これは、オンライン Linux で実行する高スループット表形式データ プロセッサという名前の Linux アプリで、最新リリースは HTDP.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
High-Throughput Tabular Data Processor という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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オンラインの Linux で実行できる高スループットの表形式データ プロセッサ
DESCRIPTION
HIGH-THROUGHPUT TABULAR DATA PROCESSOR（HTDP）は、超並列シーケンスやマイクロアレイなどのハイスループットテクノロジーから生じる大きなテキストファイルのデータ探索と削減タスクを容易にすることを目的としたJavaアプリケーションです。 このソフトウェアは、マイクロアレイおよびディープパラレルシーケンスデータ用に最適化されていますが、文字で区切られた表形式のデータセットを受け入れることができます。 HTDPは、Variant Call Format（VCF）ファイルバージョンをインポート、処理、および変換することもできます。 4.0、4.1および4.2（http://samtools.github.io/hts-specs/VCFv4.2.pdf).HTDPはクイックフィルタリング機能を提供し、単一または複数の入力ファイルで構成されるデータを処理できます。
引用：Madanecki P、BałutM、Buckley PG、Ochocka JR、Bartoszewski R、CrossmanDKなど。 （2018）ハイスループット表形式データプロセッサ–大規模なデータセットを処理するためのプラットフォームに依存しないグラフィカルツール。 PLoS ONE 13（2）：e0192858。 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0192858
特徴
- 文字で区切られた列データ（BED、GFF、GTF、WIG、VCFなど）で機能します
- 表形式のデータファイルを垂直方向と水平方向にマージします
- ゲノム位置または共通列を使用して表形式のデータファイルをマージします
- 無制限のフィルタリングおよびデータ削減機能
- フォーマットとコンテンツに関するさまざまなファイルを同時に分析できます
プログラミング言語
Java
これは、https：//sourceforge.net/projects/htdp/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
