これは、オンライン Linux で実行する primeScaff という名前の Linux アプリで、最新リリースは primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
PrimeScaff という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行できる primeScaff
DESCRIPTION
primeScaff は、ゲノム足場のギャップの周囲に特定のプライマー ペアを手動で設計するという、時には面倒なプロセスを自動化し、ゲノム配列決定プロジェクトのゲノム仕上げ段階をスピードアップすることを目的としています。 RECON を使用した de-novo リピート検索機能が組み込まれており、反復領域でのプライマー設計を可能な限り回避し、primer3 を使用してプライマー設計オプションを簡単に微調整する可能性を提供します。 gff2 および gff3 のリピート、ギャップ、プライマーのアノテーションを出力し、UGENE (推奨) や artemis などのツールを使用して結果を簡単にロードして視覚化します。特徴
- 反復 RECON を使用した反復的な de novo リピート マスキング
- 数秒で足場の数百の隙間の周囲にプライマーを自動設計
- 標準の FASTA ファイルが必要なだけで、任意のアセンブリ パイプラインで使用できます。
- 密接な参照がない de novo アセンブリ プロジェクト向けのソリューション
Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン
プログラミング言語
パール
これは、https://sourceforge.net/projects/primescaff/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
