bp_flanksp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

bp_flanks - 시퀀스 위치에서 변형에 대한 플랭킹 시퀀스 찾기

개요

bp_flanks --위치 POS [-p POS ...] [--flanklen INT]
가입 | 파일 이름

기술

이 스크립트를 사용하면 관심 영역 주변의 하위 시퀀스를 추출할 수 있습니다.
기존 시퀀스. 헤더 라인이 있는 fasta 형식 시퀀스 항목의 출력
위치에 대한 추가 정보를 포함합니다.

옵션

스크립트는 로컬 파일 시스템의 파일 이름인 이름 없는 인수 하나를 사용합니다.
또는 뉴클레오티드 서열 접근 번호.

-p 위치는 간단한 뉴클레오티드 서열 특징 테이블을 사용합니다.
--관심 영역을 정의하는 위치 표기법, 일반적으로
측면이 있는 SNP 또는 미소부수체 반복
한정된.

하나 이상의 위치 옵션이 있을 수 있습니다.
한 위치 옵션에 쉼표로 구분된 목록을 제공하십시오.

위치 형식은 다음과 같습니다.

[ID:] 정수 | 범위 | 사이 [-]

선택적 id는 새 이름을 호출하려는 이름입니다.
순서. 그것이 부여되지 않은 경우 실행 번호를
밑줄이 있는 항목 이름.

위치는 포인트(예: 234), 범위(예:
250..300) 또는 뉴클레오티드 사이의 삽입점
(예: 234^235)

위치가 소스 내에 완전히 포함되지 않은 경우
시퀀스 출력 시퀀스가 ​​잘리고
경고를 인쇄합니다.

위치 끝에 있는 선택적 하이픈[-]
검색된 시퀀스를 원하는지 나타냅니다.
반대 가닥에서.

-f 기본값은 100입니다. 이것은 뉴클레오티드의 길이입니다.
--주어진 위치의 양쪽에서 검색된 flanklen 시퀀스.

소스 파일에 포함되어 있지 않은 경우

출력 FORMAT

출력은 설명 파일에 tag=value 쌍이 포함된 fasta 형식의 항목입니다.
원본 시퀀스에서 하위 시퀀스가 ​​취해진 위치에 대한 정보.

fasta 항목의 ID는 하이픈으로 연결된 명령줄에 지정된 이름입니다.
소스 시퀀스의 파일 이름 또는 가입. 일련의 연속적인 ID가 주어지지 않은 경우
정수가 사용됩니다.

tag=value 쌍은 다음과 같습니다.

오리포스=정수
소스 파일의 위치

가닥=1|-1
소스 서열과 비교한 서열의 가닥

대립 유전자=int
현재 항목에서 관심 영역의 위치입니다. 태그는 사용한 것과 동일합니다.
작성자: dbSNP@NCBI

이 시퀀스는 대립유전자 변형 위치를 대문자로 표시하고 나머지는 강조 표시합니다.
시퀀스의 소문자.

예

% bp_flanks ~/seq/ar.embl

>1_/HOME/HEIKKI/SEQ/AR.EMBL 오리포스=100 가닥=1 대립유전자=100
taataactcagttcttatttgcacctacttcagtggacactgaatttggaaggtggagga
ttttgttttttcttttaagatctgggcatcttttgaatCtacccttcaagtattaagag
acagactgtgagcctagcagggcagatcttgtccaccgtgtgtcttcttctgcacgagac
tttgaggctgtcagagcgct

ALL

입력 파일은 EMBL 형식으로 간주되며 시퀀스는 다음에서만 검색됩니다.
EMB 데이터베이스. 이것을 더 일반적으로 만들고 레지스트리를 사용하십시오.

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버그를 계속 추적할 수 있도록 Bioperl 버그 추적 시스템에 버그를 보고하십시오.
해결. 버그 보고서는 웹을 통해 제출할 수 있습니다.

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저자 - 헤이 키 레바슬라이호

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onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 bp_flanksp 사용