これは Alphafold という名前の Linux アプリで、その最新リリースは Alphafoldv2.3.2.zip としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
Alphafoldという名前のこのアプリをOnWorksで無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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アルファフォールド
DESCRIPTION
このパッケージは、AlphaFoldv2.0の推論パイプラインの実装を提供します。 これは、CASP14に入力され、Natureで公開されたまったく新しいモデルです。 簡単にするために、このドキュメントの残りの部分では、このモデルをAlphaFoldと呼びます。 このソースコードまたはモデルパラメータの使用から生じる発見を開示する出版物は、AlphaFoldの論文を引用する必要があります。 方法の詳細については、補足情報も参照してください。 このColabノートブックまたはコミュニティでサポートされているバージョンでは、AlphaFoldのわずかに簡略化されたバージョンを使用できます。 フルデータベースの合計ダウンロードサイズは約415GBで、解凍時の合計サイズは2.2TBです。 ダウンロードするのに十分な大きさのハードドライブ容量、帯域幅、および時間を確保してください。 遺伝子検索のパフォーマンスを向上させるために、SSDを使用することをお勧めします。
特徴
- AlphaFoldを実行するには、複数の遺伝子（配列）データベースが必要です
- AlphaFoldコードはApache2.0ライセンスの下でライセンスされていますが、AlphaFoldパラメーターは非営利目的で使用できます。
- CASP5で使用され、構造予測の品質が広く検証された14つのモデル
- pTMを生成するために微調整された5つのpTMモデル
- AlphaFoldを実行する最も簡単な方法は、提供されているDockerスクリプトを使用することです。
- デフォルトでは、Alphafoldは表示されているすべてのGPUデバイスを使用しようとします
プログラミング言語
Python
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
