの後にモデル番号を追加することもできます。

アスタリスクはフィールド全体のワイルドカードとして使用でき、疑問符はワイルドカードとして使用できます。
XNUMX 文字のワイルドカード。

比較 オペレーター
分子の一部は、等号、不等号、等号を使用して区別することもできます。
プロパティの順序付け演算子。 このような比較式の形式は、
プロパティ名、その後に比較演算子、整数値が続きます。

RasMol で使用できる原子のプロパティは次のとおりです。 アトムノ アトムシリアルの場合
数、 要素 原子の原子番号 (要素) については、 レスノ 残留物のために
数、 半径 RasMol 単位のスペースフィル半径 (または、表示されない場合はゼロ)
球として）および 温度 PDB等方性温度値の場合。

等価演算子は、「=」または「==」のいずれかで示されます。 としての不等式演算子
「<>」、「!=」または「/=」のいずれか。 順序付け演算子は、「<」はより小さい、「<=」は「<」です。
以下、">" はより大きい、">" は以上を表します。

中で 式
ラスモール 以内 式を使用すると、原子に近接する原子を選択できます。
別の原子のセット。 あ 以内 式は、コンマで区切られた XNUMX つのパラメーターを取ります
と括弧で囲みます。 最初の引数は、
within 式と XNUMX 番目の引数の「カットオフ」距離は任意です
アトム式。 カットオフ距離は整数 RasMol 単位で表されます。
または小数点を含むオングストローム。 範囲内にある場合、原子が選択されます。
XNUMX 番目の引数で定義された任意の原子のカットオフ距離。 これにより、
ネストされた複雑な式 以内 式。

たとえば、コマンド select within(3.2,バックボーン) 3.2 内の任意のアトムを選択します
タンパク質または核酸の骨格内の任意の原子のオングストローム半径。 中で
式は、活性部位周辺の原子を選択するのに特に役立ちます。

事前定義済み セット
RasMol アトム式には、定義済みのセットが含まれる場合があります。 これらのセットは単一のキーワードです
対象の分子の一部を表します。 多くの場合、定義済みのセットは
プリミティブ アトム式の省略形。 場合によっては、定義済みの使用
セットは、他の方法では選択できなかった分子の領域の選択を可能にします
際立つ。 現在定義済みのセットのリストを以下に示します。 の
ここにリストされているセットに加えて、RasMol は要素名 (およびその要素名) も扱います。
その要素タイプのすべてのアトムを含む事前定義されたセットとして、つまり
command select 酸素 コマンドと同等です select 要素数=8。

事前定義済み セット

AT 作成セッションプロセスで このセットには、相補的なヌクレオチドであるアデノシンとアデノシンの原子が含まれています。
チミジン (それぞれ A と T)。 すべてのヌクレオチドは、セットのいずれかに分類されます
at またはセット cg このセットは RasMol アトム式と同等です で、 と
核酸 と cg。

酸性 作成セッションプロセスで
酸性アミノ酸のセット。 これらは、Asp と Glu の残基タイプです。 オールアミノ
酸は次のいずれかに分類されます。 酸性、 基本 or 中性。 このセットは
RasMol アトム式 asp、 グル と アミノ と (基本的な or 中性）。

非環式 作成セッションプロセスで
環または環を含まないアミノ酸の原子のセット。 すべてのアミノ酸は、
どちらかに分類される 周期的 or 非周期的。 このセットは RasMol アトムに相当します
表現 アミノ と 周期的。

脂肪族 作成セッションプロセスで
このセットには、脂肪族アミノ酸が含まれています。 これらは、アミノ酸Ala、Gly、
イル、レウ、ヴァル。 このセットは、RasMol 原子式と同等です あら、 グリ、
イル、 レイ、 val。

アルファ 作成セッションプロセスで
タンパク質分子のアルファ炭素のセット。 このセットはおおよそ
RasMol 原子式と同等 *.CA. このコマンドを混同しないでください
事前定義されたセットで ヘリックス のアミノ酸の原子を含む
タンパク質のアルファヘリックス。

アミノ 作成セッションプロセスで
このセットには、アミノ酸残基に含まれるすべての原子が含まれています。 これは便利です
タンパク質を核酸および異種原子から区別するため
現在の分子データベース。

芳香族 作成セッションプロセスで
芳香環を含むアミノ酸の原子のセット。 これらはアミノ
His、Phe、Trp、Tyrの酸。 それらはすべてのメンバーに芳香環を含むため、
このセットは定義済みセットのメンバーです 周期的。 このセットは、
RasMol アトム式 彼の、 フェ、 trp、 タイ と 周期的 と プロ。

バックボーン 作成セッションプロセスで
このセットには、ポリペプチド NC-を形成する各アミノ酸の XNUMX つの原子が含まれています。
タンパク質のCO骨格、および核酸の糖リン酸骨格の原子
酸。 RasMol の定義済みセットを使用する タンパク質 と 核酸 を区別するために
バックボーンの XNUMX つの形式。 核酸とタンパク質の原子は、 バックボーン
or サイドチェーン。 このセットは RasMol 式と同等です （タンパク質 or 核）
と サイドチェーン。

事前定義されたセット メインチェーン セットと同義です 背骨。

Basic 作成セッションプロセスで
塩基性アミノ酸のセット。 これらは、Arg、His、Lys の残基タイプです。 全て
アミノ酸はどちらかに分類されます。 酸性、 基本 or 中性。 このセットは
RasMol アトム式と同等 arg、 彼の、 ユリ と アミノ と (酸性
or 中性）。

保税 作成セッションプロセスで
このセットには、結合されている現在の分子データベース内のすべての原子が含まれています
少なくとも XNUMX つの他の原子。

埋もれた 作成セッションプロセスで
このセットには、埋められる傾向がある (好む) アミノ酸の原子が含まれています。
溶媒分子との接触から離れたタンパク質の内部。 このセットは、
現在の実際の溶媒アクセシビリティではなく、アミノ酸の優先度
タンパク質。 すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 表面 or 埋葬。 このセットは
RasMol 原子式と同等 アミノ と 表面。

CG 作成セッションプロセスで このセットには、相補的なヌクレオチドであるシチジンとグアノシンの原子が含まれています
(それぞれ C と G)。 すべてのヌクレオチドは、セットのいずれかに分類されます at または
セッションに cg このセットは RasMol アトム式と同等です c、g と 核酸 と
AT。

荷電 作成セッションプロセスで
このセットには荷電アミノ酸が含まれています。 これらはアミノ酸です
どちら 酸性 or 基本的。 アミノ酸は次のいずれかに分類されます。 荷担した or
中性。 このセットは RasMol アトム式と同等です 酸性 or 基本 と
アミノ と 中性。

サイクリック 作成セッションプロセスで
環または環を含むアミノ酸の原子のセット。 すべてのアミノ酸は、
どちらかに分類される 周期的 or 非周期的。 このセットは、アミノ酸His、
Phe、Pro、Trp、Tyr。 定義済みセットのメンバー 芳香族の のメンバーです
このセット。 環状で非芳香族のアミノ酸はプロリンだけです。 このセットは
RasMol アトム式と同等 彼の、 フェ、 プロ、 trp、 タイ と 芳香族の or
以下のために と アミノ と 非周期的。

シスチン 作成セッションプロセスで
このセットには、ジスルフィドの一部を形成するシステイン残基の原子が含まれています
橋、すなわち半分のシスチン。 RasMol は、ジスルフィド ブリッジを自動的に決定します。
どちらも定義済みのセット シスチン RasMolでもない ssbonds コマンドが使用されました
分子がロードされたので。 遊離システインのセットは、以下を使用して決定できます。
RasMol アトム式 cys と シスチン。

ヘリックス 作成セッションプロセスで
このセットには、決定されたタンパク質のアルファヘリックスの一部を形成するすべての原子が含まれています
PDB ファイルの作成者または Kabsch と Sander の DSSP アルゴリズムのいずれかによって。 デフォルトでは、
RasMol は、PDB ファイルで指定された二次構造決定を使用します。
存在します。 それ以外の場合は、RasMol で使用される DSSP アルゴリズムを使用します。 構造


この定義済みセットを定義済みセットと混同しないでください アルファ which
タンパク質のアルファ炭素原子が含まれています。

ヘテロ 作成セッションプロセスで
このセットには、分子内のすべての異種原子が含まれています。 これらは原子です
PDB ファイルの HETATM エントリによって記述されます。 これらには通常、水が含まれています。
補因子および他の溶媒および配位子。 全て ヘテロ 原子は次のいずれかに分類されます。
配位子 or 原子。 これらの異種 原子はさらに分類されます
どちらかとして 水 or イオン。

水素 作成セッションプロセスで
この事前定義されたセットには、水素、重水素、および三重水素原子がすべて含まれています。
現在の分子。 この事前定義されたセットは、RasMol アトム式と同等です
要素数=1。

疎水性 作成セッションプロセスで
このセットには、すべての疎水性アミノ酸が含まれています。 これらはアミノ酸Ala、
Leu、Val、Ile、Pro、Phe、Met、Trp。 すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。
水に溶けにくい or 極地。 このセットは RasMol アトム式と同等です あら、
レイ、 ヴァル、 イル、 プロ、 フェ、 会った、 トリプ と アミノ と 極地。

イオン 作成セッションプロセスで
このセットには、現在の不均一なリン酸イオンと硫酸イオンがすべて含まれています。
分子データファイル。 多数のこれらのイオンが関連している場合があります。
X線結晶構造解析によって決定されたタンパク質と核酸の構造。 これらは
原子は画像を乱雑にする傾向があります。 全て ヘテロ 原子は次のいずれかに分類されます。 配位子 or
原子。 全て 原子は次のいずれかに分類されます。 水 or イオン。

L 作成セッションプロセスで
すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 小さい、 ミディアム or 大。 このセットは
RasMol 原子式と同等 アミノ と （小さい or 中くらい）。

リガンド 作成セッションプロセスで
このセットには、不均一な補因子とリガンド部分がすべて含まれています。
現在の分子データ ファイルに含まれています。 このセットはすべてであると定義されています ヘテロ
そうでない原子 原子。 したがって、このセットは RasMol 原子に相当します。
表現 ヘテロ と 溶媒。

M 作成セッションプロセスで
すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 小さい、 ミディアム or 大。 このセットは
RasMol 原子式と同等 アミノ と （大 or 小さな）。

普通 作成セッションプロセスで
中性アミノ酸のセット。 すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 酸性、
基本 or 中性。 このセットは、RasMol 原子式と同等です アミノ と
(酸性 or 基本）。

核 作成セッションプロセスで
XNUMX つのヌクレオチド塩基からなる、核酸中のすべての原子のセット
アデノシン、シチジン、グアノシン、チミジン (それぞれ A、C、G、T)。 全て
ヌクレオチドは次のいずれかに分類されます プリン or ピリミジン。 このセットは同等です
RasMol アトム式へ a、c、g、t と プリン or ピリミジン。 の記号
RNA ヌクレオチド (U、+U、I、1MA、5MC、OMC、1MG、2MG、M2G、7MG、OMG、YG、H2U、5MU、
および PSU) もこのセットのメンバーとして認識されます。

極性の 作成セッションプロセスで
このセットには、極性アミノ酸が含まれています。 すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。
水に溶けにくい or 極地。 このセットは、RasMol 原子式と同等です アミノ
と 疎水性。

タンパク質 作成セッションプロセスで
タンパク質のすべての原子のセット。 これは、RasMol の定義済みセットで構成されています アミノ
一般的な翻訳後の修正。

プリン 作成セッションプロセスで
プリンヌクレオチドのセット。 これらはアデノシンとグアノシンの塩基です（Aと
G、それぞれ）。 すべてのヌクレオチドは プリン or ピリミジン。 このセットは
RasMol アトム式と同等 あ、ぐ と 核酸 と ピリミジン。

ピリミジン 作成セッションプロセスで
ピリミジンヌクレオチドのセット。 これらは塩基シチジンとチミジンです (C
および T、それぞれ）。 すべてのヌクレオチドは プリン or ピリミジン。 このセット
RasMol アトム式と同等 c、t と 核酸 と プリン。

選択した 作成セッションプロセスで
このセットには、現在選択されている領域の原子のセットが含まれています。 現在の
選択されたリージョンは、前述の select or 制限する コマンドではなく
を含むアトム式 選択 キーワード。

シート 作成セッションプロセスで
このセットには、によって決定されるタンパク質ベータシートの一部を形成するすべての原子が含まれています。
PDB ファイルの作成者、または Kabsch と Sander の DSSP アルゴリズムのいずれかです。 デフォルトでは、
RasMol は、PDB ファイルで指定された二次構造決定を使用します。
存在します。 それ以外の場合は、RasMol で使用される DSSP アルゴリズムを使用します。 構造


サイドチェーン 作成セッションプロセスで
このセットには、任意のアミノ酸の機能的側鎖とそれぞれの塩基が含まれています
ヌクレオチド。 これらは、ポリペプチド NCCO バックボーンの一部ではない原子です。
タンパク質または核酸の糖リン酸骨格。 RasMol を使用する
定義済みセット タンパク質 と 核酸 の XNUMX つの形式を区別する
サイドチェーン。 核酸とタンパク質の原子は、 バックボーン or サイドチェーン。
このセットは RasMol 式と同等です （タンパク質 or 核） と
背骨。

S 作成セッションプロセスで
すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 小さい、 ミディアム or 大。 このセットは
RasMol 原子式と同等 アミノ と （中 or 大きい）。

作成セッションプロセスで
このセットには、分子座標ファイル内の溶媒原子が含まれています。 これらは、
不均一な水分子、リン酸イオンと硫酸イオン。 全て ヘテロ 原子は
どちらかに分類される 配位子 or 原子。 全て 原子は次のように分類されます。
どちら 水 or イオン。 このセットは RasMol アトム式と同等です ヘテロ
と 配位子 と 水 or イオン。

表面 作成セッションプロセスで
このセットには、上にある傾向がある (好む) アミノ酸の原子が含まれています。
溶媒分子と接触するタンパク質の表面。 このセットは、
現在の実際の溶媒アクセシビリティではなく、アミノ酸の優先度
タンパク質。 すべてのアミノ酸は次のいずれかに分類されます。 表面 or 埋葬。 このセットは
RasMol 原子式と同等 アミノ と 埋葬。

ターン 作成セッションプロセスで
このセットには、によって決定されるタンパク質ターンの一部を形成するすべての原子が含まれます。
PDB ファイルの作成者、または Kabsch と Sander の DSSP アルゴリズムのいずれかです。 デフォルトでは、
RasMol は、PDB ファイルで指定された二次構造決定を使用します。
存在します。 それ以外の場合は、RasMol で使用される DSSP アルゴリズムを使用します。 構造


水 作成セッションプロセスで
このセットには、現在のデータベース内のすべての不均一な水分子が含まれています。 あ
多数の水分子は、タンパク質や核と関連している場合があります
X線結晶構造解析により決定された酸構造。 これらの原子は、
画像。 全て ヘテロ 原子は次のいずれかに分類されます。 配位子 or 原子。 の
原子はさらに次のいずれかに分類されます。 水 or イオン。

作成セッションプロセスで まとめ
以下の表は、一般的なアミノ酸の RasMol の分類をまとめたものです。

色 スキーム

ラスモール カラー コマンドでは、さまざまなオブジェクト (原子、結合、リボンなど) を使用できます
セグメント) に指定された色が付けられます。 通常、この色は RasMol または
定義済みの色名または RGB トリプル。 さらに、RasMol もサポートしています alt、 アミノ、
鎖、 漫画、 cpk、 グループ、 モデル、 格好良く、 構造、 温度 or user 配色
原子の場合、および ボンド type 水素結合の配色と 静電気 潜在的な
ドット面の配色。 現在定義済みの 24 色の名前は、黒、青、
BlueTint、Brown、Cyan、Gold、Grey、Green、GreenBlue、GreenTint、HotPink、Magenta、Orange、
ピンク、ピンクティント、パープル、レッド、レッドオレンジ、シーグリーン、スカイブルー、バイオレット、ホワイト、イエロー、
イエローティント

事前定義されていない色を頻繁に使用したい場合は、XNUMX 行のスクリプトを記述できます。
たとえば、ファイルを作成する場合 gray.col 行を含む、 カラー 【180,180,180]
＃グレー、 次にコマンド スクリプト gray.col 現在選択されている原子セットを灰色にします。

他の 色
ラスモール ALT (代替配座異性体) 配色は、基本構造を次のようにコード化します。
各代替配座異性体に限られた数の色を適用します。 の
8 ビット カラー システム用に構築された RasMol。代替として 4 色が許可されます。
配座異性体。 それ以外の場合は、8 色をご利用いただけます。

アミノ 色
ラスモール アミノ 配色は、伝統的なアミノに従ってアミノ酸を色付けします
酸特性。 着色の目的は、異常なアミノ酸を識別することです。
または驚くべき環境。 極性のあるタンパク質の外側の部分が見える
(明るい) 色と非極性残基は暗い。 ほとんどの色は
伝統。 この配色は、 格好良い スキーム。

鎖 色
ラスモール チェーン 配色は、各高分子鎖に固有の色を割り当てます。
この配色は、パーツを区別するのに特に役立ちます。
多量体構造または DNA 鎖の個々の「ストランド」。 鎖 することができます
RasMol から選択 色 メニュー。

料金 色
ラスモール チャージ 配色 電荷に応じて各原子を色分けする
入力ファイル (または PDB ファイルのベータ係数フィールド) に格納されている値。 高い値は
青 (正) で色付けされ、赤 (負) で色付けされた低い値。 それよりも
固定スケールを使用するよりも、このスキームは最大値と最小値を決定します
電荷/温度フィールドを調整し、赤から青に適切に補間します。 したがって、
緑色は「正味料金なし」の料金であると想定することはできません。

間の差 チャージ と 温度 カラースキームは増加しています
温度値は青から赤に進みますが、充電値は増加します。
赤から青へ。

電荷/温度フィールドに適切な値が格納されている場合は、
ラスモール カラー ドット 潜在的な ドット サーフェスを色分けするコマンド (
ドット コマンド) 静電ポテンシャルによる。

KPC 色
ラスモール CPK カラースキームは、人気のプラスチックの色に基づいています
Corey、Pauling によって開発され、後にによって改良された空間充填モデル
クルトゥン。 この配色は、アトム (要素) の種類によって「アトム」オブジェクトを色分けします。 この
は、化学者が従来から使用しているスキームです。 最も一般的な割り当て
色に使用される要素タイプを以下に示します。

グループ 色
ラスモール グループヘッド 配色は、残基の位置によって残基を色分けします。
高分子鎖。 各チェーンは、青から
緑、黄、オレンジから赤。 したがって、タンパク質のN末端と5'末端
核酸の色は赤色で、タンパク質の C 末端と 3' 末端は
核酸は青色で描かれています。 チェーンに多数の異種
それに関連する分子、高分子が完全に描画されない場合があります
スペクトルの「範囲」。 グループ RasMolから選択可能 色 メニュー。

チェーンに多数の異種分子が関連付けられている場合、
高分子は、スペクトルの全範囲で描画されない場合があります。 RasMolの場合
グループカラーリングを実行し、剰余から使用する色の範囲を決定します
PDB ファイルで指定された番号付け。 したがって、最小の残基番号が表示されます
青で、最大の残基番号は赤で表示されます。 残念ながら、PDB の場合
ファイルには、水分子など、多数のヘテロ原子が含まれています。
高い残基番号、タンパク質は青緑色の端に表示されます
スペクトルと、スペクトルの黄赤色の端にある水。 これは悪化している
通常、アミノ酸残基よりも多くの水分子が存在します。 の
この問題の解決策は、コマンドを使用することです セッションに ヘテロ OFF を適用する前に、
グループの配色。 これは、トグルによっても達成できます ヘテロ 原子
オプション 選ぶ前のメニュー グループ 色 メニュー。 このコマンドは、
RasMol を使用して、グループ カラー スケーリングで非ヘテロ残基のみを使用します。

NMR モデル 色
ラスモール 配色は、各 NMR モデルを異なる色でコード化します。 の
NMR型番は数値とします。 高い値は青色で表示され、
低い値は赤で表示されます。 固定スケールを使用するのではなく、このスキームが決定します
NMRモデル番号の最大値と赤から青への補間
適切に。

見栄えのする 色
ラスモール 格好良い 配色は、アミノ酸の性質によって残基を色分けします。 この
スキームは、Bob Fletterick の「Shapely Models」に基づいています。 各アミノ酸と核酸
酸の残留物は独特の色をしています。 の 格好良い 配色はデビッドが使用
Bacon の Raster3D プログラム。 この配色は、 アミノ カラースキーム。

Structure 色
ラスモール 構造 配色は、タンパク質の二次によって分子を色付けします
構造。 アルファヘリックスはマゼンタ色、[240,0,128]、ベータシートは
黄色、[255,255,0]、ターンは薄い青色、[96,128,255]、およびすべて
他の残留物は白く着色されています。 二次構造は、
PDB ファイル (HELIX、SHEET、および TURN レコード) (利用可能な場合、または Kabsch を使用して決定された場合)
Sander の DSSP アルゴリズム。 ラスモール 構造 コマンドを使用して強制することができます
使用する DSSP の構造割り当て。

温度 色
ラスモール 温度 配色 に従って各原子を色分けします。
PDB ファイルに格納されている異方性温度 (ベータ) 値。 通常、これは
与えられた原子の位置の移動度/不確実性の尺度。 高い値は
暖色 (赤) の色で色付けされ、寒色 (青) の色で値が低くなります。 この
機能は、「スケール」値を関連付けるためによく使用されます [アミノ酸の変動性など
ウイルス変異体では] PDBファイルの各原子を使用し、分子に色を付けます
適切に。

間の差 温度 と チャージ カラースキームは増加しています
温度値は青から赤に進みますが、充電値は増加します。
赤から青へ。

ユーザー 色
ラスモール user color scheme により、RasMol は
PDB ファイル。 各原子の色は、PDB に配置された COLO レコードに保存されます
データファイル。 この規則は、David Bacon の Raster3D プログラムによって導入されました。

Hボンド 種類 色
ラスモール type 配色は水素結合にのみ適用されるため、
command カラー 債券 タイプ。 このスキームは、各水素結合を次のように色分けします。
水素結合ドナーとアクセプター間のタンパク質鎖に沿った距離に。
この図式表現は、Belhadj-Mostefa と Milner-White によって導入されました。
この表現は、タンパク質の二次構造 (hbonds
アルファヘリックスを形成するものは赤で表示され、シートを形成するものは黄色で表示され、それらは黄色で表示されます
成形ターンはマゼンタで表示されます)。

潜在的な 色
ラスモール 潜在的な 配色はドット サーフェスにのみ適用されるため、
コマンド カラー ドット 電位。 このスキームは、現在表示されているそれぞれに色を付けます
空間のその点での静電ポテンシャルによるドット。 このポテンシャルは
入力の温度/電荷場を取るクーロンの法則を使用して計算されます
ファイルは、その原子に関連付けられた電荷になります。 これも同じ解釈
によって使用される カラー チャージ 指図。 以下のような チャージ 配色の低い値は
青/白で、高い値は赤です。

アミノ 酸 コード
次の表に、それぞれの名前、XNUMX 文字および XNUMX 文字のコードを示します。
アミノ酸の。

ブール
ブール パラメーターは真の値です。 有効なブール値は「true」と「false」です。
そしてそれらの同義語「オン」と「オフ」。 Boolean パラメーターは RasMol で一般的に使用されます
表現またはオプションを有効または無効にします。

FILE 書式

タンパク質 Rescale データ 銀行

PDB ドキュメントをお持ちでない場合は、次の PDB の概要をご覧ください。
便利なファイル形式。 Protein Data Bank は、コンピュータベースのアーカイブ データベースです。
高分子構造。 このデータベースは、1971 年にブルックヘブン ナショナルによって設立されました。
ラボラトリー、アップトン、ニューヨーク、解決された結晶学のパブリック ドメイン リポジトリとして
構造。 銀行は、原子座標と部分結合を格納するために統一された形式を使用します
結晶学的研究から得られた結合性。 1999年、プロテインデータバンク
構造生物学共同研究棟に異動。

PDB ファイルのエントリは、それぞれ 80 文字のレコードで構成されます。 パンチカードのアナロジーを使用すると、
列 1 から 6 にはレコード タイプ識別子が含まれ、列 7 から 70 にはデータが含まれます。 の
古いエントリ、列 71 から 80 は通常空白ですが、シーケンス情報が含まれる場合があります
ライブラリ管理プログラムによって追加されました。 1996 PDB フォーマットに準拠した新しいエントリでは、
それらの列には他の情報があります。 レコードの最初の XNUMX 文字
識別子は、レコードのタイプを一意に識別するのに十分であり、それぞれの構文
レコードは、特定のエントリ内のレコードの順序とは無関係です。
高分子。

RasMol プログラムにとって重要な唯一のレコード タイプは、ATOM と
各原子の位置を記述する HETATM レコード。 ATOM/HETATM レコードには以下が含まれます
標準的な原子名と残基の略語、配列識別子、
オングストローム単位の座標、占有率、および熱運動係数。 正確な詳細
FORTRAN 形式のステートメントとして以下に示します。 「fmt」列は、
すべての PDB 形式、1992 年以前の形式、または 1996 年以降の形式のフィールド
フォーマット。

残基は、タンパク質の N 末端残基と 5' 末端残基から順に発生します。
核酸用。 残基配列がわかっている場合、特定の原子のシリアル番号は
欠落しているアトムを後で挿入できるようにするために省略されています。 各残基内で、原子は
バックボーン (タンパク質の場合は NCCO) から始めて、標準的な方法で並べ替えます。
側鎖に沿って、アルファ炭素からの距離が増加します。

HETATM レコードは、翻訳後修飾および補因子の定義に使用されます
主な分子に関連付けられています。 TER レコードは、メインのブレークとして解釈されます。
分子の骨格。

存在する場合、RasMol は HEADER、COMPND、HELIX、SHEET、TURN、CONECT、CRYST1、
SCALE、MODEL、ENDMDL、EXPDTA、および END レコード。 名前、データベースコード、
HEADERとCOMPNDから分子の改訂日と分類を抽出
レコード、最初の二次構造の割り当ては、HELIX、SHEET、および TURN から取得されます
ファイルの終わりは、END レコードによって示される場合があります。

ラスモール 解釈 of PDB フィールド
9999.000、9999.000、9999.000 にある原子は Insight pseudo と見なされます
原子であり、RasMol によって無視されます。 'Q' で始まるアトム名も
疑似原子または位置マーカー。

データ ファイルに NMR 構造が含まれている場合、複数のコンフォメーションが配置されている可能性があります。
MODEL レコードと ENDMDL レコードのペアで区切られた単一の PDB ファイル。 RasMol ディスプレイ
ファイルに含まれるすべての NMR モデル。

残基名「CSH」、「CYH」、および「CSM」は、システイン「CYS」の仮名と見なされます。
残基名「WAT」、「H20」、「SOL」、および「TIP」は、水の仮名と見なされます
「ホ」。 残基名「D20」は重水「DOD」と考えられます。 残基名「SUL」
硫酸イオン「SO4」とみなされます。 残基名「CPR」はシス-
プロリンで、「PRO」と訳されています。 残基名「TRY」は、
トリプトファン「TRP」の仮名。

RasMol は HETATM フィールドを使用して、ヘテロ、水、溶媒、リガンドのセットを定義します。
「HOH」、「DOD」、「SO4」、または「PO4」という名前のグループ (またはこれらのいずれかにエイリアスされている)
前述の規則による名前) は溶媒と見なされ、溶媒と見なされます。
HETATM フィールドによって定義されます。

RasMol は、PDB ファイル内の CONECT 接続レコードのみを尊重します。
256個の原子。 これについては、分子の決定に関するセクションで詳しく説明します。
接続性。 結合を複数回定義する CONECT レコードは、次のように解釈されます。
その結合の結合次数を指定します。つまり、XNUMX 回指定された結合は double です。
結合であり、XNUMX 回 (またはそれ以上) 指定された結合は三重結合です。 これは
標準の PDB 機能。

PDB 色 スキーム 製品仕様
RasMol は、PDB ファイルで追加の COLO レコード タイプも受け入れます。 この
レコード形式は、David Bacon の Raster3D プログラムによって導入され、
分子をレンダリングするときに使用する配色。 この拡張子は
現在 PDB でサポートされています。 COLO レコードには、COLO レコードと同じ基本レコード タイプがあります。
上記の ATOM および HETATM レコード。

色は、マッチング プロセスを使用して原子に割り当てられます。 Mask フィールドは
マッチングの流れは以下の通り。 最初に RasMol がすべての ATOM を読み込んで記憶し、
入力順の HETATM および COLO レコード。 ユーザー定義 ('User') カラーの場合
スキームが選択されると、RasMol は記憶された各 ATOM/HETATM レコードを順番に調べ、
列 7 から 30 のすべてに一致する COLO レコードを検索します。
最初に見つかった COLO レコードによって、原子の色と半径が決まります。

赤、緑、青のコンポーネントは、X、Y、
および ATOM または HETA レコードの Z コンポーネント、およびファン デル ワールス半径が入ります
占有の場所。 赤、緑、青のコンポーネントはすべて
0 から 1 の範囲。

XNUMX つの COLO レコードで、より多くの色と半径の仕様を提供できるようにするため
XNUMX つの原子よりも (たとえば、残基、原子の種類、またはその他の基準に基づいて、
ラベルは、列 7 から 30 のどこかに指定できます)、「ドントケア」文字、
ハッシュ記号 "#" (数字またはシャープ記号) が使用されます。 この文字は、
COLO レコードは、ATOM/HETATM の対応する列の任意の文字に一致します
記録。 他のすべての文字は、一致としてカウントされるために完全に一致する必要があります。 として
仕様への拡張により、COLO レコードに一致しないアトムはすべて
白で表示されます。

複数 NMR Models
RasMol は、使用するコマンドに関係なく、PDB ファイルからすべての NMR モデルを読み込みます。
負荷 pdb or 負荷 nmrpdb

複数の NMR コンフォメーションが読み込まれると、
で説明されているアトム式の拡張 プリミティブ 式。 特に、
command 制限する * / 1 表示を最初のモデルのみに制限します。

CIF と mmCIF フォーマット
CIF は低分子のプレゼンテーションのための IUCr 標準であり、mmCIF は意図されています
表示用の固定フィールド PDB 形式の代替として
高分子構造。 RasMol は、どちらの形式のデータ セットも受け入れることができます。

World Wide Web には、情報ツールや
CIF、mmCIF、PDB に関連するソフトウェアを見つけることができます。 以下は良いです
探索の出発点:

国際結晶学連合 (IUCr) は、ソフトウェアへのアクセスを提供します。
CIF および mmCIF に関連する辞書、ポリシー ステートメント、ドキュメントは次の場所にあります。
IUCr、チェスター、イングランド (www.iucr.org/iucr-top/cif/) には多くのミラー サイトがあります。

核酸データベース プロジェクトは、そのエントリ、ソフトウェア、および
辞書と mmCIF へのアクセスを提供する mmCIF ページを含むドキュメント
米国ニュージャージー州ラトガース大学のソフトウェア ツール
(http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif) 多くのミラー サイトがあります。

このバージョンの RasMol は、CIF または mmCIF タグの値を本質的に同じに制限します。
固定フィールド PDB 形式に使用される規則。 したがって、チェーン識別子と
代替コンフォメーション識別子は、単一文字、原子名に制限されています
RasMol は次の CIF と mmCIF を解釈します。
tags: 複数のデータ ブロックから目的のタグを検索します。
単一のデータセットは複数のデータ ブロックから構成される場合がありますが、複数のデータ セット
同じファイルにスタックすることはできません。

マシン固有 サポート

以下のセクションでは、 モノクロ Xウィンドウ、 Tcl / Tk IPC、 UNIX ソケット
ベース IPC、 コンパイル ラズウィン 　 ボーランド と メトロワークス が説明されています。

モノクロ X ウィンドウ サポート
RasMol は、学界で一般的に見られる多くのモノクロ UNIX ワークステーションをサポートしています。
ローエンドの SUN ワークステーションや NCD X 端末など。 RasMol の X11 バージョン
(8 ビット モードでコンパイルした場合) 白黒の X-Windows ディスプレイを検出し、
自動的にディザリングを有効にします。 実行時誤差拡散ディザリングの使用
モノクロ モードの場合、RasMol のすべての表示モードが使用可能であることを意味します。 にとって
最良の結果が得られるようにするには、setambient コマンドを試して、
得られる画像の最大コントラスト。

Tcl / Tk IPC サポート
Tk グラフィックス ライブラリのバージョン 4 では、通信に使用されるプロトコルが変更されました。
Tk アプリケーション。 RasMol バージョン 2.6 は、通信できるように変更されました
この新しいプロトコルと RasMol でサポートされている以前のバージョン 3 プロトコルの両方
v2.5。 Tcl/Tk 3.x アプリケーションは他の 3.x とのみ通信できますが、
アプリケーションおよび Tcl/Tk 4.x アプリケーションと他の 4.x アプリケーションを組み合わせた場合、これらの変更
RasMol が両方のプロトコルを使用してプロセス間で通信できるようにします (潜在的に
同時に）。

UNIX ソケット ベース IPC
RasMol の UNIX 実装は、BSD スタイルのソケット通信をサポートしています。 アン
VMS、Apple Macintosh、および
Microsoft Windows システム。 これにより、RasMol がインタラクティブに表示できるようになります。
リモートホストでの計算結果。 現在のプロトコルは TCP/IP として機能します
コマンドが実行されるまでコマンドラインを実行するポート 21069 のサーバー 終了する or
コマンド やめます と入力されます。 コマンド RasMol サーバーからの終了、コマンド
やめます どちらも現在のセッションを切断し、RasMol を終了します。 この機能
UNIX コマンドを使用してテストすることができます telnet 21069.

コンパイル ラズウィン 　 ボーランド と メトロワークス
バージョン 2.5 からの移行で、ソース コードにいくつかの変更が加えられました。
RasMol の Microsoft Windows バージョンが、
ボーランド C/C++ コンパイラ。 これらの修正には、標準ライブラリの名前の変更が含まれます
_fmemset のバグを回避するための特別なコード。 追加の変更が行われました
2.6 から 2.7 に移行して、MetroWerks コンパイラでコンパイルできるようにします。

文献目録

分子の グラフィック

[1] ネルソン マックス、「分子表面のコンピューター表現」、IEEE コンピューター グラフィックス
およびアプリケーション、21 ～ 29 ページ、1983 年 XNUMX 月。

[2] Arthur M. Lesk、「タンパク質アーキテクチャ: 実践的アプローチ」、IRL Press Publishers、
1991.

分子の グラフィック プログラム

[3] J. Kraulis によると、「MOLSCRIPT: A Program to Produce both Detailed and Schematic Plots of
タンパク質構造」、Journal of Applied Crystallography、Vol.24、pp.946-950、1991。

[4] デビッド ベーコンとウェイン F. アンダーソン、「空間充填をレンダリングするための高速アルゴリズム
Molecule Pictures"、Journal of Molecular Graphics、Vol.6、No.4、pp.219-220、1988 年 XNUMX 月。

[5] David C. Richardson および Jane S. Richardson、「The Kinemage: A tool for Scientific
Communication」、Protein Science、Vol.1、No.1、pp.3-9、1992 年 XNUMX 月。

[6] マイク・カーソン、「RIBBONS 2.0」、Journal of Applied Crystallography、Vol.24、pp.958-961、
1991.

[7] コンラッド・C・ファン、エリック・F・ペッターセン、テリー・E・クライン、トーマス・E・フェリン、ロバート
Langridge、「Conic: A Fast Renderer for Space-Filling Molecules with Shadows」、Journal of
Molecular Graphics、Vol.9、No.4、pp.230-236、1991 年 XNUMX 月。

分子の 生物学 アルゴリズム

[8] Wolfgang Kabsch と Christian Sander、「タンパク質二次構造の辞書:
水素結合および幾何学的特徴のパターン認識"、バイオポリマー、Vol.22、
pp.2577-2637、1983。

[9] マイケル・L・コノリー、「タンパク質と核酸の溶媒アクセス可能な表面」、
サイエンス、Vol.221、No.4612、pp.709-713、1983 年 XNUMX 月。

[10] Khaled Belhadj-Mostefa、Ron Poet、E. James Milner-White、「Inter-Main の表示
Chain Hydrogen Bond Patterns in Proteins"、Journal of Molecular Graphics、Vol.9、No.3、
pp.194-197、1991 年 XNUMX 月。

[11] マイク・カーソン、「高分子のリボン モデル」、Journal of Molecular Graphics、Vol.5、
No.2、pp.103-106、1987 年 XNUMX 月。

[12] マイク カーソンとチャールズ E. バグ、「タンパク質のリボン モデルのアルゴリズム」、ジャーナル
of Molecular Graphics、Vol.4、No.2、pp.121-122、1986 年 XNUMX 月。

[13] H. Iijima、JB Dunbar Jr.、G. Marshall、「有効なファン デル ワールスのキャリブレーション
タンパク質とペプチドの原子接触半径」、タンパク質: 構造、機能、
Genetics、Vol.2、pp.330-339,1987、XNUMX。

グラフィック アルゴリズム

[14] J. フォーリー、A. ヴァン ダム、S. フェイナー、J. ヒューズ、「コンピューター グラフィックス: 原則と
Practice」、第 2 版、Addison Wesley Publishers、1990 年。

[15] J. Cleary および G. Wyvill、"Analysis of an Algorithm for Fast Ray Tracing using Uniform
Space Subdivision」、The Visual Computer、Vol.4、pp.65-83、1988。

[16] Thomas Porter,"Spherical Shading", Computer Graphics Vol.12, ACM SIGGRAPH,
pp.282-285、1978。

[17] Jean-Michel Cense、「空間充填分子モデルの正確な可視性計算」、
Journal of Molecular Graphics、Vol.9、No.3、pp.191-193、1991 年 XNUMX 月。

[18] クリス・シャフマイスター、「グラフィックス上で CPK 画像を生成するための高速アルゴリズム
Workstations」、Journal of Molecular Graphics、Vol.8、No.4、pp.201-206、1990 年 XNUMX 月。

[19] ブルース A. ジョンソン、「MSURF: 表現のための迅速かつ一般的なプログラム
Molecular Surfaces", Journal of Molecular Graphics, Vol.5, No.3, pp.167-169, XNUMX月
1987.

File フォーマット

[20] Frances C. Bernstein et al.、「The Protein Data Bank: A Computer-Based Archival File
分子構造の研究」、Journal of Molecular Biology、Vol.112、pp.535-542、1977。

[21] アーサー・ダルビー、ジェームズ・G・ヌース、W・ダグラス・ハウンシェル、アン・KI・ガスハースト、デビッド・L.
Grier、Burton A. Leland、および John Laufer による「複数の化学ファイル形式の説明」
Molecular Design Limited で開発されたコンピュータ プログラムで使用"、Journal of Chemical
情報とコンピュータ サイエンス、Vol.32、No.3、pp.244-255、1992 年。

[22] Adob​​e Systems Inc.、「PostScript 言語リファレンス マニュアル」、Addison-Wesley
パブリッシャーズ、マサチューセッツ州レディング、1985 年。

[23] Philip E. Bourne et al.、「高分子結晶学情報ファイル
(mmCIF)", Meth. Enzymol. (1997) 277, 571-590.

[24] シドニー R. ホール、「STAR ファイル: 電子データ転送の新しいフォーマットと
アーカイブ」、Journal of Chemical Information and Computer Sciences、Vol. 31、326-333、1991。

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