Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 efetch 명령입니다.
프로그램:
이름
efetch - 시퀀스 데이터베이스에서 항목을 검색합니다.
개요
가져오기 옵션 [데이터 베이스:]
기술
90년대 후반에 fetch는 매우 빠르게 항목을 검색하는 매우 인기 있는 도구였습니다.
가장 일반적인 공공 생물정보학 서열 및 모티프 데이터베이스.
데이터베이스
SWissprot/SP, PIR, WOrmpep/WP, EMbl, GEnbank/GB, ProDom, ProSite
옵션:
-a 수탁 번호로 검색
-f Fasta 형식 출력
-q 시퀀스만 출력(한 줄)
-s <#> 위치 #에서 시작
-e <#> 위치 #에서 정지
-o 추가 옵션 및 정보...
-D 데이터베이스 디렉토리 지정
-H 색인 헤더 데이터 표시
-p 검색 경로에 항목 이름 표시
-r '원시' 형식으로 시퀀스 인쇄
-m 혼합 미니 데이터베이스에서 가져오기
-M 미니 포맷 출력
-b 바이트 순서를 뒤집지 마십시오(SunOS, IRIX는 뒤집고 Alpha는 뒤집지 않음).
-d 데이터베이스 파일 지정(이것을 피하십시오)
-i 색인 파일 지정(이것을 피하십시오)
-l 분할 조회 테이블 지정(이를 피하십시오)
-B 데이터베이스 지정(구식)
-A 수탁 번호에 대한 항목 이름만 반환
-n 시퀀스에 이 이름을 지정하십시오.
-x 항목 이름과 정확히 일치하는 쿼리를 요구하지 않음(방지)
-w Wormpep의 경우: 상호 참조된 SwissProt 항목도 가져옵니다.
-h 이 도움말 텍스트를 보여줍니다
환경
SWDIR = SwissProt 디렉토리 - 데이터베이스 및 EMBL 인덱스 파일 PIRDIR = PIR
-- " -- WORMDIR = 웜펩 -- " -- 엠블디르 = 엠블디르 -- " -- GBDIR =
젠뱅크 -- " -- PRODOMDIR = 프로돔 -- " -- PROSITEDIR = 프로사이트 -- " -- DBDIR
= 사용자 자신 -- " -- (파스타 형식)
SEQDB 데이터베이스 파일(기본 SwissProt)
SEQDBIDX 색인 파일 DIVTABL 분할 조회 테이블
전. setenv DBDIR /pubseq/seqlibs/embl/
Prodom 계열 컨센서스 시퀀스는 PD:_#에서 가져올 수 있습니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 가져오기 사용