これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ssake です。
プログラム：
NAME
ssake - 何百万もの非常に短い DNA 配列を組み立てる
SYNOPSIS
接頭辞によるk-mer検索による数百万の短いDNA配列の漸進的アセンブリ
ツリーと 3' エクステンション。
OPTIONS
-f すべての [ペア化 (-p 1) / ペア化されていない (-p 0)] 読み取りを含む Fasta ファイル (必須)
対になった 読み込み しなければなりません 今 be 分離しました by 「」
-s シードとして排他的に使用するシーケンスを含む Fasta ファイル (次の場合にのみ指定)
読み取りセットとは異なります、オプション)
-m オーバーハングコンセンサス中のシード/コンティグと重複する塩基の最小数
ビルドアップ (デフォルト -m 16)
-o 拡張中にベースを呼び出すために必要な読み取りの最小数 (デフォルトは -o 3)
-r オーバーハングコンセンサス塩基を受け入れるために使用される最小塩基比 (デフォルトは -r 0.7)
-t すべての可能性を使い果たしたときに、コンティグ端の -t 塩基までをトリムします。
拡張子の場合 (デフォルト -t 0)>
-p ペアエンド読み取りを使用しますか? (-p 1=はい、-p 0=いいえ、デフォルトは-p 0)
-v 冗長モードで実行します (-v 1=はい、-v 0=いいえ、デフォルトは -v 0、オプション)
-b 出力ファイルのベース名 (オプション)
============ 以下のオプションは -p 1 でのみ考慮されます ============
-d ペアエンド読み取り間の予想/観測された平均距離 (デフォルト -d 200、オプション)
-e 平均距離で許容される誤差 (%) 例: -e 0.75 == 距離 +/- 75% (デフォルト -e
0.75、オプション）
-k スキャフォールドを計算するためのリンク (読み取りペア) の最小数 (デフォルトは -k 2、オプション)
-a XNUMX つの最良のコンティグ ペア間の最大リンク率 *値が大きいほど、リンク率は最小になります
正確な足場* (デフォルト -a 0.70、オプション)
-z ペアエンド読み取りを追跡するための最小コンティグ サイズ (デフォルトは -z 50、オプション)
-g ペアになっていないシーケンスリードを含む Fasta ファイル (オプション)
onworks.net サービスを使用してオンラインで ssake を使用する
