これは、Linux オンラインで実行する FusionCatcher という名前の Linux アプリで、その最新リリースは fusioncatcher_v1.20.zip としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
FusionCatcher という名前のこのアプリをダウンロードしてオンラインで実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linux オンラインで実行する FusionCatcher
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DESCRIPTION
FusionCatcher は、疾患サンプルからの RNA-seq データ (Solexa や HiSeq などの Illumina NGS プラットフォームからのペアエンドリード) 内の新規/既知の体細胞融合遺伝子、転座、およびキメラを検索します。FusionCatcher の目的は次のとおりです。
- 融合遺伝子候補を見つけるための非常に優れた検出率、
- 非常に使いやすい (つまり、FusionCatcher を実行するためにデータベースやバイオインフォマティクスに関する事前の知識は必要ありません)、
- IGH 融合、CIC 融合、DUX4 融合、CRLF2 融合、TCF3 融合などの困難な融合遺伝子の非常に優れた検出。
- 可能な限り自動であること（つまり、FusionCatcher は、候補融合遺伝子を見つけるために最適なパラメーターを自動的に選択します。たとえば、アダプターを自動的に見つけたり、入力リードの長さに基づいてエクソン-エクソン接合部を自動的に構築したりするなど）。同時に、融合遺伝子を見つけるために可能な限り最高の検出率を提供します。
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Python
これは、https://sourceforge.net/projects/fusioncatcher/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
