seqsearche - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

seqsearch - DAF ファイルから PSI-BLAST ヒット (DHF ファイル) を生成します.

SYNOPSIS

シーケンス検索 -モード リスト -inseqspath ディレクトリリスト -データベース 文字列 -ナイター 整数 -評価する フロート
-マックスヒッツ 整数 -dhfoutdir 外向き -ログファイル アウトファイル

シーケンス検索 -助けて

DESCRIPTION

シーケンス検索 EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Protein：3DStructure」コマンドグループの一部です。

OPTIONS

入力
-モード リスト
このオプションは、SEQSEARCH 操作のモードを指定します。 SEQSEARCH は入力として
いずれかのディレクトリにあります。 単一配列、ii． シーケンスのセット (アライメントされていない、またはアライメントされている、
ただし、通常はドメイン アライメント ファイル内でアライメントされた配列です))。 ユーザーは次のことを行う必要があります
どちらかを指定します。 デフォルト値: 1

-inseqspath ディレクトリリスト
このオプションは、DAF ファイル (ドメイン アライメント) などのシーケンスの場所を指定します。
ファイル) (入力). SEQSEARCH は、i のいずれかのデータベースを入力として受け取ります。 単一配列、ｉｉ．
アライメントされていない配列のセット、または iii． 整列された配列のセット、例: ドメイン整列
ファイル。 「ドメイン アライメント ファイル」には、以下に属するドメインの配列アライメントが含まれます。
同じ SCOP または CATH ファミリ。 ファイルはドメインの注釈が付けられた clustal 形式です
家族分類情報。 SCOPALIGN を使用して生成されたファイルには、次のものが含まれます。
構造が既知のドメインのみの構造ベースの配列アラインメント。 そのような
アラインメントは、次の方法を使用して (未知の構造の) 配列関連物を使用して拡張できます。
セクアライン。 デフォルト値: ./

-データベース 文字列
デフォルト値: スイスプロット

必須
-ナイター 整数
このオプションは、PSIBLAST の反復回数を指定します。 このオプションは、
検索で実行される PSIBLAST 反復の数。 デフォルト値: 1

-評価する フロート
このオプションは、ファミリーに含めるしきい値 E 値を指定します。 このオプション
保持する PSIBLAST ヒットの E 値のしきい値を指定します。 デフォルト値:
0.001

-マックスヒッツ 整数
このオプションは、ヒットの最大数を指定します。 このオプションは、最大
保持されている PSIBLAST ヒットの数。 通常は高く設定する必要があります。
何も捨てられません。 デフォルト値: 1000

出力
-dhfoutdir 外向き
このオプションは、DHF ファイル (ドメイン ヒット ファイル) (出力) の場所を指定します。 あ
「ドメイン ヒット ファイル」には、ドメイン分類を含むデータベース ヒット (シーケンス) が含まれます
FASTA形式の情報。 ヒットは、SCOP または CATH ファミリーに関連しており、
配列データベースの検索から見つけました。 によって取得されたヒットを含むファイル
PSIBLAST は、SEQSEARCH を使用して生成されます。 デフォルト値: ./

-ログファイル アウトファイル
このオプションでは、ビルドのログ ファイルの名前を指定します。 ログ ファイルには次の内容が含まれます
SEQSEARCH の実行中に発生したエラーに関するメッセージ。 デフォルト値: seqsearch.log

onworks.net サービスを使用してオンラインで seqsearche を使用する