これは、simulator_pcr という名前の Linux アプリで、最新リリースは Simulator_PCR-v1.2.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して、simulator_pcr という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
シミュレート_PCR
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DESCRIPTION
プライマーの特異性を評価し、目的の増幅産物とオフターゲットの増幅産物の両方を予測することは、堅牢な PCR アッセイ設計にとって不可欠なステップです。 このスクリプトは、NCBI nt などの大規模な配列データベース内の潜在的なポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) アンプリコンを、プライマーの単一または大規模な多重セットから予測します。これにより、プライマーおよびプローブ塩基の縮重が可能になり、ターゲット ミスマッチ耐性とアンプリコンの長さの範囲が設定されます。ユーザー。 また、PCR アンプリコン シミュレーション コードは、NCBI から自動的にダウンロードされた遺伝子情報でアンプリコンに注釈を付けます。また、オプションで、予測されたアンプリコン内に TaqMan/Luminex プローブの一致があるかどうかを予測することもできます。 これは、BLAST (Altschul, et al., 1990) プログラム makeblastdb、blastn、および blastdbcmd、および NCBI efetch ユーティリティ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).これは、https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
