これは、Linux オンラインで実行する Gen3D という名前の Linux アプリで、その最新リリースは gen3d.cpp としてダウンロードできます。 これは、ワークステーション用の無料のホスティング プロバイダーである OnWorks でオンラインで実行できます。
Gen3D という名前のこのアプリをダウンロードしてオンラインで実行し、OnWorks を使用して Linux オンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linuxオンラインで実行するGen3D
DESCRIPTION
Gen3D は、XNUMX 次元のゲノムおよび染色体モデルを決定するために設計されたアプリケーションです。 染色体接触データを使用して三次元立体構造を構築します。 この方法により、染色体接触の大部分を満たす三次元染色体モデルを生成できます。このソフトウェアは、米国ミズーリ大学コロンビア校のコンピューターサイエンス学部にあるJianlin Cheng教授のバイオインフォマティクス、データマイニング、機械学習研究所で開発されています。 このプロジェクトは、全米科学財団（助成金番号DBI1149224）によってサポートされています。
研究で Gen3D を使用する場合は、以下を引用してください。
ノウォトニー、ジャクソン、シャリフ・アーメッド、リンフェイ・シュー、オルワトシン・オルワダレ、ハンナ・チェン、ノエラン・ヘンズリー、トゥアン・トリーウ、レンジ・カオ、ジェンリン・チェン。 「染色体接触データからのヒト染色体の三次元モデルの反復再構成」 BMC バイオインフォマティクス 16、no. 1 (2015): 338.
特徴
- Hi-C技術を使用して取得した染色体接触データを使用
- 染色体接触データから3D構造ゲノムおよび染色体モデルを構築
- 確率的アプローチを使用して座標を初期化する
- 満足したコンタクトをヒートマップマトリックスで表現する新しい方法
- 長距離接触と近距離接触を把握するためのスコアリング方式
- 他の既存手法と比較し、ゲノム特徴も検証
Audience
科学/研究、工学
プログラミング言語
C + +
これは https://sourceforge.net/projects/gen3d/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
