これは、オンライン Linux で実行する MIPGen という名前の Linux アプリで、最新リリースは mipgen_v15.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
MIPGen という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する MIPGen
DESCRIPTION
分子相互作用ポテンシャルジェネレータMIPGENは、分子相互作用ポテンシャルグリッドを計算するPythonプログラムです。
与えられた分子上で、それはタンパク質または小さな有機化合物（薬物）のいずれかである可能性があります。
出力は、ユーザーが使用できるDX形式（* .dx）の一連のグリッドになります。
VMD、PyMol、Chimeraなどの分子視覚化プログラムを使用して視覚化する...
依存関係と使用法の詳細については、ドキュメントをお読みください。
ユーザーは、[バグとリクエスト]メニューからバグやリクエストを投稿できます。 （sourceforgeアカウントが必要になります）。
特徴
- 単純なPDBファイルが与えられた場合の完全自動MIP生成。
- オープンソースコード。 ユーザーは、プローブの拡張やコードの改善に貢献することを歓迎します。
- ペプチドおよび他の高分子システムに対するグリッドベースの分子相互作用ポテンシャルを計算します（おそらく、大規模システムではまだ遅い）
- 小分子のMIPを計算する
- カスタマイズ可能なプローブ。 すでに実装されている：疎水性、H-Bondドナー、H-Bondアクセプターおよび静電プローブ。
- オープンソースのAntechamberおよびAmbertToolsパッケージのtLeapとのインターフェースによる、小分子およびタンパク質への原子タイプの自動割り当て（http://ambermd.org)
Audience
科学/研究、上級エンドユーザー、開発者、エンドユーザー/デスクトップ
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
Python
データベース環境
SQLiteの
これは、https：//sourceforge.net/projects/mipgen/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
