これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド zalign です。
プログラム：
NAME
zalign - 生物学的配列の平行局所アライメント
SYNOPSIS
ザライン [-s スコア] [-S 分割] [-H hblk] [-V vblk] ファイル 1 ファイル 2
DESCRIPTION
zAlign は、特に大きな生物学的 DNA での使用を目的としたローカル シーケンス アライナーです。
1Mbp (数百万の塩基対) を超える配列。 スミスとウォーターマンの正確な一致を使用します。
このタスクを実行するには、アフィン ギャップ コスト関数を使用したアルゴリズムを使用します。
オプション：
-h このヘルプを表示して終了
-s
アライメントの計算中に使用するスコアのカンマ区切りリストを指定します
プログラム全体にわたる行列。 リストは次の形式でなければなりません
「-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION」（引用符なし）、これで解析されます
正確な順序。 値の間にスペースは使用できません。 不特定のものがあった場合
パラメータの場合、これらはデフォルト値に設定され、警告メッセージが発行されます。
超過パラメータは破棄されます
ステージ 2 オプション：
-S
(mpialign のみ) アライメント行列を分割する部分の数。 この後
循環ブロック モデルが適用され、各部分がすべての部分に均等に分割されるステップ
利用可能なノード
-H
(mpialign のみ) 各ノードによってそのノードに対して行われる水平サブディビジョンの数
アライメント部分行列。 この値はブロック幅を定義するため、適切な選択は次のとおりです。
XNUMX つの完全なマトリックス ラインがプロセッサのキャッシュ ページに収まるようになり、アルゴリズムが改善されました
パフォーマンス
-V
(mpialign のみ) 各ノードによってその位置合わせに対して行われる垂直サブディビジョンの数
部分行列。 この値はノード間通信の量に直接影響し、
「split」が 1 に設定されている場合にのみ使用され、それ以外の場合は使用可能な数に設定されます。
ノード
onworks.net サービスを使用してオンラインで Zalign を使用する
