이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 dialign-tx 명령입니다.
프로그램:
이름
dialign-tx - 세그먼트 기반 다중 시퀀스 정렬
개요
dialign-tx [옵션] {conf-디렉토리} {패스트 파일} [패스트 아웃 파일]
기술
DIALIGN-TX는 세그먼트 기반 다중 단백질 정렬을 위한 개선된 알고리즘입니다.
DIALIGN-TX는 여러 세그먼트 기반 접근 방식을 완전히 재구현한 것입니다.
출력 품질을 크게 향상시키는 새로운 개선 및 휴리스틱
DIALIGN 2.2와 비교한 정렬. 이 상당한 우월성은
로컬 및 글로벌 정렬 벤치마크에서.
옵션
-d
디버그 모드 [기본값 0]
0 디버그 문 없음
1 처리의 현재 단계를 디버그합니다.
2 매우 수다스러운 디버깅
5 하드코어 디버깅
-s
입력 시퀀스의 최대 양[DEFAULT 5000].
-a
FASTA 파일의 라인당 최대 문자 수[기본값 100].
-c
시퀀스를 인쇄할 때 라인당 최대 문자 수[DEFAULT 80].
-l
민감도 모드, 레벨이 높을수록 가짜 임의 조각이 덜 발생합니다.
로컬 정렬로 정렬 [DEFAULT 0]
0 꺼짐
1 레벨-1, 감도 감소
2 레벨-2, 민감도 크게 감소
-m
스코어 매트릭스 파일 이름(구성 디렉토리에 있음) [DEFAULT PROTEIN: BLOSUM.scr]
/ [기본 DNA: dna_matrix.scr].
-w
가중치 공식을 1-pow(1-prob, factor)로 변경 시 최소 가중치 정의
[기본값 0.000000065].
-p
확률 분포 파일 이름(구성 디렉토리에 있음) [DEFAULT PROTEIN:
BLOSUM.diag_prob_t10] / [기본 DNA: dna_diag_prob_100_exp_550000].
-v
각 점수에 추가합니다(음수 값을 방지하기 위해) [DEFAULT 0].
-t
서열 정렬에 대한 낮은 점수에 대한 "짝수" 임계값 [DEFAULT PROTEIN: 4] / [DEFAULT
DNA: 0].
-n
낮은 점수 위치를 포함하는 창의 최대 연속 위치 수
[기본 단백질: 4] / [기본 DNA: 1].
-g
중지 기준에 대한 전역 최소 조각 길이 [DEFAULT PROTEIN: 40] / [DEFAULT
DNA: 1].
-m
낮은 점수 위치를 포함하는 조각 창에서 허용되는 최소 평균 점수 [DEFAULT
단백질: 4.0] / [디폴트 DNA: 0.9].
-o
중복 가중치 계산 여부 [DEFAULT 0].
-f
최소 조각 길이[기본값 1].
-r
프래그먼트를 전혀 고려하지 않는 임계값 가중치 [DEFAULT 0.0].
-u
[기본값 0]
1: 이웃 시퀀스의 sqrt(amount_of_seqs) 스트라이프만 사용하여
쌍별 정렬을 계산합니다(성능 향상).
0: 모든 쌍별 정렬이 계산됩니다.
-A
선택적 앵커 파일. [기본값 없음]
-D
입력은 DNA 시퀀스입니다.
-T
DNA를 처음부터 끝까지 아미노산으로 변환합니다(길이는 mod 3 = 0으로 절단됨).
경고
사용하지 마세요 -D 이 옵션을 사용합니다(PROTEIN 입력의 기본값이 로드됨).
-L
가장 긴 Open Reading Frame만 비교하십시오.
경고
사용하지 마세요 -D 이 옵션을 사용합니다(PROTEIN 입력의 기본값이 로드됨).
-O
DNA를 아미노산으로 번역하고 각 시퀀스에 대한 프레임을 판독합니다.
가장 긴 ORF
경고
사용하지 마세요 -D 이 옵션을 사용합니다(PROTEIN 입력의 기본값이 로드됨).
-P
아미노산으로 출력, DNA 서열의 재번역 없음 [DEFAULT: 입력 = 출력].
-F
빠른 모드(이미 감도를 상당히 감소시키므로 -l0을 의미함).
-C
/usr/share/dialign-tx/prob_table에 저장된 확률 테이블을 생성하고 종료합니다.
-H, -h
이 메시지를 인쇄하십시오.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 dialign-tx 사용