Linux 用の gsasnp2 ダウンロード

これは gsasnp2 という名前の Linux アプリで、最新リリースは gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。

スクリーンショットは

gsasnp2

DESCRIPTION

* GSA-SNP2 は、GSA-SNP (Nam et al. 2010、NAR Web サーバーの問題) の後継です。 GSA-SNP2 は、ヒト GWAS 概要データ (rs 番号、p 値) または遺伝子ごとの p 値を受け入れ、特定の表現型に関連する遺伝子が「豊富」な経路遺伝子セットを出力します。 また、関連する経路におけるローカルおよびグローバルの両方のタンパク質相互作用ネットワークも提供します。

* 記事: SYoon、HCTNguyen、YJYoo、JKim、BBaik、SKim、JKim、SKim、DNam、「GSA-SNP2 を使用した GWAS サマリー データの効率的なパスウェイ エンリッチメントとネットワーク分析」、Nucleic Acids Research、Vol. 46(10)、e60(2018)。

* PubMed ID: 29562348

* DOI: 10.1093/nar/gky175

-> プログラムが事前に設計されたデータを見つけられるように、「データ」フォルダーを集中テスト フォルダー (つまり、Linux、MAC、または Windows で指定されたフォルダー) に移動するかコピーを作成してください。

* 更新メモ:
-> 1 年 2020 月 20.04 日: Ubuntu-XNUMX のアップデートを追加。 Boost ライブラリをインストールする必要があります (sudo apt-get install libboost-all-dev)
-> 7 年 2018 月 XNUMX 日: 出力ファイルのヘッダー用語を改訂

特徴

• 1/ 「適切なタイプ I エラー制御」は、次の XNUMX つのプロセスによって達成されます。 A) 遺伝子スコアは、単調 XNUMX 次スプライン トレンド カーブを使用して、各遺伝子に割り当てられた SNP の数に「調整」されます。 B) 各経路内で遺伝子間相関が高い隣接遺伝子が除去された
• 2/ ランダムセットモデルに基づく「ハイパワーかつ高速計算」
• 3/ 「重要な空きパラメーターはありません」
• 4/ メンバー遺伝子間の「タンパク質相互作用ネットワーク」が重要な経路について視覚化されました。 この機能により、ユーザーは重要な経路内および重要な経路全体にわたるコア サブネットワークに優先順位を付けることができます。 現在、STRING ネットワークと HIPPIE ネットワークが提供されています
• 5/ 「使いやすさ」: GWAS 概要データ (または遺伝子 p 値) のみが必要で、結果が得られるまでにわずか XNUMX ～ XNUMX 分しかかかりません。 他の強力な自己完結型パスウェイ ツールも SNP 相関入力を必要とし、さらに長い時間がかかります。 ユーザーは独自の経路遺伝子セットやタンパク質相互作用ネットワークをアップロードすることもできます。

ユーザーインターフェース

Win32（MS Windows）、コマンドライン

プログラミング言語

C ++、PHP、JavaScript

カテゴリー

これは https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。