これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド ssematche です。
プログラム：
NAME
ssematch - DCF ファイルで二次構造の一致を検索します。
SYNOPSIS
セマッチ -ssinfile ファイル内 -dcfinfile ファイル内 [-データファイル マトリックス] -マックスヒッツ 整数
[-rgapopen フロート] [-rgapextend フロート] [-エガポペン フロート] [-egapextend フロート]
-outssfile アウトファイル -outsefile アウトファイル -ログファイル アウトファイル
セマッチ -助けて
DESCRIPTION
セマッチ EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「Utils：Databasecreation」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-ssinfile ファイル内
このオプションは、二次構造(入力)のファイル名を指定します。
-dcfinfile ファイル内
このオプションは、DCFファイル（ドメイン分類ファイル）（入力）の名前を指定します。 A
「ドメイン分類ファイル」には、からのドメインの分類およびその他のデータが含まれています
DCF形式（EMBLのような）のSCOPまたはCATH。 ファイルはSCOPPARSEを使用して生成されます
とCATHPARSE。 ドメインシーケンス情報は、を使用してファイルに追加できます。
DOMAINSEQS。
-データファイル マトリックス
このオプションは二次構造置換行列を指定します。 デフォルト値:
SSSUB
必須
-マックスヒッツ 整数
このオプションは、レポートする最高得点の試合の数を指定します。 デフォルト値: 5
NEW
-rgapopen フロート
このオプションは、常駐ベースのアライメントに対するギャップ挿入ペナルティを指定します。 ギャップ
インサーションペナルティは、ギャップが生じたときに減じられるスコアです。 最高の価値
比較行列の選択によって異なります。 デフォルト値は、使用していることを前提としています。
タンパク質配列の場合は EBLOSUM62 行列、ヌクレオチドの場合は EDNAFULL 行列
シーケンス。 デフォルト値: 10
-rgapextend フロート
このオプションは、残基ベースのアライメントに対するギャップ拡張ペナルティを指定します。 ギャップ
拡張の場合、ペナルティは、各塩基または残基の標準ギャップ ペナルティに追加されます。
ギャップ。 これは、ギャップの長さにペナルティが課されることです。 通常、いくつかの長いギャップが予想されます
多くの短いギャップではなく、ギャップ延長ペナルティはギャップよりも低くなければなりません
ペナルティ。 デフォルト値: 0.5
-エガポペン フロート
このオプションは、要素ベースの位置合わせに対するギャップ挿入ペナルティを指定します。 ギャップ
インサーションペナルティは、ギャップが生じたときに減じられるスコアです。 最高の価値
比較行列の選択によって異なります。 デフォルト値は、使用していることを前提としています。
タンパク質配列の場合は EBLOSUM62 行列、ヌクレオチドの場合は EDNAFULL 行列
シーケンス。 デフォルト値: 10
-egapextend フロート
このオプションは、二次構造要素ベースのギャップ拡張ペナルティを指定します。
アライメント。 ギャップ延長ペナルティは、それぞれの標準ギャップペナルティに追加されます。
ギャップ内のベースまたは残留物。 これは、ギャップの長さにペナルティが課されることです。 通常はそうします
多くの短いギャップではなく、いくつかの長いギャップを期待するため、ギャップ拡張のペナルティ
ギャップペナルティよりも低くなければなりません。 デフォルト値: 0.5
出力
-outssfile アウトファイル
このオプションでは、最高スコアのドメインを含むファイルの名前を指定します。
残基ベースのアライメント (出力)。「ドメイン分類ファイル」には次のものが含まれます。
DCF形式のSCOPまたはCATHからのドメインの分類およびその他のデータ
（EMBLっぽい）。
-outsefile アウトファイル
このオプションでは、最高スコアのドメインを含むファイルの名前を指定します。
二次構造要素ベースのアラインメント (出力)。 「ドメイン分類ファイル」
SCOP または CATH からのドメインの分類およびその他のデータが DCF 形式で含まれています
（EMBLっぽい）。
-ログファイル アウトファイル
このオプションは、ssematch ログ ファイル (出力) の名前を指定します。 デフォルト値:
ssematch.log
onworks.net サービスを使用してオンラインで ssematche を使用する
