これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドrunAdtです。
プログラム：
NAME
adt-AutoDockTools、AutoDockのグラフィカルフロントエンド
SYNOPSIS
ランアド [オプション]
DESCRIPTION
このマニュアルページは、によって提供される出力のほぼ直訳です。 ランアド -h
OPTIONS
オプションの概要は以下に含まれています。 完全な説明については、を参照してください。
オンラインで入手できるチュートリアルとドキュメント。
-NS、 - 助けて
オプションの概要を表示します。
-a or - また
lastlogファイルを再生する
--overwriteLog
ログファイルを上書きする
--uniqueLog
一意の名前でログファイルを作成する
--noLog
ロギングをオフにします
--noスプラッシュ
スプラッシュ画面をオフにする
-死ぬ GUIイベントループを開始しない
-カスタマイザー file
ユーザー指定のファイルを実行する
--lib パッケージ名
コマンドのライブラリを追加する
-v r, - ヴィジョン ラン
コマンドラインでビジョンネットワークを実行する
-v o, - ヴィジョン かつて
ビジョンネットワークを実行し、ADTを終了します
-d or --dmode モード
表示モードを指定します
モードは、表示モードの任意の組み合わせにすることができます
'cpk'：cpk
'行'：行
'ss'：二次構造リボン
'sb'：スティックとボール
'lic'：甘草
'ms'：分子表面
'ca'：C-アルファトレース
'bt'：バックボーントレース
'sp'：CA-スプライン
'sssb'：タンパク質、スティック、ボールの二次構造
結合のある他の残基結合のない他の残基の結合線
-c or --cmode モード
表示モードの配色を指定します。
'ca'：原子ごとの色
'cr'：残基による色（RASMOLスキーム）
'cc'：チェーンごとの色
'cm'：分子ごとの色
'cdg'：DavidGoodsellのスキームを使用した色
'cs'：Shapelyスキームを使用した色の残余
'css'：二次構造要素による色
例：
タンパク質をリボンとして表示し、非タンパク質をスティックとボールとして表示し、原子タイプごとに色を表示します
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
onworks.netサービスを使用してrunAdtをオンラインで使用する
