asndisc - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

asndisc - ASN.1 생물학적 서열 기록에 불일치가 있는지 확인하세요.

개요

asndisc [-] [-B] [-C N] [-F] [-I 통로] [-L 하위 버전] [-N 파일 이름] [-P 하위 버전] [-R] [-S] [-T]
[-X 테스트] [-Z] [-a 하위 버전] [-b] [-c] [-d 테스트] [-e 테스트] [-f] [-i 파일 이름] [-k] [-l]
[-o 파일 이름] [-p 통로] [-r DIR] [-s 내선] [-t] [-u] [-w 파일 이름] [-x 하위 버전]

기술

asndisc ASN.1 형식의 생물학적 서열 기록을 확인하는 명령줄 도구입니다.
불일치.

옵션

아래에 옵션 요약이 포함되어 있습니다.

- 사용 메시지 인쇄

-B 빅 시퀀스 보고서

-C N 최대 수

-F 제품명 목록 수정

-I 통로
인덱싱된 바이너리 ASN.1 데이터의 경로

-L 하위 버전 사용할 리니지

-N 파일 이름
확인할 제품명 목록이 포함된 파일

-P 하위 버전 보고서 유형
g 게놈
b 큰 시퀀스
m 메가리포트
t 태그 포함
s 슈퍼유저용 태그

-R ID에서 원격 가져오기

-S 요약 보고서

-T 스레드 사용

-X 테스트
보고서 카테고리 확장(아래 나열된 대로 쉼표로 구분된 테스트 이름 목록 또는
모두).

-Z 원격 CDS 제품 가져오기

-a 하위 버전 ASN.1 유형
a 모두(기본값)
전자 시퀀스 항목
b 바이오시크
s bioseq 세트
m 시퀀스 제출
t 배치 bioseq 세트
u 배치 시퀀스 제출

-b 배치 파일은 바이너리입니다

-c 배치 파일이 압축됨

-d 하위 버전 테스트를 비활성화합니다(아래 나열된 대로 쉼표로 구분된 테스트 이름 목록).

-e 하위 버전 테스트를 활성화합니다(아래 나열된 대로 쉼표로 구분된 테스트 이름 목록).

-f 기능 테이블 출력 형식 사용

-i 파일 이름
단일 입력 파일(기본적으로 표준 입력)

-k 로컬 가져오기

-l 구성요소를 미리 로드하세요.

-o 파일 이름
단일 출력 파일

-p 통로
ASN.1 파일 경로

-r DIR 출력 디렉토리

-s 내선 출력 파일 접미사(.dr 기본적으로)

-t 큰 테스트 세트

-u 재귀

-w 파일 이름
의심되는 제품 규칙 파일 이름

-x 하위 버전 파일 선택 하위 문자열(.sqn 기본적으로)

유효한 시험 준비 프로그램
MISSING_GENES, EXTRA_GENES, MISSING_LOCUS_TAGS, DUPLICATE_LOCUS_TAGS,
BAD_LOCUS_TAG_FORMAT, INCONSISTENT_LOCUS_TAG_PREFIX, NON_GENE_LOCUS_TAG,
DISC_COUNT_NUCLEOTIDES, MISSING_PROTEIN_ID, INCONSISTENT_PROTEIN_ID,
FEATURE_LOCATION_CONFLICT, GENE_PRODUCT_CONFLICT, DUPLICATE_GENE_LOCUS, EC_NUMBER_NOTE,
유사_MISMATCH, JOINED_FEATURES, OVERLAPPING_GENES, OVERLAPPING_CDS, CONTAINED_CDS,
RNA_CDS_OVERLAP, SHORT_CONTIG, INCONSISTENT_BIOSOURCE, SUSPECT_PRODUCT_NAMES,
DISC_PRODUCT_NAME_TYPO, DISC_PRODUCT_NAME_QUICKFIX, INCONSISTENT_SOURCE_DEFLINE,
PARTIAL_CDS_COMPLETE_SEQUENCE, EC_NUMBER_ON_UNKNOWN_PROTEIN, TAX_LOOKUP_MISSING,
TAX_LOOKUP_MISMATCH, SHORT_SEQUENCES, SUSPECT_PHRASES, DISC_SUSPICIOUS_NOTE_TEXT,
COUNT_TRNAS, FIND_DUP_TRNAS, FIND_BADLEN_TRNAS, FIND_STRAND_TRNAS, COUNT_RRNAS,
FIND_DUP_RRNAS, RNA_NO_PRODUCT, TRANSL_NO_NOTE, NOTE_NO_TRANSL, TRANSL_TOO_LONG,
CDS_TRNA_OVERLAP, COUNT_PROTEINS, DISC_FEAT_OVERLAP_SRCFEAT, MISSING_GENPRODSET_PROTEIN,
DUP_GENPRODSET_PROTEIN, MISSING_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID,
DISC_DUP_GENPRODSET_TRANSCRIPT_ID, DISC_PERCENT_N, N_RUNS, ZERO_BASECOUNT,
ADJACENT_PSEUDOGENES, NO_ANNOTATION, DISC_INFLUENZA_DATE_MISMATCH, DISC_SHORT_INTRON,
DISC_MISSING_VIRAL_QUALS, DISC_SRC_QUAL_PROBLEM, DISC_MISSING_SRC_QUAL, DISC_DUP_SRC_QUAL,
DISC_DUP_SRC_QUAL_DATA, DISC_HAPLOTYPE_MISMATCH, DISC_FEATURE_MOLTYPE_MISMATCH,
DISC_CDS_WITHOUT_MRNA, DISC_EXON_INTRON_CONFLICT, DISC_FEATURE_COUNT,
DISC_SPECVOUCHER_TAXNAME_MISMATCH, DISC_GENE_PARTIAL_CONFLICT,
DISC_FLATFILE_FIND_ONCALLER, DISC_CDS_PRODUCT_FIND, DISC_DUP_DEFLINE,
DUP_DISC_ATCC_CULTURE_CONFLICT, DISC_USA_STATE, DISC_INCONSISTENT_MOLTYPES,
DISC_SUBMITBLOCK_CONFLICT, DISC_POSSIBLE_LINKER, DISC_TITLE_AUTHOR_CONFLICT,
DISC_BAD_GENE_STRAND, DISC_MAP_CHROMOSOME_CONFLICT, DISC_RBS_WITHOUT_GENE,
DISC_CITSUBAFFIL_CONFLICT, DISC_REQUIRED_CLONE, DISC_SOURCE_QUALS_ASNDISC,
DISC_mRNA_ON_WRONG_SEQUENCE_TYPE, DISC_RETROVIRIDAE_DNA, DISC_CHECK_AUTH_CAPS,
DISC_CHECK_RNA_PRODUCTS_AND_COMMENTS, DISC_MICROSATELLITE_REPEAT_TYPE,
DISC_MITOCHONDRION_REQUIRED, DISC_UNPUB_PUB_WITHOUT_TITLE, DISC_QUALITY_SCORES,
DISC_INTERNAL_TRANSCRIBED_SPACER_RRNA, DISC_PARTIAL_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_PROBLEMS,
DISC_BACTERIAL_PARTIAL_NONEXTENDABLE_EXCEPTION, DISC_SUSPECT_RRNA_PRODUCTS,
DISC_SUSPECT_MISC_FEATURES, DISC_BACTERIA_MISSING_STRAIN, DISC_MISSING_DEFLINES,
DISC_MISSING_AFFIL, DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_ISOLATE,
DISC_BACTERIA_SHOULD_NOT_HAVE_MRNA, DISC_CDS_HAS_NEW_EXCEPTION,
DISC_TRINOMIAL_SHOULD_HAVE_QUALIFIER, DISC_METAGENOME_SOURCE,
ONCALLER_GENE_MISSING, ONCALLER_SUPERFLUOUS_GENE, DISC_SHORT_RRNA,
ONCALLER_CHECK_AUTHORITY, ONCALLER_CONSORTIUM,
ONCALLER_STRAIN_CULTURE_COLLECTION_MISMATCH, ONCALLER_MULTISRC,
ONCALLER_MULTIPLE_CULTURE_COLLECTION, DISC_SEGSETS_PRESENT, DISC_NONWGS_SETS_PRESENT,
DISC_FEATURE_LIST, DISC_CATEGORY_HEADER, DISC_MISMATCHED_COMMENTS,
DISC_STRAIN_TAXNAME_MISMATCH, DISC_HUMAN_HOST, DISC_BAD_BACTERIAL_GENE_NAME,
TEST_BAD_GENE_NAME, ONCALLER_ORDERED_LOCATION, ONCALLER_COMMENT_PRESENT,
ONCALLER_DEFLINE_ON_SET, ONCALLER_HIV_RNA_INCONSISTENT, SHORT_PROT_SEQUENCES,
TEST_EXON_ON_MRNA, TEST_HAS_PROJECT_ID, ONCALLER_HAS_STANDARD_NAME,
ONCALLER_MISSING_STRUCTURED_COMMENTS, DISC_REQUIRED_STRAIN,
MISSING_GENOMEASSEMBLY_COMMENTS, DISC_BACTERIAL_TAX_STRAIN_MISMATCH,
TEST_CDS_HAS_CDD_XREF, TEST_UNUSUAL_NT, TEST_LOW_QUALITY_REGION,
TEST_ORGANELLE_NOT_GENOMIC, TEST_UNWANTED_SPACER, TEST_ORGANELLE_PRODUCTS,
TEST_SP_NOT_UNCULTURED, TEST_BAD_MRNA_QUAL, TEST_UNNECESSARY_ENVIRONMENTAL,
TEST_UNNECESSARY_VIRUS_GENE, TEST_UNWANTED_SET_WRAPPER, TEST_MISSING_PRIMER,
TEST_UNUSUAL_MISC_RNA, TEST_AMPLIFIED_PRIMERS_NO_ENVIRONMENTAL_SAMPLE,
TEST_DUP_GENES_OPPOSITE_STRANDS, TEST_SMALL_GENOME_SET_PROBLEM, TEST_OVERLAPPING_RRNAS,
TEST_MRNA_SEQUENCE_MINUS_STRAND_FEATURES, TEST_TAXNAME_NOT_IN_DEFLINE,
TEST_COUNT_UNVERIFIED, SHOW_TRANSL_EXCEPT, SHOW_HYPOTHETICAL_CDS_HAVING_GENE_NAME,
TEST_DEFLINE_PRESENT, TEST_MRNA_OVERLAPPING_PSEUDO_GENE, FIND_OVERLAPPED_GENES,
DISC_BIOMATERIAL_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CULTURE_TAXNAME_MISMATCH, DISC_CHECK_AUTH_NAME,
NON_RETROVIRIDAE_PROVIRAL, RNA_PROVIRAL, SHORT_SEQUENCES_200, DISC_10_PERCENTN, N_RUNS_14,
MOLTYPE_NOT_MRNA, TECHNIQUE_NOT_TSA, MISSING_STRUCTURED_COMMENT, MISSING_PROJECT,
MULTIPLE_CDS_ON_MRNA, DUP_DISC_CBS_CULTURE_CONFLICT, DIVISION_CODE_CONFLICTS,
RRNA_NAME_CONFLICTS, EUKARYOTE_SHOULD_HAVE_MRNA, MRNA_SHOULD_HAVE_PROTEIN_TRANSCRIPT_IDS,
ONCALLER_COUNTRY_COLON, ONCALLER_BIOPROJECT_ID, ONCALLER_STRAIN_TAXNAME_CONFLICT

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 asndisc를 사용하세요.