これは GMOL という名前の Linux アプリで、最新リリースは human_chromosome_GSS_Structures.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
GMOL with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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GMOL
DESCRIPTION
GMOLは、ゲノム構造を3Dで視覚化するために設計されたアプリケーションです。 これにより、ユーザーは、グローバル、染色体、遺伝子座、ファイバー、ヌクレオソーム、ヌクレオチドなど、複数のスケールでゲノム構造を表示できます。 このソフトウェアは、Cheng教授のグループによる既存のJmolパッケージに基づいて構築されました。
このソフトウェアは、米国ミズーリ大学コロンビア校のコンピューターサイエンス学部にあるJianlin Cheng教授のバイオインフォマティクス、データマイニング、機械学習研究所で開発されています。 このプロジェクトは、全米科学財団（助成金番号DBI1149224）によってサポートされています。
研究でGMOLを使用する場合は、以下を引用してください。
Nowotny、Jackson、Avery Wells、Oluwatosin Oluwadare、Lingfei Xu、Renzhi Cao、Tuan Trieu、Chenfeng He、およびJianlinCheng。 「GMOL：3Dゲノム構造の視覚化のためのインタラクティブなツール。」 Scientific Reports 6（2016）：20802。
特徴
- ゲノム構造を3Dでインタラクティブに視覚化
- 複数のスケール/解像度をサポート：グローバル、染色体、遺伝子座、ファイバー、ヌクレオソーム、ヌクレオチド
- 構造内のポイント間の距離と角度を測定します
- モデルを回転およびスケーリングして、モデルをさらに分析します
- インデックス、スケール、またはシーケンス情報に基づいて構造の一部を選択します
- 選択した構造または構造の一部のDNA配列を取得します
- 既存のJmol関数が含まれています
Audience
科学/研究、工学
プログラミング言語
Java
カテゴリー
これは、https：//sourceforge.net/projects/gmol/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
