gmx-analyze - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

gmx-analyze - 데이터 세트 분석

개요

gmx 분석 [-f [<.xvg>]] [맥 [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-거리 [<.xvg>]] [-의 [<.xvg>]] [-이 [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [- 장착됨 [<.xvg>]] [-g [<.로그>]] [-[지금]
[-xvg ] [-[시간 없다] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[목례] [-bw ] [-에러바 ]
[-[통합]안함] [-aver_start ] [-[아니]xydy]
[-[회귀] 없음] [-[노]루자르] [-온도 ]
[-fitstart ] [-핏엔드 ] [-필터 ]
[-[전원]없음] [-[아니요]수바브] [-[아니요]아니요] [-아플렌 ]
[-[아니오]정규화] [-P ] [-fitfn ]
[-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx 분석하다 ASCII 파일을 읽고 데이터 세트를 분석합니다. 입력 파일의 한 줄은
시간으로 시작(옵션 참조) -시각) 및 임의 개수 y- 값이 뒤따를 수 있습니다. 여러 세트
&로 구분하여 읽을 수도 있습니다(옵션) -n); 이 경우에는 하나만 y-값
각 줄에서 읽습니다. #과 @로 시작하는 모든 줄은 건너뜁니다. 모든 분석은
또한 집합의 파생물에 대해서도 수행될 수 있습니다(옵션) -d).

제외한 모든 옵션 -의 그리고 전력, 각 지점이 시간적으로 동일한 거리에 있다고 가정합니다.

gmx 분석하다 각 세트의 평균과 표준 편차를 항상 표시합니다.
가우스 분포의 3차 및 4차 큐뮬런트의 상대적 편차
동일한 표준편차를 가지고 있습니다.

선택권 맥 자기상관 함수를 생성합니다. 시간 간격이
데이터 포인트 간 간격은 자기상관관계의 시간 척도보다 훨씬 짧습니다.

선택권 -cc i/2 주기의 코사인으로 집합 i의 유사성을 표시합니다. 공식은 다음과 같습니다.

2 (0에서 T까지의 y(t) cos(i pi t) dt의 적분)^2 / 0에서 T까지의 y^2(t) dt의 적분

이것은 공분산 분석에서 얻은 주성분에 유용합니다.
무작위 확산의 주성분은 순수 코사인입니다.

선택권 -msd 평균 제곱 변위를 생성합니다.

선택권 -거리 분포 플롯을 생성합니다.

선택권 -의 세트에 대한 평균을 생성합니다. 오류 막대는 옵션으로 추가할 수 있습니다.
-에러바오차 막대는 표준 편차, 오차(가정)를 나타낼 수 있습니다.
점들이 독립적이거나 90%의 점을 포함하는 구간은 5%를 버림으로써
위쪽과 아래쪽의 점.

선택권 -이 블록 평균화를 사용하여 오류 추정치를 생성합니다. 집합은 숫자로 나뉩니다.
블록의 수와 평균은 각 블록에 대해 계산됩니다. 총 평균에 대한 오류는 다음과 같습니다.
m 블록 B_i의 평균 간 분산에서 다음과 같이 계산됩니다. error^2 =
합계(B_i - )^2 / (m*(m-1)). 이러한 오류는 블록 크기의 함수로 표시됩니다.
또한 자기 상관관계가 다음과 같다고 가정하여 분석적 블록 평균 곡선이 그려집니다.
두 지수의 합. 블록 평균에 대한 분석 곡선은 다음과 같습니다.

f(t) = sigma``*``sqrt(2/T ( 알파 (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +
(1-알파) (tau_2 ((exp(-t/tau_2) - 1) tau_2/t + 1)))),

여기서 T는 총 시간입니다. alpha, tau_1 및 tau_2는 f^2(t)를 다음에 맞춰서 얻습니다.
error^2. 실제 블록 평균이 분석 곡선에 매우 가까울 때 오류
sigma``*``sqrt(2/T (a tau_1 + (1-a) tau_2))입니다. 완전한 도출은 B에 나와 있습니다.
Hess, J. Chem. Phys. 116:209-217, 2002.

선택권 -bal 수소 결합에서 초고속 "탄도" 구성 요소를 찾아서 빼냅니다.
예를 들어 O에서 설명한 것처럼 지수 합에 맞춰 자기상관 함수를 정의합니다.
Markovitch, J. Chem. Phys. 129:084505, 2008. 가장 빠른 용어는 가장 많은 용어입니다.
지수 함수에서 음수 계수 또는 -d, 가장 부정적인 시간을 가진 것
시간 0에서의 미분. -nbalexp 지수의 개수를 맞춰 설정합니다.

선택권 -보석 수소에 대한 이중 분자 속도 상수 ka 및 kb(및 선택적으로 kD)를 맞춥니다.
가역적 제미네이트 재조합 모델에 따른 결합 자기상관 함수입니다.
먼저 탄도 부품을 제거하는 것이 강력히 권장됩니다. 모델은 O에 제시되어 있습니다.
Markovitch, J. Chem. Phys. 129:084505, 2008.

선택권 -필터 각 세트와 모든 세트의 RMS 고주파 변동을 인쇄합니다.
필터링된 평균과 관련하여. 필터는 t가 있는 cos(pi t/len)에 비례합니다.
-len/2에서 len/2로 이동합니다. len은 옵션과 함께 제공됩니다. -필터. 이 필터는 다음을 줄입니다.
주기 len/2와 len을 갖는 진동은 각각 0.79와 0.33배 증가합니다.

선택권 -g 옵션으로 주어진 함수에 데이터를 맞춥니다. -fitfn.

선택권 전력 bt^a에 데이터를 맞추는 것은 at + b에 맞춰서 수행됩니다.
log-log 스케일. 첫 번째 0 이후 또는 음수 값을 갖는 모든 점은 무시됩니다.

선택권 -루자르 출력에 대한 Luzar & Chandler 동역학 분석을 수행합니다. gmx h본드. 그만큼
입력 파일은 다음에서 직접 가져올 수 있습니다. gmx h본드 맥, 그러면 같은 결과가 나와야 합니다.
생산.

선택권 -fitfn 의미가 있는 다양한 곡선에 대한 곡선 맞춤을 수행합니다.
분자 동역학의 맥락, 주로 지수 곡선. 자세한 내용은
매뉴얼. 피팅 절차의 출력을 확인하려면 옵션 - 장착됨 둘 다 인쇄합니다
원본 데이터와 피팅된 함수를 새 데이터 파일에 적용합니다. 피팅 매개변수는 다음과 같습니다.
출력 파일에 주석으로 저장됩니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xvg>] (그래프.xvg)
xvgr/xmgr 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

맥 [<.xvg>] (자동 수정.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-msd [<.xvg>] (msd.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-cc [<.xvg>] (코스콘.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-거리 [<.xvg>] (배포판.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-의 [<.xvg>] (평균.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-이 [<.xvg>] (errest.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-bal [<.xvg>] (발리시트.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

- 장착됨 [<.xvg>] (적합.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-g [<.로그>] (피트로그.로그) (선택 사항)
로그 파일

기타 옵션 :

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 그리고 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[시간 없다 (예)
입력에서 시간을 예상하십시오.

-b (-1)
처음으로 세트에서 읽음

-e (-1)
세트에서 마지막으로 읽은 시간

-n (1)
&로 구분된 이 수의 세트를 읽으세요

-[목례 (아니)
미분 사용

-bw (0.1)
분포를 위한 Binwidth

-에러바 (없음)
오차 막대 -의: 없음, stddev, 오류, 90

-[통합]안함 (아니)
사다리꼴 법칙을 사용하여 데이터 함수를 수치적으로 통합합니다.

-aver_start (0)
여기서부터 적분의 평균을 계산하기 시작합니다.

-[아니]xydy (아니)
y 값의 적분을 위한 오류로 두 번째 데이터 세트를 해석합니다.

-[회귀] 없음 (아니)
데이터에 대한 선형 회귀 분석을 수행합니다. -xydy 두 번째 세트가 설정됩니다
Y 값의 오차 막대로 해석됩니다. 그렇지 않으면 여러 데이터 세트가 있는 경우
다중선형 회귀가 수행되어 상수 A가 생성됩니다.
chi^2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2를 최소화합니다. 여기서 이제 Y는 첫 번째입니다.
입력 파일에 있는 데이터 세트와 다른 것들에 대한 x_i. 정보를 읽으세요
option -시각.

-[노]루자르 (아니)
상관 함수에 대한 Luzar 및 Chandler 분석을 수행하고 생성된 관련 항목을 분석합니다.
by gmx h본드. 추가로 -xydy 플래그는 두 번째와 네 번째 열에 주어집니다.
c(t)와 n(t)의 오류로 해석됩니다.

-온도 (298.15)
Luzar 수소 결합 동역학 분석을 위한 온도(K)

-fitstart (1)
다음을 얻기 위해 상관 함수 피팅을 시작하는 시간(ps)
HB 파괴 및 형성을 위한 전방 및 후방 속도 상수

-핏엔드 (60)
상관 함수 맞춤을 중지하여 다음을 얻는 시간(ps)
HB 파괴 및 형성을 위한 전방 및 후방 속도 상수. -보석

-필터 (0)
이것의 코사인 필터로 필터링한 후의 고주파 변동을 출력하시오.
길이

-[전원]없음 (아니)
데이터를 다음에 맞춤: bt^a

-[아니요]수바브 (예)
자기상관분석을 하기 전에 평균을 빼세요

-[아니요]아니요 (아니)
모든 세트에 대한 하나의 ACF를 계산합니다.

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

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