これは、Linux オンラインで実行する PhyloTrack という名前の Linux アプリで、最新リリースは PhyTB.v2.1.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PhyloTrack という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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オンラインの Linux で実行する PhyloTrack
DESCRIPTION
PhyloTrack は、データ視覚化のための D3.js ライブラリとゲノム ブラウザ表現のための JBrowse ツールを統合する JavaScript ベースのソフトウェア ツールです。 これには、入力として一般的な Newick データ形式の系統樹が必要です。また、サンプル、クレード定義ノード、クレード カラー定義用の XNUMX つのメタ データ ファイル (すべてタブ区切り形式) が必要です。 PhyloTrack 内の機能により、系統樹の各ノードに有益なマーカーが表示されるため、分岐群を定義する多型が強調されます。 この機能は、サーバー側の tabix ツールを使用して実装されており、VCF に類似したファイルに保存されている有益な SNP を含む、各ツリー ノードの情報への簡単かつ迅速なアクセスを提供します。 これらの有益な変異体は、祖先ノード比較と集団分化の FST 測定を使用して株型間の対立遺伝子頻度を比較することによって確立されています。特徴
- サンプルの系統発生表現
- ゲノムブラウザ
- 対立遺伝子とスポリゴタイプの分布図
- サンプルの分析とツリー内での位置決め
Audience
科学/研究
プログラミング言語
Python、Perl、PHP、JavaScript
データベース環境
その他のファイルベースのDBMS
これは、https://sourceforge.net/projects/phylotrack/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
