これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド Trimseqe です。
プログラム：
NAME
Trimseq - シーケンスの先頭と末尾から不要な文字を削除します
SYNOPSIS
トリムシーケンス -シーケンス セコール [-窓 整数] [-パーセント フロート] [-厳しい boolean]
[-星 boolean] -左 boolean -右 boolean -outseq セコールトール
トリムシーケンス -助けて
DESCRIPTION
トリムシーケンス EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「編集」コマンドグループの一部です。
OPTIONS
入力
-シーケンス セコール
NEW
-窓 整数
これにより、
曖昧さの割合がしきい値を超えています。 値 5 は、
シーケンス内の 5 文字の領域をシーケンスに沿って端からシフトし、
トリミングは、曖昧さの割合がそれ以上である場合にのみ行われます。
しきい値のパーセンテージ。 デフォルト値: 1
-パーセント フロート
これは、ウィンドウ内の曖昧さの割合のしきい値です。
シーケンスをトリミングします。 デフォルト値: 100.0
-厳しい boolean
核酸配列では、N と X だけでなく、ヌクレオチド IUPAC も切り取ります。
曖昧さコード M、R、W、S、Y、K、V、H、D および B。タンパク質配列では、トリミングではなく切り捨てます。
X のみですが、B と Z も含まれます。デフォルト値: N
-星 boolean
タンパク質配列では、X だけでなく * も削除します。デフォルト値: N
高機能
-左 boolean
デフォルト値：Y
-右 boolean
デフォルト値：Y
出力
-outseq セコールトール
onworks.net サービスを使用してオンラインで Trimseqe を使用する
