これは kallisto という名前の Linux アプリで、最新リリースは kallisto_windows-v0.50.0.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して、kallisto という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショット：
カリスト
説明：
kallisto は、ハイスループット シーケンシング リードを使用して、RNA-Seq データ、より一般的には標的配列の転写物存在量をほぼ最適に定量化するためのプログラムです。 これは、擬似アライメントを使用して、アライメントを必要とせずに読み取りとターゲットの互換性を迅速に判断するという考えに基づいています。
Mac デスクトップ コンピューターで実行されたベンチマークによると、kallisto は、読み取り配列とトランスクリプトーム インデックスだけを使用して、30 分以内に 3 万件のヒト バルク RNA シーケンス リードを定量化できます。このインデックス自体の構築には 10 分以上かかります。 また、擬似アライメントを使用するため、読み取りエラーに対して堅牢であり、定量化に必要な重要な情報が保存されます。 これにより、kallisto は高速になるだけでなく、非常に正確になります。 多くのベンチマークにおいて、既存のツールを大幅に上回るパフォーマンスさえ示しています。
特徴
- 擬似アライメントを使用する
- 迅速で正確な
- 定量化されたバルク RNA-Seq は sleuth で分析可能
- バスツールと併用して単一細胞 RNA-seq データを前処理可能
プログラミング言語
C
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。