これは、Linux オンラインで実行する BisSNP という名前の Linux アプリで、その最新リリースは BiSNP-1.0.0.jar としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
BiSNP という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
BiSNP を Linux オンラインで実行
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DESCRIPTION
現在 Github にあります: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP は、Illumina プラットフォーム上の重亜硫酸塩処理超並列シーケンス (Bisulfite-seq、NOMe-seq、RRBS) でのジェノタイピングのためのゲノム解析ツールキット (GATK) マップリデュース フレームワークに基づくパッケージです。 さまざまなシトシンコンテキスト（重亜硫酸塩シーケンスの CpG、CHH、CHG だけでなく、他の重亜硫酸塩処理シーケンスの GCH など）のメチル化確率を手動で指定または自動的に推定したベイジアン推論を使用して、遺伝子型とメチル化レベルを同時に決定します。 。 シングルエンド読み取りとペアエンド読み取りの両方で機能します。特異性と感度は Illumina IM SNP アレイによって検証されています。 デフォルトのしきい値 30X データ (Phred スケール スコア > 20) では、92.21% のヘテロ接合性 SNP を 0.14% の偽陽性率で検出できました。 シトシン コールは参照コンテキストに基づいているだけではないため、非参照シトシン コンテキストも検出できます。 Google グループのサポート: http://goo.gl/zL7Nj
特徴
- SNP発信者
- メチル化コーラー
- 亜硫酸水素塩シーケンス/NOMe-シーケンス/RRBS
- ジェノタイピング
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
Perl、Java
これは https://sourceforge.net/projects/bissnp/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
