これは nichenetr という名前の Windows アプリで、最新リリースは v2.0.4.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
OnWorks を使用して nichenetr という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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ニチェネット
DESCRIPTION
nichenetr: NicheNet メソッドの R 実装。 NicheNet の目標は、計算の観点から細胞間コミュニケーションを研究することです。 NicheNet は、相互作用する細胞のヒトまたはマウスの遺伝子発現データを入力として使用し、これをリガンドからターゲットへのシグナル伝達経路に関する既存の知識を統合する従来のモデルと組み合わせます。 これにより、対象の細胞における遺伝子発現の変化を引き起こす可能性のあるリガンドと受容体の相互作用を予測することができます。 潜在的なリガンド-標的結合に関する事前情報のこのモデルは、相互作用する細胞間の活性なリガンド-標的結合を推測するために使用できます。 NicheNet は、その活性 (つまり、受信細胞で観察された遺伝子発現の変化をどの程度正確に予測するか) に応じてリガンドに優先順位を付け、これらの優先順位付けされたリガンドによって制御される可能性が高い影響を受けるターゲットを探します。
特徴
- NicheNet は、細胞間通信を研究するための現在のほとんどの計算アプローチとは大きく異なります。
- 遺伝子発現に対するリガンドの影響に基づいてリガンドを優先順位付けし、送信側細胞によって発現されるリガンドが受信側細胞における遺伝子発現の変化をどの程度予測できるかを評価します。
- 研究中のシステム内で活動している推定上のリガンドとターゲットのリンクを推測する
- 以前のリガンド-ターゲットモデルを検証する
- ユーザー定義の事前リガンド-ターゲットモデルの構築
- 主な予測を直感的に視覚化する方法についての手順を提供します。
プログラミング言語
R
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
