bp_panalytic.plp - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

panalytic.PLS - 분석 도구에 액세스하는 방법에 대한 예제/자습서 스크립트

개요

# 로컬 파일에서 시퀀스로 분석을 실행합니다.
./panalytic.PLS -n 'edit.seqret'-w -r \
Sequence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

아래 텍스트에서 더 많은 예를 확인하세요.

기술

실행 및 실행을 위한 모듈인 "Bio::Tools::Run::Analytic" 모듈의 사용 방법을 보여주는 클라이언트
로컬 또는 원격 분석 도구를 제어합니다. 또한
"Bio::Tools::Run::AnalyticFactory" 모듈, 사용 가능한 분석 목록을 제공하는 모듈입니다.

기본적으로 이 클라이언트는 분석 모듈을 사용하는 방법과
테스트해 보세요. 그러나 많은 방법을 다루기 위해 많은 옵션이 있기 때문에
가능하며 액세스를 위한 완전한 기능을 갖춘 명령줄 클라이언트로도 사용할 수 있습니다.
다양한 분석 도구.

정의 위치 and ACCESS 방법
"panalytic.PLS"는 원격 분석(분석)에 대한 액세스 방법에 독립적입니다.
다른 컴퓨터에서 실행 중). 분석 결과를 전달하는 데 사용되는 방법은 다음과 같습니다.
기본값은 "-A" 옵션으로 정의됩니다. 비누. 다른 가능한 값(아님
아직 지원되지만 곧 제공될 예정임) 코르바 and 지방의.

각 액세스 방법은 위치를 정의하는 매개변수 "-l"에 대해 서로 다른 의미를 가질 수 있습니다.
분석 도구에 대한 액세스를 제공하는 서비스입니다. 예를 들어, 비누 액세스에는 URL이 필요합니다
"-l" 옵션에서 웹 서비스의 코르바 액세스는 여기에서 문자열화된 것을 찾을 수 있습니다.
IOR(상호 운용 가능 개체 참조).

기본 위치는 비누 액세스는 "http://www.ebi.ac.uk/soaplab/services" 어느
유럽 ​​생물정보학 연구소(European Bioinformatics Institute)에서 운영되는 XNUMX개 이상의 서비스를 대표합니다.
EMBOSS 분석(및 기타 몇 가지 분석)

유효한 복수
"panalytic.PLS"는 사용 가능한 분석 목록을 표시할 수 있습니다(주어진 사용하여 지정된 위치에서).
액세스 방법). "-L" 옵션은 모든 분석을 표시하고, "-c" 옵션은 사용 가능한 모든 분석을 나열합니다.
카테고리(카테고리는 기능이나 처리가 유사한 분석 그룹입니다.
유사한 유형의 데이터), 마지막으로 "-C" 옵션은 내에서 사용 가능한 분석만 표시합니다.
주어진 카테고리.

이러한 모든 기능은 "Bio::Tools::Run::AnalyticFactory" 모듈에서 제공됩니다.
(각각 액세스 종속 하위 클래스 중 하나에 의해) 모듈에는 공장
이 스크립트에서는 사용되지 않는 "create_analytic" 메소드입니다.

예배
"서비스"는 분석 도구의 더 높은 수준의 추상화입니다. 우물을 이해한다
정의된 인터페이스(모듈 "Bio::AnalyticI", 이 스크립트를 허용하는 사실)
다양한 서비스에 대한 액세스 프로토콜에 독립적입니다.

서비스 이름은 "-n" 옵션으로 지정해야 합니다. 이 옵션은 다음 경우에만 생략할 수 있습니다.
위에서 설명한 "팩토리" 메서드만 호출했습니다.

각 서비스(분석 도구, 프로그램 또는 응용 프로그램을 나타냄)에는 고유한 속성이 있습니다.
설명, "-a"(분석 이름, 유형 등), "-i", "-I" 옵션을 사용하여 사용 가능
(분석 입력 데이터의 사양, 가장 중요한 것은 이름입니다) 및 "-o", "-O"
(결과 이름 및 유형). "-d" 옵션은 가장 자세한 설명을 제공합니다.
XML 형식.

서비스 설명은 훌륭하지만 가장 중요한 것은 호출에 서비스를 사용하는 것입니다.
기본 분석 도구. 각 호출에 대해 서비스는 "작업"을 생성하고 이를 제공합니다.
입력 데이터로. (a) 작업 생성, (b) 작업 실행, (c) 대기의 세 단계가 있습니다.
그것의 완성을 위해. 이에 따라. 세 가지 옵션이 있습니다: 방금 생성하는 "-b"
작업(빌드), 작업을 생성하고 실행하는 "-x", 마지막으로 "-w"
작업을 생성하고 실행한 후 작업이 완료될 때까지 클라이언트를 차단합니다. 항상 다음 중 하나만
이러한 옵션이 사용됩니다(따라서 "panalytic.PLS"와 같은 옵션을 더 많이 사용하는 것은 의미가 없습니다).
"-x", "-w" 및 "-b" 순서로 우선순위를 지정합니다.

이러한 옵션은 모두 명령줄에서 입력 데이터를 가져오고(다음 섹션 참조)
이들 모두는 (내부적으로) 작업을 나타내는 객체를 반환합니다. 많은 방법이 있습니다
(옵션) 작업 개체를 처리합니다(이에 대한 다음 섹션을 하나씩 참조하세요).

이 섹션의 마지막 참고 사항: "-b" 옵션은 실제로 선택 사항입니다.
명령줄에 일부 입력 데이터가 있는 경우 이 옵션을 사용하지 않습니다. 너 있다 에
그러나 분석 도구에 데이터를 전달하지 않는 경우에는 이를 사용하십시오(예:
유명한 "Classic::HelloWorld" 서비스).

입력 데이터
입력 데이터는 이름/값 쌍으로 제공되며, 사이에 등호를 사용하여 명령줄에 입력됩니다.
이름과 가치. 만약 가치 부분은 이스케이프되지 않은 문자 "@"로 시작하며
로컬 파일 이름과 "panalytic.PLS"는 파일을 읽고 그 내용을 대신 사용합니다.
예 :

파분석.PLS -n edit.seqret -w -r
sequence_direct_data='tatatctcccc' osformat=embl

파분석.PLS ...
Sequence_direct_data=@/my/data/my.seq

입력 데이터의 이름은 "-i"로 표시할 수 있는 "입력 사양"에서 나옵니다.
또는 "-I" 옵션. 입력 사양(옵션 "-I" 사용 시)도 표시됩니다.
입력 - 허용되는 값 목록입니다. 그러나 사양에는 어떤 입력이 입력되는지 알려주지 않습니다.
데이터는 상호 배타적이거나 다른 제약이 적용됩니다. 충돌이 있는 경우,
나중에(작업이 시작되기 전) 오류 메시지가 생성됩니다.

"-b", "-x" 또는 "-w" 옵션 중 하나가 있을 때 입력 데이터가 사용되지만 옵션은
"-j"가 없습니다(이 작업 옵션에 대한 다음 섹션 참조).

일
각 서비스("-n" 옵션에 지정된 이름으로 정의됨)는 하나 이상 실행될 수 있습니다.
동일하지만 일반적으로 입력 데이터가 다릅니다. 각 실행은 일
대상. 실제로 작업이 실행되기 전에도 작업이 생성됩니다("-b" 옵션을 기억하세요).
작업을 빌드하지만 아직 실행하지는 않습니다).

실행 여부에 관계없이 모든 작업은 지속되며 나중에 다른 작업에서 다시 사용할 수 있습니다.
"panalytic.PLS" 스크립트 호출. 다음을 사용하여 작업을 명시적으로 삭제하지 않는 한
옵션 "-z".

옵션 "-b", "-x" 및 "-w"(및 입력 데이터)로 생성된 작업은 다음에서 액세스할 수 있습니다.
다양한 작업 관련 옵션을 사용하는 동일한 "panalytic.PLS" 호출에서 가장 중요한 것은 다음과 같습니다.
완료된 작업에서 결과를 검색하려면 "-r" 및 "-R"을 사용합니다.

그러나 이전 호출로 생성된 작업을 다시 생성할 수도 있습니다. 당신이
작업 ID를 알고 있습니다("panalytic.PLS"는 새 작업이 발생할 때 항상 표준 오류에 인쇄합니다).
생성됨), "-j" 옵션을 사용하여 작업을 다시 생성합니다.

예:

./panalytic.PLS -n 'edit.seqret'
Sequence_direct_data=@/home/testdata/my.seq

다음을 인쇄합니다.

JOB ID: edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-8000

다음 호출(작업 실행, 작업 완료 대기 및 작업 상태 표시 요청)
될 수 있습니다 :

./panalytic.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-w -s

그리고 나중에 또 다른 호출이 결과를 요청할 수 있습니다.

./panalytic.PLS -n 'edit.seqret'
-j edit.seqret/bb494b:ef55e47c99:-800
-r

다음은 모든 작업 옵션 목록입니다(결과 제외, 다음 섹션에 있음).

작업 실행 및 종료
작업 실행 및 실행을 위한 동일한 옵션 "-x" 및 "-w"가 있습니다.
위에서 설명한 대로 완료를 기다리고 있습니다. 하지만 이제 옵션이 적용됩니다.
"-j" 옵션으로 제공된 작업은 이제 명령의 입력 데이터를 사용하지 않습니다.
라인(작업이 생성될 때 입력 데이터를 사용해야 함).

또한 실행 중인 작업을 종료하는 "-k" 옵션도 있습니다.

직무특성
다른 옵션은 작업 상태("-s", 작업 실행 시간("-t" 및
"-T" 및 작업에 발생한 마지막 사용 가능한 이벤트에 대한 정보("-e")입니다. 참고하세요
이벤트 알림이 아직 완전히 구현되지 않았으므로 이 옵션은
앞으로 더 많은 알림 기능을 반영할 예정입니다.

결과
물론 분석 도구에서 가장 중요한 것은 결과입니다. 결과는
입력 데이터와 비슷한 방식으로 이름이 지정되며 다음을 사용하여 한 번에 모두 검색할 수 있습니다.
옵션 "-r"(실제로 이름을 알 필요가 없음)을 지정하거나 (all 또는
일부) "-R" 옵션을 사용한 결과 이름.

결과가 존재하지 않는 경우(아직 존재하지 않거나 이름이 잘못된 경우) undef 값은 다음과 같습니다.
반환되었습니다(오류 메시지가 생성되지 않음).

일부 결과는 터미널에 표시하는 대신 파일에 직접 저장하는 것이 더 좋습니다.
창(이것은 진 대부분 이미지가 포함된 결과). "파분석.PLS"
바이너리 결과를 자동으로 로컬 파일에 저장하여 처리하는 데 도움이 됩니다(실제로는
"Bio::Tools::Run::Analytic" 모듈과 바이너리 작업에 도움을 주는 하위 모듈입니다.
데이터).

그렇다면 파일에 대한 전통적인 쉘 리디렉션을 사용하지 않는 이유는 무엇입니까? 두 가지 이유가 있습니다.
첫째, 작업은 하나 이상의 결과를 생성할 수 있으므로 서로 혼합됩니다. 하지만
주로 각 결과는 숫자가 알려지지 않은 여러 부분으로 구성될 수 있기 때문입니다.
하나의 파일에 함께 혼합할 수 없습니다. 다시 말하지만, 이는 다음의 경우에 일반적입니다.
이미지를 반환하는 이진 데이터 - 호출로 많은 이미지가 생성될 수 있습니다.

"-r" 옵션은 사용 가능한 모든 결과를 검색하고 '?'
아래 형식을 사용하세요.

"-R" 옵션에는 쉼표로 구분된 결과 이름 목록이 있으며, 각 이름은 다음과 같습니다.
간단한 이름("-o"를 사용하여 얻을 수 있는 "결과 사양"에 지정됨)
또는 "-O" 옵션) 또는 수행할 작업을 제안하는 등호로 구분된 이름/형식 구성
결과로. 가능성은 다음과 같습니다:

결과 이름
표준 출력에 주어진 결과를 인쇄합니다.

결과 이름=파일 이름
주어진 결과를 주어진 파일에 저장합니다.

결과 이름=@
주어진 결과를 이름이 자동으로 생성된 파일에 저장합니다.
다음 호출에서 동일한 이름이 사용되지 않도록 보장합니다.

결과=이름=@템플릿
주어진 결과를 "템플릿"에 의해 이름이 지정된 파일에 저장합니다. 그만큼
템플릿에는 템플릿을 사용하기 전에 대체되는 여러 문자열이 포함될 수 있습니다.
파일 이름:

어느 '*'
고유번호로 대체됩니다.

$ANALYSIS 또는 ${ANALYSIS}
현재 분석 이름으로 대체됩니다.

$RESULT 또는 ${RESULT}
현재 결과 이름으로 대체됩니다.

결과로 무엇을 해야 할지 어떻게 알 수 있나요? 각 결과 이름

또한 템플릿을 환경 변수로 제공할 수 있습니다.
"RESULT_FILENAME_TEMPLATE". 이러한 변수는 해당 형식을 갖는 모든 결과에 사용됩니다.
간단한 "?" 또는 "@" 문자.

결과 이름=?
먼저 주어진 결과가 바이너리인지 아닌지를 결정합니다. 그런 다음 이진 결과
이름이 자동으로 생성된 로컬 파일에 저장되며, 다른 결과는
표준 출력으로 보내집니다.

결과 이름=?템플릿
위와 동일하지만 바이너리 파일의 파일 이름은 주어진 것에서 추론됩니다.
템플릿(위에 설명된 것과 동일한 규칙 사용)

예 :

-r
-R 보고서
-R 보고서, outseq
-R Graphics_in_PNG=@
-R Graphics_in_PNG=@$ANALYSIS-*-$RESULT

결과 형식은 향후 기존 데이터 유형을 사용하여 강화될 예정입니다.
bioperl의 파서.

피드백

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사용자 피드백은 이 모듈과 다른 Bioperl 모듈의 진화에서 필수적인 부분입니다. 보내다
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대단히 감사합니다.

[이메일 보호] - 일반 토론
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - 메일링 리스트에 대해

통계 보고서 버그
Bioperl 버그 추적 시스템에 버그를 보고하여 버그와 버그를 추적하는 데 도움이 됩니다.
해결. 버그 보고서는 웹을 통해 제출할 수 있습니다.

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_panalytic.plp를 사용하세요.