これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド sumtree です。
プログラム：
NAME
sumtrees - 系統樹の要約と注釈
SYNOPSIS
サムツリー [-私 フォーマット] [-NS バーニン] [--強制根付] [--force-根絶]
DESCRIPTION
SumTrees はノンパラメータブートストラップまたはベイジアン事後分布を要約するプログラムです
系統樹上の分岐またはクレードの確率サポート。
サポート評価の基礎は通常、一連のノンパラメトリックな評価によって与えられます。
ブートストラップは、GARLI や RAxML などのプログラム、またはセットによって生成されたツリー サンプルを複製します。
Mr Bayes や BEAST などのプログラムによって生成された MCMC ツリー サンプル。 の割合
特定の分割が見つかったサンプルのうちの木の次数が考慮されます。
サンプルで示されているように、その分割のサポート。 基礎となるサンプルは、
サポートは複数のファイルに分散でき、バーンイン オプションにより、
そうでない場合に分析から除外される各ファイル内の木の初期数。
真のサポート分布から抽出されたものと考えられます。
ツリーのコレクションの要約 (事後分布からの MCMC サンプルなど)
ノンパラメトリック ブートストラップの複製、事後確率、サポート、または頻度のマッピング
分割/クレードがターゲット ツリー上のツリーのソース セットで見つかること。
OPTIONS
ソース オプション：
ツリーファイルパス
要約するツリーのソース。 少なくとも XNUMX つの有効なツリー ソースが必要です。
提供された。 標準入力からの読み取りを指定するには、「-」を使用します (これには必要があることに注意してください)
入力ファイル形式は、「--source-format」オプションを使用して明示的に設定されます）。
-i フォーマット、 --入力フォーマット フォーマット、 --ソース形式 FORMAT
すべての入力ツリーの形式 (デフォルトでは NEXUS または NEWICK のいずれかを処理します)
検査; 形式がわかっている場合は、形式を明示的に指定する方が効率的です)。
-b バーニン、 --バーニン バーニン
カウントするときに *各* ツリー ファイルの先頭からスキップするツリーの数
サポート (デフォルト: 0)。
--force-rooted, --root化
ソースツリーを根付いたものとして扱います。
--force-unrooted, --root化されていない
ソースツリーを根のないものとして扱います。
-v, --ultrametricity-precision, --分岐長イプシロン
超計量性を検証するときに使用する精度 (デフォルト: 1e-05; には '0' を指定します)
検証を無効にします)。
--加重ツリー
木の重み (「[&W m/n]」 コメント トークンで示される) を使用して重み付けします
各ツリーで見つかった分割の全体的な分割頻度への寄与。
--preserve-アンダースコア
読み取り時に保護されていない (引用符で囲まれていない) アンダースコアをスペースに変換しないでください。
NEXUS/NEWICK 形式のツリー。
--taxon 名ファイルパス ファイルパス
すべての分類群名またはラベルがリストされているファイルへのパス。
ソースツリーのセット全体。 このファイルは、単一のファイルが含まれるプレーン テキスト ファイルである必要があります。
各行に名前リスト。 このファイルはマルチプロセス ('-M' または '-m') の場合にのみ読み取られます。
と要求される。 「-M」または「-m」オプションを使用してマルチプロセスを実行する場合、すべての分類群名
実際のツリー分析の前に定義する必要があります。 デフォルトではこれが行われます
最初のツリー ソースの最初のツリーを読み取り、分類群名を抽出します。
これは、ツリーの無関係な読み取りを必要とするため、せいぜい非効率的です。 で
最悪の場合、最初のツリーにすべての分類群が含まれていない場合、これはエラーになる可能性があります。
このオプションを使用して分類群名を明示的に指定すると、これらの問題を回避できます。
ターゲット 木 トポロジー オプション：
-t ファイル、 --ターゲットツリーのファイルパス FILE
ソースツリーからトポロジまでのサポートおよびその他の情報を要約します。
FILE に記述されているツリーによって与えられるトポロジ。 用途指定の対象がない場合
トポロジが指定されている場合、概要トポロジがターゲットとして使用されます。 使用
「-s」または「--summary-target」を使用して、使用する要約ツリーのタイプを指定します。
-s 要約型、 --概要対象 概要型
ソースツリーからのサポートとその他の情報を構築して XNUMX つに要約します
次の概要トポロジのいずれか: - 「コンセンサス」
コンセンサスツリー。 最小周波数
含めるクレードのしきい値は、「-f」または
「--min-clade-freq」フラグ。 これは、ユーザー指定のターゲット ツリーが
「-t」または「--target-tree-filepath」オプションでは指定されません。
- 「MCCT」
最大クレード信頼性ツリー。 を最大化するソース セットのツリー
クレードの事後確率の *積*。
- 'msct'
最大クレード信頼性ツリー。 を最大化するソース セットのツリー
クレードの事後確率の *積*。
ターゲット 木 補足 オプション：
-f #.##、 -- 最小コンセンサス頻度 #.##、 --分頻度 #.##、 --min-clade-freq #.##
コンセンサスツリー要約戦略を使用する場合、これは最小値です。
クレードまたは分岐が結果に含まれる頻度または確率
ツリー (デフォルト: > 0.5)。
--allow-unknown-target-tree-taxa
ターゲットツリーに以前に遭遇したことのない分類群がある場合でも、エラーで失敗しません。
ソースツリー、または分類群検出ファイルで定義されています。
ターゲット 木 応援 オプション：
--root-target-at-outgroup 分類ラベル
指定された分類群をアウトグループとして使用してルート ターゲット ツリーを作成します。
--中間点のルートターゲット
中間点にあるルート ターゲット ツリー。
--set-outgroup 分類ラベル
指定された分類群が外群位置になるようにターゲット ツリーを回転しますが、
ターゲットツリーのルートを明示的に変更しないでください。
ターゲット 木 エッジ（Edge） オプション：
-e 戦略、 --set-edges 戦略、 -エッジ 戦略
指定された値に基づいて、ターゲット ツリーまたはサマリー ツリーのエッジの長さを設定します。
要約戦略: - 「平均長」
エッジの長さは、
ソースツリー内の対応するスプリットまたはクレードの長さ。
- '中央の長さ'
エッジの長さは中央値に設定されます。
対応する分割またはクレードの長さ
源の木。
- 「平均年齢」
エッジの長さは、内包されたノードの年齢が次と等しくなるように調整されます。
ソースツリー内の対応するスプリットまたはクレードの平均樹齢。 ソースツリー
このオプションではウルトラメトリックである必要があります。
- 「年齢の中央値」
エッジの長さは、内包されたノードの年齢が次と等しくなるように調整されます。
ソースツリー内の対応する分岐またはクレードの樹齢の中央値。 ソース
このオプションでは、ツリーがウルトラメトリックである必要があります。
- サポート
エッジの長さは、
エッジ。
- '保つ'
既存のエッジの長さを変更しないでください。 これは、ターゲット ツリーが次の場合のデフォルトです。
「-t」または「--targettree-filepath」オプションを使用して外部ファイルから取得
- 'クリア'
エッジ長が存在する場合、ターゲット ツリーからエッジ長が消去されます。
デフォルト設定は環境に応じて異なることに注意してください。
以下に優先順に示します。 (1) ターゲットツリーが「-t」を使用して指定されている場合
or
「--target-tree-filepath」オプション、デフォルトのエッジ
要約戦略は「維持」です。
(2) 対象ツリーが指定されていないが、
「--summarize-node-ages」オプションが指定されている場合、デフォルトのエッジ要約
戦略は「平均年齢」です。
(3) 対象ツリーが指定されていない場合、
ノード年齢が要約されるように指定されていない場合、デフォルトのエッジ要約が使用されます。
戦略は「平均長さ」です。
--force-minim-edge-length FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(エッジの長さを設定する場合) すべてのエッジを少なくともこの長さになるように強制します。
--collapse-negative-edges
(エッジの長さを設定する場合) 親ノードの年齢が少なくともそのノードと同じ古いものになるように強制します。
ノードの年齢を要約するときの最年長の子。
ターゲット 木 アノテーション オプション：
--要約ノード年齢, --ウルトラメトリック, --ノード年齢
ソース ツリーが超微細であると仮定し、ノードの年齢 (ノードからの距離) を要約します。
チップ）。
-l {サポート、維持、クリア}、 -ラベル {サポート、維持、クリア}
サマリーまたはターゲット ツリーのノード ラベルを設定します: - 'support'
ノード ラベルは、次のサポート値に設定されます。
ノードによって表されるクレード。 これがデフォルトです。
- '保つ'
既存のノード ラベルは変更しないでください。
- 'クリア'
ターゲット ツリーが存在する場合、ノード ラベルはターゲット ツリーからクリアされます。
--suppress-アノテーション, --注釈なし
ノードやエッジに要約情報メタデータの注釈を付けないでください。
as.support 値、エッジ長および/またはノード年齢の概要統計など。
サポート 表現 オプション：
-p, --パーセンテージ
ブランチのサポートをパーセンテージで示します (それ以外の場合は、次の割合でレポートされます)
デフォルト）。
-d #, --小数点 #
サポート値を示す小数点以下の桁数 (デフォルト: 8)。
出力 オプション：
-o ファイルパス、 --出力ツリーファイルパス ファイルパス、 - 出力 ファイルパス
出力ファイルへのパス (指定しない場合、標準出力に出力されます)。
-F {ネクサス、ニューウィック、フィリップ、nexml}、 --出力ツリー形式 {ネクサス、ニューウィック、フィリップ、nexml}
出力ツリー ファイルの形式 (指定しない場合、デフォルトで入力形式になります。
明示的に指定されているか、そうでない場合は 'nexus')。
-x プレフィックス、 --拡張出力 プレフィックス
指定した場合、以下で構成される拡張要約情報が生成されます。
次のファイル: - ' .トポロジ.ツリー'
ソース内にあるトポロジのコレクション
関連する事後確率をメタデータの注釈としてレポートします。
- ' .bipartitions.trees'
それぞれがツリーとして表され、関連する XNUMX つのパーティションのコレクション。
メタデータ注釈としての情報。
- ' .bipartitions.tsv'
キー列としてのグループ パターンとしての XNUMX つのパーティションと情報をリストした表
それぞれの XNUMX つのパーティションを残りの列とみなします。
- ' .edge-lengths.tsv'
二分割と対応するエッジの長さのリスト。 エッジの長さの場合にのみ生成されます
要約されています。
- ' .node-ages.tsv'
XNUMX つのパーティションと対応する年齢のリスト。 ノードの年齢が次の場合にのみ生成されます。
要約。
--分類群ブロックなし
NEXUS 形式の出力を書き込む場合は、出力に分類群ブロックを含めないでください。
Treefile (それ以外の場合は、デフォルトで分類群ブロックが作成されます)。
--分析なし-メタ情報, --ノーメタコメント
要約パラメータを説明するメタ情報を含めないでください。
実行の詳細。
-c 追加コメント、 - 追加コメント 追加コメント
概要ファイルに追加するコメント。
-r, - 交換
出力ファイルが既に存在するかどうかを確認せずに、出力ファイルを置換/上書きします。
並列シミュレーションの設定 処理 オプション：
-M, --最大マルチプロセッシング
利用可能な限り多くのプロセッサを使用して並列モードで実行します。
ソース。
-m プロセス数、 --マルチプロセッシング プロセス数
最大 NUMPROCESSES プロセス ('max' または '#') を使用して並列モードで実行します。
ローカル マシン上のコアと同じ数のプロセスで実行することを意味します。 つまり、
「-M」または「--maximummultiprocessing」を指定するのと同じ）。
演奏曲目 ロギング オプション：
-g 対数周波数、 --ログ頻度 対数周波数
ツリー処理の進行状況をログに記録する頻度 (デフォルト: 500、抑制するには 0 に設定します)。
-q, - 静かな
すべてのログ、進行状況、およびフィードバック メッセージを抑制します。
演奏曲目 エラー オプション：
--ignore-欠落しているサポート
欠落しているサポート ツリー ファイルを無視します (少なくとも XNUMX つは存在する必要があることに注意してください)。
演奏曲目 情報 オプション：
-h, - 助けて
プログラムのヘルプ情報を表示して終了します。
- 引用
プログラムの引用情報を表示して終了します。
--使用例
プログラムの使用例を表示して終了します。
- 説明
DendroPy と Python のインストールに関する情報を表示して終了します。
作者
ジート・スククマランとマーク・T・ホルダー
onworks.net サービスを使用してオンラインで sumtree を使用する
