gmx-analyze - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gmx-analyze - 데이터 세트 분석

개요

gmx 분석 [-f [<.xvg>]] [맥 [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]]
[-거리 [<.xvg>]] [-의 [<.xvg>]] [-이 [<.xvg>]]
[-bal [<.xvg>]] [-장착 [<.xvg>]] [-g [<.로그>]] [-[지금]
[-xvg ] [-[시간 없다] [-b ] [-e ]
[-n ] [-[목례] [-bw ] [-errbar ]
[-[아니요]통합] [-aver_start ] [-[아니요]xydy]
[-[아니요] 회귀] [-[아니요]루자르] [-온도 ]
[-fitstart ] [-핏엔드 ] [-필터 ]
[-[아니요] 힘] [-[아니요]subav] [-[아니요]oneacf] [-아플렌 ]
[-[아니오]정규화] [-P ] [-fitfn ]
[-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx 분석하다 ASCII 파일을 읽고 데이터 세트를 분석합니다. 입력 파일의 한 줄은 다음과 같습니다.
시간으로 시작(옵션 참조) -시각) 및 임의 개수 y-값이 따를 수 있습니다. 여러 세트
&(옵션)로 구분하여 읽을 수도 있습니다. -n); 이 경우에는 하나만 y-값
각 줄에서 읽혀집니다. # 및 @로 시작하는 모든 줄을 건너뜁니다. 모든 분석이 가능합니다.
집합의 도함수에 대해서도 수행됩니다(옵션 -d).

제외한 모든 옵션 -의 and 전력, 포인트가 시간상 등거리에 있다고 가정합니다.

gmx 분석하다 항상 각 세트의 평균과 표준편차를 보여줍니다.
가우스 분포의 세 번째 누적과 네 번째 누적의 상대 편차
동일한 표준편차를 가지고 있습니다.

선택권 맥 자기 상관 함수를 생성합니다. 시간 간격을 확인하세요.
데이터 포인트 사이의 시간은 자기상관의 시간 척도보다 훨씬 짧습니다.

선택권 -cc i/2 주기의 코사인을 사용하여 세트 i의 유사성을 플로팅합니다. 공식은 다음과 같습니다.

2 (y(t)의 0에서 T까지의 적분 cos(i pi t) dt)^2 / y^0(t)의 2에서 T까지의 적분 dt

이는 공분산 분석에서 얻은 주성분에 유용합니다.
무작위 확산의 주요 구성요소는 순수 코사인입니다.

선택권 -msd 평균 제곱 변위를 생성합니다.

선택권 -거리 분포도를 생성합니다.

선택권 -의 세트에 대한 평균을 생성합니다. 옵션으로 오차바 추가 가능
-errbar. 오류 막대는 표준 편차, 오류를 나타낼 수 있습니다(
점은 독립적임) 또는 점의 90%를 버려 점의 5%를 포함하는 구간
상단과 하단에 포인트가 있습니다.

선택권 -이 블록 평균화를 사용하여 오류 추정치를 생성합니다. 세트는 여러 개로 나누어져 있습니다
블록 수와 평균은 각 블록에 대해 계산됩니다. 전체 평균의 오류는 다음과 같습니다.
m개 블록 B_i의 평균 간의 분산으로부터 다음과 같이 계산됩니다. 오류^2 =
합계 (B_i - )^2 / (m*(m-1)). 이러한 오류는 블록 크기의 함수로 표시됩니다.
또한 자기상관이 다음과 같다고 가정하여 분석적 블록 평균 곡선이 그려집니다.
두 지수의 합. 블록 평균에 대한 분석 곡선은 다음과 같습니다.

f(t) = sigma``*``sqrt(2/T ( 알파 (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +
(1-알파) (tau_2 ((exp(-t/tau_2) - 1) tau_2/t + 1)))),

여기서 T는 총 시간입니다. alpha, tau_1 및 tau_2는 f^2(t)를 다음에 피팅하여 얻습니다.
오류^2. 실제 블록 평균이 분석 곡선에 매우 가까우면 오류가 발생합니다.
는 sigma``*``sqrt(2/T (a tau_1 + (1-a) tau_2))입니다. 완전한 파생은 B에 나와 있습니다.
Hess, J.Chem. 물리. 116:209-217, 2002.

선택권 -bal 수소 결합에서 초고속 "탄도" 성분을 찾아서 뺍니다.
예를 들어 O에 설명된 대로 지수 합계를 피팅하여 자기상관 함수를 만듭니다.
Markovitch, J. Chem. 물리. 129:084505, 2008. 가장 빠른 용어는 가장 많은 용어입니다.
지수의 음수 계수 또는 -d, 가장 부정적인 시간을 가진 것
시간 0에서의 미분. -nbalexp 맞는 지수의 수를 설정합니다.

선택권 -보석 이분자 속도 상수 ka 및 kb(및 선택적으로 kD)를 수소에 맞춥니다.
가역적 재결합 모델에 따른 결합 자기상관 함수.
탄도 구성 요소를 먼저 제거하는 것이 좋습니다. 모델은 O에 표시됩니다.
Markovitch, J. Chem. 물리. 129:084505, 2008.

선택권 -필터 각 세트 및 모든 세트에 대한 RMS 고주파 변동을 인쇄합니다.
필터링된 평균을 기준으로 합니다. 필터는 cos(pi t/len)에 비례합니다. 여기서 t는
-len/2에서 len/2로 이동합니다. len은 옵션으로 제공됩니다 -필터. 이 필터는
주기 len/2 및 len의 진동은 각각 0.79 및 0.33배입니다.

선택권 -g 옵션으로 주어진 함수에 데이터를 맞춥니다. -fitfn.

선택권 전력 데이터를 bt^a에 맞춥니다. 이는 at + b에 맞춰서 수행됩니다.
로그-로그 스케일. 첫 번째 XNUMX 이후 또는 음수 값이 있는 모든 점은 무시됩니다.

선택권 -루자르 출력에 대해 Luzar & Chandler 동역학 분석을 수행합니다. gmx h본드. 그만큼
입력 파일은 다음에서 직접 가져올 수 있습니다. gmx h본드 맥, 그러면 동일한 결과가 나와야 합니다.
생산.

선택권 -fitfn 의미가 있는 다양한 곡선에 대한 곡선 피팅을 수행합니다.
분자 역학의 맥락, 주로 지수 곡선. 자세한 내용은
수동. 피팅 절차의 출력을 확인하려면 옵션 -장착 둘 다 인쇄합니다
원본 데이터와 피팅된 함수를 새 데이터 파일에 추가합니다. 피팅 매개변수는 다음과 같습니다.
출력 파일에 주석으로 저장됩니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xvg>] (그래프.xvg)
xvgr/xmgr 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

맥 [<.xvg>] (autocorr.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-msd [<.xvg>] (msd.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-cc [<.xvg>] (coscont.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-거리 [<.xvg>] (distr.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-의 [<.xvg>] (평균.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-이 [<.xvg>] (errest.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-bal [<.xvg>] (ballisitc.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-장착 [<.xvg>] (fitted.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-g [<.로그>] (fitlog.log) (선택 사항)
로그 파일

기타 옵션 :

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 and .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[시간 없다 (예)
입력에서 시간을 예상하십시오.

-b (-1)
처음으로 세트에서 읽음

-e (-1)
세트에서 마지막으로 읽은 시간

-n (1)
&로 구분된 세트 수를 읽으세요.

-[목례 (아니)
미분 사용

-bw (0.1)
분포의 Binwidth

-errbar (없음)
오류 막대 -의: 없음, 표준 개발, 오류, 90

-[아니요]통합 (아니)
사다리꼴 규칙을 사용하여 수치적으로 데이터 함수 통합

-aver_start (0)
여기서부터 적분의 평균을 구해 보세요

-[아니요]xydy (아니)
통합을 위해 두 번째 데이터 세트를 y 값의 오류로 해석합니다.

-[아니요] 회귀 (아니)
데이터에 대해 선형 회귀 분석을 수행합니다. 만약에 -xydy 두 번째 세트가 설정되었습니다.
Y 값의 오차 막대로 해석됩니다. 그렇지 않고 여러 데이터 세트가 있는 경우
존재하는 경우 다중선형 회귀가 수행되어 상수 A를 산출합니다.
최소화 chi^2 = (y - A_0 x_0 - A_1 x_1 - ... - A_N x_N)^2 여기서 Y는 첫 번째입니다.
입력 파일에 데이터 세트가 있고 나머지는 x_i입니다. 에서 정보를 읽어보세요.
option -시각.

-[아니요]루자르 (아니)
상관 함수에 대한 Luzar 및 Chandler 분석을 수행하고 생성된 내용과 관련됨
by gmx h본드. 추가적으로 -xydy 플래그는 두 번째와 네 번째 열에 제공됩니다.
c(t)와 n(t)의 오류로 해석됩니다.

-온도 (298.15)
Luzar 수소 결합 동역학 분석을 위한 온도(K)

-fitstart (1)
다음을 얻기 위해 상관 함수 피팅을 시작하는 시간(ps)
HB 파괴 및 형성에 대한 순방향 및 역방향 속도 상수

-핏엔드 (60)
다음을 얻기 위해 상관 함수 피팅을 중지해야 하는 시간(ps)
HB 파괴 및 형성에 대한 순방향 및 역방향 속도 상수. 오직 -보석

-필터 (0)
이것을 코사인 필터로 필터링한 후 고주파 변동을 출력한다.
길이

-[아니요] 힘 (아니)
데이터 맞춤: bt^a

-[아니요]subav (예)
자기 상관 전에 평균을 뺍니다.

-[아니요]oneacf (아니)
모든 세트에 대해 하나의 ACF를 계산합니다.

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

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