これは、Linux オンラインで実行する PRADA という名前の Linux アプリで、最新リリースは pyPRADA_1.2.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PRADA という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
PRADA、オンラインの Linux で実行
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DESCRIPTION
RNAから逆転写されたcDNAの超並列シーケンス（RNASeq）は、mRNAの量と組成の正確な推定値を提供します。 RNA-seqデータの分析を通じてトランスクリプトームを特徴づけるために、PRADAを開発しました。 PRADAは、遺伝子発現推定の処理と分析、教師ありおよび教師なし遺伝子融合の識別、および教師あり遺伝子内欠失の識別に焦点を当てています。PRADAは現在、RNAseqデータから異常を処理および識別するための7つのモジュールをサポートしています。
前処理：整列および再調整されたBAMファイルを生成します。
発現：遺伝子発現（RPKM）と品質メトリクスを生成します。
融合：候補遺伝子融合を識別します。
推測-ft：融合転写物の監視された検索。
推測-if：遺伝子内融合の監視された検索。
相同性：与えられたXNUMXつの遺伝子間の相同性を計算します。
フレーム：融合転写物の機能的結果を予測します
特徴
- PRADAはPythonプログラミング言語で記述されており、UNIXまたはLINUXオペレーティングシステムのコマンドライン環境で実行することを目的としています。
- インストール手順と各モジュールの使用法の詳細な説明と例は、次のドキュメントに記載されています。 https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- hg19リファレンスファイルは、次のURLからダウンロードできます。 http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- 融合アーチファクトを除去するために、同じサンプルと相同性の複数のパートナーを持つ遺伝子を除外します。
これは、https：//sourceforge.net/projects/prada/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
