これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド run_gubbins です。
プログラム：
NAME
run_gubbins - ゲノム配列の系統解析
SYNOPSIS
ランガビンズ [-h] [--outgroup OUTGROUP] [--starting_tree STARTING_TREE] [--use_time_stamp]
[--verbose] [--no_cleanup] [--tree_builder TREE_BUILDER] [--iterations 反復]
[--min_snps MIN_SNPS] [--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE] [--prefix PREFIX] [--threads
スレッド] [--converge_method CONVERGE_METHOD] [--version] [--min_window_size
MIN_WINDOW_SIZE] [--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE] 配置ファイル名
DESCRIPTION
Gubbins は、組換え細菌の大規模サンプルの迅速な系統解析をサポートします
全ゲノム配列。
Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) はアルゴリズムです。
高い密度の塩基置換を含む遺伝子座を繰り返し同定します。
外部の推定点突然変異に基づいて系統発生を同時に構築する
これらの地域。 シミュレーションは、アルゴリズムが非常に正確な生成を行うことを示しています
短期間の細菌進化の現実的なモデルの下で再構成し、実行することができます
何百もの細菌ゲノム配列のアラインメントをわずか数時間で。
OPTIONS
ポジショナル 引数：
アライメントファイル名
Multifasta アライメント ファイル
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
--アウトグループ アウトグループ、 -o アウトグループ
再ルート化のためのアウトグループ名。 カンマ区切りの名前のリストは、次の場合に使用できます。
クレードを形成する
--starting_tree STARTING_TREE、 -s STARTING_TREE
開始ツリー
--use_time_stamp, -u
ファイル名にタイムスタンプを使用する
-詳細, -v
デバッグをオンにする
--no_cleanup, -n
中間ファイルをクリーンアップしない
--tree_builder TREE_BUILDER、 -t TREE_BUILDER
ツリー構築に使用するアプリケーション [raxml|fasttree|hybrid]、デフォルト RAxML
-反復 繰り返し、 -i 反復
反復の最大回数、デフォルトは 5 です
--min_snps MIN_SNPS、 -m MIN_SNPS
組換えブロックを識別するための最小 SNP、デフォルトは 3
--filter_percentage FILTER_PERCENTAGE、 -f FILTER_PERCENTAGE
このパーセンテージを超えるギャップを持つ分類群を除外します。デフォルトは 25 です
--prefix プレフィックス、 -p プレフィックス
最終的な出力ファイル名に接頭辞を追加します
-スレッド スレッド、 -c スレッド
RAXML で実行するスレッドの数 (PTHREADS バージョンが利用可能な場合のみ)
--converge_method CONVERGE_METHOD、 -z CONVERGE_METHOD
反復をいつ停止するかを知るために使用する基準 [重み付け
ted_robinson_foulds|robinson_foulds|組換え]
- バージョン
プログラムのバージョン番号を表示して終了します
--min_window_size MIN_WINDOW_SIZE、 -a MIN_WINDOW_SIZE
最小ウィンドウ サイズ、デフォルト 100
--max_window_size MAX_WINDOW_SIZE、 -b MAX_WINDOW_SIZE
最大ウィンドウ サイズ、デフォルト 10000
onworks.net サービスを使用してオンラインで run_gubbins を使用する
