이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 autogrid4 명령입니다.
프로그램:
이름
autogrid - AutoDock 분석을 위한 단백질 및 리간드 준비
개요
오토그리드4 [옵션] -p 그리드 매개변수 파일
기술
자동 그리드 비공유 상호 작용 에너지의 3D 그리드 표현을 준비합니다.
다양한 사용자 지정 리간드 원자 유형이 사용자 지정 대상 주변에서 발생합니다.
거대 분자. 또한, 정전기 전위 및 탈용매화 자유 에너지 그리드
지도도 계산할 수 있습니다. 그리드 맵은 다음과 같은 일반 텍스트 파일에 저장됩니다.
확장자는 '.map'이며 도킹을 수행하려면 AutoDock 4에 필요합니다. 오토그리드도
그리드 상자의 공간 범위를 설명하는 '.xyz' 파일과 AVS를 출력합니다.
원자 친화성 그리드 맵의 일관된 세트를 설명하는 필드 '.fld' 파일
주어진 대상 거대 분자에 대해 함께 계산되었습니다. 참고: 다음을 수행해야 합니다.
리간드 또는 리간드 세트의 모든 원자 유형에 대한 그리드 맵을 계산합니다.
도킹, 정전기 전위 그리드 맵 및 탈용매화 자유 에너지 맵.
예를 들어, 리간드에 지방족 탄소와 수소 결합을 허용하는 산소가 있는 경우
atom의 경우 'C' 맵과 'OA' 맵을 모두 계산해야 합니다. 보다
http://autodock.scripps.edu/faqs-help/faq/where-do-i-set-the-autodock-4-force-field-
AutoDock 4 원자 유형에 대한 자세한 내용은 매개변수를 참조하십시오.
AutoGrid에 대한 입력은 프로그램 제품군 AutoDockTools로 가장 잘 준비됩니다. 없다
그리드 없이 autodock4를 실행하는 방법.
옵션
-o 이전 PDBq 형식 사용(열 55-61의 q)
-u 사용 정보, 데비안에서는 -h도 있습니다.
-d 디버깅에 도움이 되도록 메시지의 자세한 정도를 높였습니다.
-l 로그 파일
-p filename 그리드 매개변수 파일을 지정합니다.
예
다음과 같이 사용할 수 있는 AutoGrid 소스와 함께 다양한 테스트를 사용할 수 있습니다.
$ D=/usr/share/doc/autogrid/테스트
$ cd / TMP
$ ln -s $D/AD4_parameters.dat .
$ gunzip -c $D/hsg1_sm.pdbqt.gz > hsg1_sm.pdbqt
$ autogrid4 -p $D/hsg1_no_receptor_types.gpf -l hsg1_no_receptor_types.glg
이 명령은 다음에 지정된 각 AutoDock 원자 유형에 대한 그리드 맵 파일을 준비합니다.
그리드 매개변수 파일(이 경우: hsg1_sm.A.map, hsg1_sm.C.map, hsg1_sm.d.map,
hsg1_sm.e.map, hsg1_sm.HD.map, hsg1_sm.NA.map, hsg1_sm.N.map, hsg1_sm.OA.map), AVS
필드 파일(hsg1_sm.maps.fld) 및 hsg1_sm.maps.xyz. 코킹 계산을 수행하려면
AutoDock을 실행해야 하지만 별도의 도킹 매개변수 파일이 필요합니다(
확장자 .dpf). 'DPF'는 도킹에 필요한 그리드 맵 파일을 의미합니다.
검색 방법 및 방법과 같은 기타 중요한 매개변수를 설정할 수 있습니다.
수행할 많은 도킹.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 autogrid4 사용
