これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド snp_store です。
プログラム：
NAME
snp_store - Snpストア
SYNOPSIS
snp_store [OPTIONS] "GENOME FILE" "MAPPED READ FILE(S)"
DESCRIPTION
マップされた読み取りデータでの SNP および Indel Calling。
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示します。
- バージョン
バージョン情報を表示
オプション: :
-o, - 出力 FILE
SNP の出力ファイル (設定する必要があります。デフォルトの構成はありません)。
-もしも, --入力フォーマット NUM
入力形式の設定: GFF 形式の場合は 0、SAM 形式の場合は 1 (両方ともソートする必要があります)
ゲノム位置による）。 デフォルト: 0。
-の, - 出力フォーマット NUM
出力形式を設定します: すべての候補 snp を出力するには 0 を、正常に出力するには 1 を指定します
候補スナップのみ。 デフォルト: 0。
-dc, -- クリップしない
gff のクリップ タグを無視します。 デフォルト: オフ。
-ムー, -マルチ
一意でない fragmentStore.alignedReadStore を保持します。 デフォルト: オフ。
-本社, --hide-品質
SNP 出力ファイルにカバレッジのみを表示します (品質なし)。 デフォルト: オフ。
-sqo, --solexa-qual-offset
基本品質は、Ascii 値 - 64 (Ascii - 33 ではなく) としてエンコードされます。
id, --indel ファイル FILE
呼び出されたインデルの出力ファイルを gff 形式で。 デフォルト: オフ。
-m, - 方法 NUM
SNP 呼び出しに使用されるメソッドを設定します。しきい値メソッドの場合は 0、maq メソッドの場合は 1 です。
デフォルト：1。
-mp, --マックスパイル NUM
同じゲノム位置に重ねることができる一致の最大数。
-mmp, --merged-max-pile
合流レーンでパイルアップ補正を行います。 デフォルト: オフ。
-mc, --min-カバレッジ NUM
候補位置をカバーする必要最小限の読み取り数。
-fc, --強制呼び出し NUM
count が >= fc の場合は常に base を呼び出し、他のパラメーターを無視します。 デフォルト: オフ。 の
範囲 [1..inf]。
-oa, --方向認識
順方向読み取りと逆方向読み取りを区別します。 デフォルト: オフ。
-mpr, --max-ポリマーラン NUM
ホモポリマーのインデルを mpr より長く実行して破棄します。
-dp, --diff-pos NUM
突然変異をサポートする異なる読み取り位置の最小数。
-eb, --境界線を除く NUM
SNV 呼び出しの読み取り境界の eb 塩基対内の読み取り位置を除外します。
-彼の, --準最適
次善の読み取りを維持します。
-re, --再調整
インデル候補周辺の読み取りを再調整します。
-pws, --解析ウィンドウサイズ NUM
読み取りを解析するためのゲノム ウィンドウ サイズ (メモリ消費を考慮し、小さいサイズを選択)
より高いカバレッジのための窓）。 [1..100000] の範囲内。
SNP 呼び出しオプション: :
しきい値法関連: :
-んん, --最小突然変異 NUM
ミューテーションを呼び出すために観察されたミューテーションの最小数。
-pt, --perc-しきい値 NUM
呼び出される変異の変異ベースの最小パーセンテージ。
-mq, --最小品質 NUM
呼び出される変異の変異ベースの最小平均品質。
Maq メソッド関連: :
番目, -シータ NUM
依存係数。
-時間, --ヘテロレート NUM
ヘテロ接合率。
-mmq, --最小マップ品質 NUM
考慮される一致の最小ベース コール (マッピング) 品質。
-ch, -- 修正済みヘット
ヘテロ接合体の増幅バイアス補正分布を使用します。 デフォルト: オフ。
-マフ, --mean-alleleFreq NUM
ヘテロ接合体における平均参照対立遺伝子頻度。
-交流, --amp-cycles NUM
増幅サイクル数。
-ae, --アンプ効率 NUM
ポリメラーゼの効率、増幅の確率。
-に, --イニシャル-N NUM
初期対立遺伝子集団サイズ。
-mec, --min-explained-column NUM
遺伝子型コールによって説明されるアラインメント列読み取りの最小割合。
インデル呼び出しオプション: :
-それ, --indel-しきい値 NUM
indel 呼び出しに必要な indel サポート読み取りの最小数。
-ipt, --indel-perc-threshold NUM
インデルが呼び出されるためのインデル サポート/カバー リードの最小比率。
-iqt, --indel-quality-thresh NUM
インデルの挿入塩基/欠失隣接塩基の最小平均品質
と呼ばれます。
-bsi, -- 両ストランドインデル
インデルを呼び出すには、両方の鎖を観察する必要があります。 デフォルト: オフ。
-エビ, --exclude-border-indel NUM
オプションと同じ -eb ただし、インデル候補の場合。
その他のオプション： ：
-lf, -ログファイル FILE
ログファイルを FILE に書き込みます。
-v, -詳細
詳細出力を有効にします。
-vv, -非常に冗長
非常に詳細な出力を有効にします。
-q, - 静かな
冗長性を最小限に設定します。
VERSION
snp_store バージョン: 1.0.1 最終更新日 14 年 2013 月 XNUMX 日
onworks.net サービスを使用してオンラインで snp_store を使用する
