これは Universal-mer という名前の Windows アプリで、最新リリースは Universal-MerV1.0.0.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
Universal-mer with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
スクリーンショットは
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ユニバーサルマー
DESCRIPTION
Universal-Mer は、考えられるすべてのサイズの k を一度に計算できる k-mer カウント ツールです。 一般的な k-mer 計数ツールよりも優れたこのプログラムは、1-mer から l-mer までの正確な計数結果を一度に要約することができます。ここで l = 入力シーケンス内の最も長く繰り返される部分文字列の長さであり、最大長は 100000 に設定されています。マーズ。 このプログラムは、すべての繰り返し (freq>1) および一意の (freq = 1) mer の数、および低周波 mer を切り捨てることなく、シーケンスの考えられるすべての部分文字列の数を正確に報告できます。
入力ファイルはテキストまたは fasta 形式です。入力アルファベットは {A、C、G、T} のみになりました。 入力されたテキストファイルは記述行のないfasta形式となります。 k-mer の考えられるすべての長さ k のデータベースを数えて構築した後、ユーザーはメニューで任意のサイズの k を選択して、ヒストグラムをカウントし、k-mer をダンプし、部分文字列をクエリし、考えられるすべての k を要約することができます。
特徴
- 異なる反復および固有の 1-mer から l-mer を要約します。ここで、l = 反復の最長長
- k-mer のヒストグラムをカウントします (1<=k<= 入力シーケンスの長さ)
- 1<=k<= 入力シーケンスの長さである正準 k-mer のヒストグラムをカウントします。
- k-mer をダンプします (1<=k<= 入力シーケンスの長さ)
- 1<=k<= 入力シーケンスの長さである正規の k-mer をダンプします
- 入力シーケンス内の k<=200000 である k の任意のサイズの k-mer をクエリします。
- 入力シーケンスの最も長く繰り返される部分文字列を検索します。
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル、コマンドライン
プログラミング言語
C
カテゴリー
これは、https://sourceforge.net/projects/universal-mer/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
